Detail information of Os04g0476400_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Os04g0476400_circ_g.1
ID in PlantcircBase osa_circ_024216
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr4: 23844375-23847138  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   ue-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene Os04g0476400
Parent gene annotation Similar to OSIGBa0106G07.13 protein. (Os04t0476400-01)
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads 1
Tissues shoot
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Os04t0476400-01:4
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CGGTTTCCATTGTTTTGGTTACAGTGAAGGATGCCGTCCAAATAATTCGCGAATACCTGAACGA
CGAACCATGGTTAACGTTACTCTGCAAGAAGTTGCAatgaagaaacagggtatctgttcatcga
cggtcaacttcacgagttcaattggtttaaggagcgatttggatcttggttcttgggtgattat
gtttgtga
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 1654
Transcript exons: 23844375-23844476,23844830-23845138,23845398-23846564,23
847063-23847138
ATGAAGAAACAGGGTATCTGTTCATCGACGGTCAACTTCACGAGTTCAATTGGTTTAAGGAGCG
ATTTGGATCTTGGTTCTTGGGTGATTATGTTTGTGAAGATGGCAGCCTCTACTACTGCACAGTT
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GAAGATGATAAATAAAGCATGAATTGGGACCCTAGTGAATTTCCTATATATTTAAGAACATGAA
TGCACATGGTCATTCTTGTAAACGTCCCTAAATAGGTGTCAGAGGGTAGTGGCTGCTATTCCTT
GACTGCTGTTTGTAGCATTCTGCCTACCTTATGTTACAACCTTCTACAACCATTATAATGTACG
GTGTGTTCCAGTACTGTTTATTTGTTGCATATTTCCTGCCATTTTCCAGTTGAACAATTTTACT
TCATAAATTTCATTTAACTATGTTCTTGCAAAAATATAGCTAGCATGTGTTGTGCCCACTATAA
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CTGTACTTAATATTCATGCCTGTGAATTTCGAATCATATTGATCTCACTTCACTTGTTACTCTG
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TCGCGAATACCTGAACGACGAACCATGGTTAACGTTACTCTGCAAGAAGTTGCA

Genomic sequence ATGAAGAAACAGGGTATCTGTTCATCGACGGTCAACTTCACGAGTTCAATTGGTTTAAGGAGCG
ATTTGGATCTTGGTTCTTGGGTGATTATGTTTGTGAAGGTATGGCAGACACATAGCTATGCAGT
TGTCATTTCTAAGAAAAACTTTGTATTTTGCCTTTATGGTAAGGTTTGTCTATTATTATCTTGT
GTGGGCTATAGGAAGACATTTTGATAGGAATTATTGCCCTGCCTCTGAAATCACCCATTTAGAT
TTTGTTAGCAAGTAATTAAAATATGGAATCAGACAGACATGTTGTTAAAGGAGTGGTGCTATTC
TTGTTCTAACACAGCAACATAAATAACTTCCAAATGGCACAATCTATTCCAGATAAAGTTTTTG
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TGAAAGCTGCACGTATGTCGGTATGCCAAATCAAATCAGAAATATTTCTAATATGAGGTTCACA
TTCAACATATTTGCCTGTTGAAAATTTGAAAAGCTAGTCCCTCAACAGCTTTACTGTGCTGCAG
AATGGTAAAGATCCAGGAAAATTTAGGCAACTGGATGAAATATTGTATGTTGAAGGATATCCTG
GATATCAACACCTCATGGGTATAGCAGGAAACCATATTGATCTGGTCTGTGAAGTTAAAGGTAG
ATGTTTGACTTGTATGTTTGTTCTGAAGTTAAATGTTATATGTAGTTAAATATTATAGCAAACT
GCTGTCAGAATGCTGCCTACTTGTATTTGTAGTCCGGTGATTGTGCGGTGCATTTTTACCGCTT
CATTACCTTGCTGAACTGAAACACTTATTGGATATGGATGTTTATGTTTCATCCGTGCTTTCCT
GTGTGTTTTCATGGAAGAGAAGTTTTACTTAACCATCTCGCATGGATGTTTTCTTTCCTGCAGA
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GTTAGCTTGTGTCAGTAATTACATCTACTAACTCGATTTGCACTATGCTATTCCGCTGATACTT
ATTCTTATCAGAAGCTAACCCACCTTTTATCTTTACTTGTCCTTTTCATATTACAAAAGCAAGG
ATCTAACATGAAGTTAGGGTGGAATGTTGCTTATGTGGGTTAGGAAAAGAGGCATCTTATTGTT
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TTGATGGGCTAAAACTTAATTCTTCCACACCATGTTTTAATTTATATTTGTATATAAACTATGT
GCACCAAACATTAGTCTTTAAGTTCACTTTGGTTTTGAAGATGATAAATAAAGCATGAATTGGG
ACCCTAGTGAATTTCCTATATATTTAAGAACATGAATGCACATGGTCATTCTTGTAAACGTCCC
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ATATTTCCTGCCATTTTCCAGTTGAACAATTTTACTTCATAAATTTCATTTAACTATGTTCTTG
CAAAAATATAGCTAGCATGTGTTGTGCCCACTATAACACCACTGCTATCTGCTGTACCAACACT
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GCTATTGTTATCTGCAAGAAACAAATGCCACTTTGGGATATCACTTAGATTTTTTAAAAAATTA
TGCTGCCTTGCAAATTCAAAATAACAGTTTGTCTTGGTAGCATCATGAGAACATACCAGTTCAT
GTGCCCTCATAATTTATGTTTTGATACGTCCTTTAGCTGTACTTAATATTCATGCCTGTGAATT
TCGAATCATATTGATCTCACTTCACTTGTTACTCTGTAGTTTCGAAAATACTCTTATGAATCTC
ATATACAGGTTCACAATCTAAAAGAGGTTTTCCCCAAGCTAGGCAAAAATTATGCTGCCCAAGG
AGAAAAAGAATTATGTATGTTGCTGCAACTCTTTTTGTTAAGTCTAATACAACTGTATTAGTCT
ATTATAAGAAGGATATAGCTCCTTGTAAACTTATGTTTCTGTTTATTTTTATGAGTGTTTTATC
AACCGATATCCAAATGTACATAAACATTTTACCATTGCTAACTTTCACAATTATATGGTAATAA
AAACTGTTTGAAAATGGATCGTCAGTGTGATTTACATCCTATTGGATCACTTTTGTCCCAACCT
TAATTAGTGAATCCACTTTGCATTACAAAATTGTCTGAGTAAACTTAAAGGAGATTTTGCTTGT
GGAGGTGGATCTCCTCTAAAGAAAAGGATATATCAAATTATTTTTAAACATTTTAACTAAAGTT
ATGTAACTTCAATTCAAGATATTGCACAGGGATTAAATTCCTGAGTTACTTTTGAAGCACAACT
CAAGAATTTTATGAAAATGTAAATCATTGTTCTAATGGAGCGGTTTCCATTGTTTTGGTTACAG
TGAAGGATGCCGTCCAAATAATTCGCGAATACCTGAACGACGAACCATGGTTAACGTTACTCTG
CAAGAAGTTGCA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.206866796
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 23847110-23844886(+)
Potential amino acid sequence MVNVTLQEVAMKKQGICSSTVNFTSSIGLRSDLDLGSWVIMFVKMAASTTAQLLIPFLFFYQF*
(+)
Sponge-miRNAs osa-miR166l-5p
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017