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circRNA ID
1_circ_ag.1
Alias
ath_circ_000083
Organism
Arabidpsis thaliana
Position
chr1: 211474-215960  JBrowse»
Reference genome
TAIR10.38
Type  
ag-circRNA
Identification method
CIRI
Parent gene
NA
Parent gene annotation
NA
Parent gene strand
NA
Alternative splicing
NA
Splice junction sequence  
CGTTTCTTGAGATTTCTCCAGTCACGCAACAATGTCAAGCTAGTCTCTGCTCGTGTTCTTCCTT
GTGACACCGTTGAGCTCAATTTCTCCAAAAACCCTAagttggtttatagcccgacgagcataat
gtttgtgaacataccgagcatttcaaagctgcaatggcatccgtttacgataacttccagtagc
aaactcga
Support reads
2
Tissues
root
Exon boundary  
Yes-Yes
Splicing signals  
GT-AG
Sanger sequencing for BSS  
NA
PCR primers for BSS  
NA
Assembled circRNA sequence  
NA
Sanger sequencing for FL  
NA
PCR primers for FL  
NA
Genomic sequence
AGTTGGTTTATAGCCCGACGAGCATAATGTTTGTGAACATACCGAGCATTTCAAAGCTGCAATG
GCATCCGTTTACGATAACTTCCAGTAGCAAACTCGAACCAGAGAAGCTAAGTATTGTTATCAAG
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ATCATATCTTTAACAATATGTCCTTTTTATAAACAACTTTTGCAAAATGACATTGACATGTACC
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AAGATGGCAAGCGAGGCTGGATTTAATAGCAGTACGGATAGGTATAGTAGGGAACATATGCTTG
GCGTTCTTGTTCTATCCAGTGGCTCGTGGCTCGTCGTTGCTGGCTGCAGTGGGGCTTACGTCTG
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TTTTACATTATTCGTCGATATTGCTCTATAATTAATGCCCTAATTAATCGTTCGTGTAAATAGA
TGTTGGAGTGGGATAGGACCGCTGTCTCGAATTTAGCCGGAGAGATAGCTCTGGTGGCTGGACT
TATGATGTGGGTCACCACATATCCTAAGATAAGGAGGAGATTGTTCGAAGTCTTCTTCTATAGT
CATTATCTCTATATCGTCTTCATGCTCTTCTTCGTCTTCCACGTCGGCATCTCTCATGCGTTGA
TCCCTTTACCCGGTTTCTACATCTTCCTCGTCGATCGTTTCTTGAGATTTCTCCAGTCACGCAA
CAATGTCAAGCTAGTCTCTGCTCGTGTTCTTCCTTGTGACACCGTTGAGCTCAATTTCTCCAAA
AACCCTA
Number of exons covered
NA
Conserved circRNAs
NA
Coding potential
N
Potential coding position
NA
Potential amino acid sequence
NA
Sponge-miRNAs
NA
circRNA-miRNA-mRNA network
References
Chu et al., 2017

Copyright©2017-2021 Institute of Crop Sciences / Institute of Bioinformatics, Zhejiang University.
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