Detail information of POPTR_0014s14670_circ_g.1


General Information
CircRNA Name POPTR_0014s14670_circ_g.1
ID in PlantcircBase pop_circ_003553
Alias Chr14:11415891|11420748
Organism Populus trichocarpa
Position chr14: 10743079-10747936  JBrowse»
Reference genome Populus trichocarpa genome v3.0
Type   ei-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene POPTR_0014s14670
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing POPTR_0014s14670_circ_g.2
Support reads NA
Tissues stem cambium
Exon boundary   No-No
Splicing signals   AG-AC
Number of exons covered POPTR_0014s14670.1:8
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTTATCCCTTTAGTTCCAGATGCAGATTACACGAAATTGCACGACCCAGAAACAGGCATCACTC
AGTGTCGTCTTTCAAATGGAATTGCTGTAAATTACAagatagctttccacccaagtttccttgc
ttctcgagttgaaaaggaaaggcgcgctatactttcagaactacaaatgatgaatactatagaa
tatcgtgt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence AGATAGCTTTCCACCCAAGTTTCCTTGCTTCTCGAGTTGAAAAGGAAAGGCGCGCTATACTTTC
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CTCTCATAGGTCAATTCTATTGGTGCCAAGTTATTAGAATTTATCTCTGATTTTGGAAAACCAA
CCGCACCAATTCCTGCAGCAATTGTTGCATGTGTTCCTTCAAAAGTGTATTTTGATGGATTGGG
TGAAACTGAGTTCAAGATATCATCAAGTGAGATTATAGCTGCCATAAAATCAGGATTGGAGGAA
GCAATTGAGGCTGAGCCAGAGGTATCCACATGGAACTTAGCATGCTTTATTCTTTCAACTATTA
TTTGTTTTTGCATTTTTATACATAAAGCCATTATTGAAATAAACTTCAATGGCAAGTTCAATTA
TTTGATTTTATGTGCAGCTTGAAGTGCCAAAGGAACTGATAACTTCAACACAGTTAGAGGAGTT
ACGATTACAACTCACGCCGTCCTTTATCCCTTTAGTTCCAGATGCAGATTACACGAAATTGCAC
GACCCAGAAACAGGCATCACTCAGTGTCGTCTTTCAAATGGAATTGCTGTAAATTACA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.490218272
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zheng et al., 2020