Detail information of Solyc08g005860.2_circ_g.2


General Information
CircRNA Name Solyc08g005860.2_circ_g.2
ID in PlantcircBase sly_circ_002457
Alias NA
Organism Solanum lycopersicum
Position chr8: 650199-655105  JBrowse»
Reference genome SL2.50.38
Type   e-circRNA
Identification method CIRI; find_circ
Parent gene Solyc08g005860.2
Parent gene annotation protein_coding
Parent gene strand +
Alternative splicing Solyc08g005860.2_circ_g.1
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered Solyc08g005860.2.1:5
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GATGAAATCGGTGGAAGAGTTAGAGGACCATCACCAGTAGTGCATCAGTGGATAGAATTCTGCT
TGCAAGCTGAAAGATTCAAAGACGACGTTGTCCCAGgctgatgtcgtcactcttggtgatacgt
ggctcagtcatgccattgagaagagattaattgagccgatggacggtttagaagatcaagattg
gtttgaga
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GCTGATGTCGTCACTCTTGGTGATACGTGGCTCAGTCATGCCATTGAGAAGAGATTAATTGAGC
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TTTTATTCGTTGTAGTTGCCAGATCAGACTAAATAGATTTGTGGAGTTAACTACTAAATCTCTC
GAACGTGCTTGCAATAAAAACAATTCTGTGGTAGTATATATGTATTACCAAATGCAGCTAGAAT
ACAGATTTTCTTCTACAAAAATAACGTAAAATCTCTCTCAGGCAATACCTGCTGCTTCAAGAAT
TGCAACTGATGAAATCGGTGGAAGAGTTAGAGGACCATCACCAGTAGTGCATCAGTGGATAGAA
TTCTGCTTGCAAGCTGAAAGATTCAAAGACGACGTTGTCCCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.126243879
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Yang et al., 2020