Detail information of Solyc10g044960.1_circ_ig.1


General Information
CircRNA Name Solyc10g044960.1_circ_ig.1
ID in PlantcircBase sly_circ_003782
Alias sly_circ_3552
Organism Solanum lycopersicum
Position chr10: 29129510-29134220  JBrowse»
Reference genome SL2.50.38
Type   ig-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues root
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   CT-TA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AAAGTAACATTGAAAGAAAATTACCTTGGCTTCTATTGTGGGTGTCAACAAGCGATAGTGTTCC
TTTTCTTCATCATATCTTTGAAATATTGATTCCATGccccaaactaatttcacattcttgtact
gctctattgacctttagttgtaatggaacacatgattccttttctaaagtatgtacactgcaac
atccttct
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CCCCAAACTAATTTCACATTCTTGTACTGCTCTATTGACCTTTAGTTGTAATGGAACACATGAT
TCCTTTTCTAAAGTATGTACACTGCAACATCCTTCTTCTAATTTTATGCTCTCAGTTTCTCCAT
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TTCGACCCAAAGTTACTATCTACATGGCCCTTTTTAGTCAAATCCTGTCTAGATCTGTGTAATG
AACAAAGTAACATTGAAAGAAAATTACCTTGGCTTCTATTGTGGGTGTCAACAAGCGATAGTGT
TCCTTTTCTTCATCATATCTTTGAAATATTGATTCCATG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.121238155
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description salt-responsive
Other Information
References Wang et al., 2021