Detail information of BGIOSGA030944_circ_g.1


General Information
CircRNA Name BGIOSGA030944_circ_g.1
ID in PlantcircBase osi_circ_001053
Alias NA
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr9: 16689000-16693657  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   e-circRNA
Identification method DCC
Parent gene BGIOSGA030944
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing BGIOSGA030944_circ_g.2 BGIOSGA030944_circ_g.3
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GA-GG
Number of exons covered BGIOSGA030944-TA:11
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTCAGGGAAGGGCACCATGGATAGCCATGTGGCTATTGGCAGTGTTGAGATCAACACAGATGTA
ATTGATGCTGATATGAAAGATTCAACAAACATGGTAagggagagtgggacgacttcatgaacat
gctccggaaaccgctgccagccactttcaggattaatgcgaggtaatgttgttttcatctgaag
caacgtga
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence AGGGAGAGTGGGACGACTTCATGAACATGCTCCGGAAACCGCTGCCAGCCACTTTCAGGATTAA
TGCGAGGTAATGTTGTTTTCATCTGAAGCAACGTGACGCCATCCACATGTTTGGTCTAATGATT
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TTCATCTTCCATTTATATGGTCTAGATTAGATCTGTCTGAGTTTTTCACTGGATAAAGTGGTGA
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TGATCAATGTTGCTACTTTGTTTGTTTTAGTAGTTTCTTAGATGTGATATGAAGAGTTGTGGAT
GGGTGTCCAATTTTGTAGATATTCTACTGTGCTTTTCAGTTTATGAAACTTGTGCAAGGACAAT
GGAGGTAGCAGCCATTGTTTTAGTTTTTTTGGAGTTATTTCTTAGTCAGAGTTGTTTGCATTCT
GCTCTGTTGGTTTTGTTATTCTGTCACAGAAGTATTCTCCGTTGGGGGGCCCCTCTAAATTTGA
TATCCCACACTCTGGAGTATTTGATTCTTTTGCAGTTATTGCCTTCCTAACTGTTGCAGGTACG
GGATAGAGGGTCTTGGTTTGGCACTCACGAAGATGTCCCTCGCTACAGAAAGAACGTGATATCA
CCAAGCATGTTTCCTTCAGGGAAGGGCACCATGGATAGCCATGTGGCTATTGGCAGTGTTGAGA
TCAACACAGATGTAATTGATGCTGATATGAAAGATTCAACAAACATGGTA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs osa-miR2105
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Guria et al., 2019