Detail information of GLYMA_03G219100_circ_igg.1


General Information
CircRNA Name GLYMA_03G219100_circ_igg.1
ID in PlantcircBase gma_circ_008090
Alias circRNA1085
Organism Glycine max
Position chr3: 42262802-42267433  JBrowse»
Reference genome v2.0.38
Type   igg-circRNA
Identification method CIRI, CIRCexplorer
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues pod
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TGGTTCAGATCATGCTAGCTTTATTCTTCTAACAGGTCCTAAGATGGGTGGGAAGTCAACTCTT
CTTCGTCAAGTTTGCTTGACTGTGATTTTGGCCCAGggttattgcattcttgttgtagaacaga
ctgaaacacctgaacagaagaagggctctaaagataaggtctgattacatctcaccacaaccag
agaagtca
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTTATTGCATTCTTGTTGTAGAACAGACTGAAACACCTGAACAGAAGAAGGGCTCTAAAGATA
AGGTCTGATTACATCTCACCACAACCAGAGAAGTCATTGTTTTTATTCTCTGTTTTTTTGTATT
GTGCCTTATACTCTGAGCTGAATGAATCTTGTTTTATATCTTTATTTTGTAAGTTATTTTCCTT
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CTTCTGAATCATTTTGTCATGGATGTGCAATTACCCAGTTACTAGCTCACACCCACTATAAAGT
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TAAACCTTGTTTCTTCTGCTCAATAATAAGGTGACTACTAGATTAAAAGAAAAAATGCATGATT
GGGGGAAGATGCATTTCTGTAGTACATGCTCCCTTGTTACCCTTTGTGTAATGTCTGTCGTTTA
CTAACTATATTTTTTTCAGCTAAAACCAATTTCTATTTTTTTAGCCTTTTTATTTTATTCAATA
CGTGCCCTACGTGCCTTGGGAGTTTTCAAAAAGATGGATTTTTCAAGCTGCATTTAAATAGAAA
AGTAAACATTTTCTTTTACATGGTTTATACTGGATATTACATTACATGTTGCAGAACTGGATGT
CTTGATCAGTTTAGCAATTGCCGGTGACTACTATGAAGGACCAACATGCAGACCTACTTTTGTA
GGCACATTATGTACAAAAGAAGCTCCTTACCTGCATGCTAAAAGTTTGGGACACCCAGTCCGTA
GGAGTGATACCTTAGGCAAGGGTGACTTTGTACCCAATGACATAACCATTGGTGGTTCAGATCA
TGCTAGCTTTATTCTTCTAACAGGTCCTAAGATGGGTGGGAAGTCAACTCTTCTTCGTCAAGTT
TGCTTGACTGTGATTTTGGCCCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.34393384
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description playing a post-transcriptional regulatory role in soybean oil synthesis
Other Information
References Ma et al., 2021a