Detail information of BGIOSGA028033_circ_g.5


General Information
CircRNA Name BGIOSGA028033_circ_g.5
ID in PlantcircBase osi_circ_007557
Alias 8:3954821|3958866
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr8: 3954821-3958866  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   e-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene BGIOSGA028033
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing BGIOSGA028033_circ_g.3 BGIOSGA028033_circ_g.4 BGIOSGA028033_circ_g.6 BGIOSGA028033_circ_g.7 BGIOSGA028033_circ_g.8
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered BGIOSGA028033-TA:13
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TGATACAAGGGTGCAGTTTCACAATGACCAAACACATATTTTGGTGGTTCATGAGAGCCAGTTG
GCGATCTATGATGCAAAGCTAGAGTGCTTGCGCTCGgtgttgctttttcaaagcatattgttca
gacgtatgcattcgtgctcaatggagaattgcggcagcaagcagaggtatatccatacatggat
gcttctta
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTGTTGCTTTTTCAAAGCATATTGTTCAGACGTATGCATTCGTGCTCAATGGAGAATTGCGGCA
GCAAGCAGAGGTATATCCATACATGGATGCTTCTTAAGAATAAATATGAATGCCTTTTGCATGT
TTGGATTAGTGGGATGGGATTTTGTTCAATGCTGCTCATCGAAACACTTCCTGAAAGGTTTCTA
ACTCTTGCAAATGGCACAGATTGATGCCCACATTGGTGGGGTTAATGATATTGCCTTCTCTCAC
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GTAGCTTCTCTAGTTGCAATTTGTTTTGTCACTCCATTTCACACTTTGTATCTGTGCGAGTTGT
TTGATTGTAAATTTTCCCTGCAGGCTCTTCTCATGTGGTACTAGCAAAGATGGTGATTCACACT
TGGTTGAGTGGAATGAGACTGAGGGAGCTATTAAGAGGACATACAATGGTTTCAGGAAGCGCTC
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CTGTTAGTATAGTTTCTCCTAGTATCATGTTGTCGGAATCATCTACACTTAAGGTTTTGTGCTT
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TTGCTGTTACAGCAAATGAAAATGGAATAAAAATATTAGCCAACACTGATGGACAGCGTTTGCT
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GTATTGATGCATATACTTACCATTTTTTTAATGTTCCCTTAAATCCTAGTGTCATTAGGGTATA
AAGATAACATTGATTCGCGTATTCGGAAAAAAAGATAACATTGTTTCTGTTCTCTATTATAACC
TTGTTTTCTGATATATCTTTTTTTTTGGTTCCGTCATCTGAAAACTGGTTTGGGCCTATGGCTG
TTTCCTGTTTTCTGAAGCTTCAAAACCACTAGTATCTATTCGTTTGTAAGATGCAGCACGGTGT
TCTGGGCAACTGTTTAGACTTTAGTTAGTTTCAATCAAGCTGCCTTGTGTTATTTTCAGTGCTG
GCTGATAATGTTGACTATAACCTCATTTTTGTTCTTATTGTAGCCCCCAATTGTCAACACCCTT
GGTTCTGTTTCCAATGTGTCTAGTCCTATGGCAGTGAATTCGGAGAGACCTGATCGGGCATTGC
CCACAGTGTCAATGAGTGGCCTGGTGAGTTTGCAGAATCTATTTTGTTGTCTGCTCACTGTTCA
ATACTTCAACCTGTTCTGTTGCTAAATGCATCAAACAAATACCAGGCGCCCATGGATGTTAGCA
GAACCCCAGATGTTAAGCCAAGAATTACAGATGAATCTGAAAAGGTTAAAACCTGGAAGTTGGC
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AAAGTATGTTGAACAATGTGTGCTTGGTTGCTATCAAGTCTGTTGAGTTATAAATATTGATCAT
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ACATTTGATAGGATCTTTTTTCAGTGATAGAACAGGCTGTTCAGTTCTGAGCAATATGAAATTT
CTGATAAGCACTGTAATTTTTTTTTGTTGCACAGGTTGTGCGTCTGCTGTATACAAATAATGGG
GTTGCGCTTTTGGCTCTTGGCTCTAATGCTGTTCATAAGCTGTGGAAATGGCAACGCACTGATA
GGAATCCTAATGGCAAGGTTAGAGTGGAGAGTTGTTCTTATTTGGATTTCATCTGTTCTTATTT
GGATTTCATCTGCTATTCTGTTTGCTTGGTTTCTAAATATATGCATATATTGTAGTCCACTGCA
TCTTTCACTCCTCAAATGTGGCAACCAGCAAATGGGATTCTTATGGCAAATGACACTAGTGATG
GCAACCCCGAAGAAGCAACTGCCTGCATTGCTCTGTCCAAAAATGATTCCTATGTGATGTCTGC
ATCCGGTGGCAAAGTCTCATTGTTCAACATGATGACATTCAAGGTATATGATCTCTTCGGTGTG
TAGCACAATCAATTGTTATTACCCTAGAGCATAGGTCATGAGTTACTTTCCATAAAAATATGTG
TTATTCTATAGTTGTGACGTTAAAATTTTTGAATTTTTTCACAGGTCATGACTACTTTCATGGC
ACCTCCACCTGCTGCAACTTTCCTTGCATTCCACCCTCAAGACAATAATATCATTGCTATTGGA
ATGGAGGACTCTACCATTCAAATTTATAATGTCCGTGTTGACGAGGTGAGTGATATTCTCTTAA
TGGTTCTCACCGCAAGTGATTAAACTAGTCAAATAATGTTTCTCATTTCCTCTTACCAGATGAA
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CTTATGTGCAATAGAAATGCTCAGTGACCTTCAACTAACTGAAGATTAAAATTTAAACAGCTGA
GAACTTGTTTCAGTGATAATTGATTCCTTCTGTCTTAACCATATGGCATAGGTTAAAAGCAAGC
TTAAGGGACATTCAAAAAAGATCACTGGGCTGGCATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATC
TTCAGGTGCTGATGCTCAGGTATGAATTTTCCTATATATTGTGCAGAATTAAATGTCACTTTGT
GTGCATACTTCATCCTCCATGCTCTTGTTAGTCCCATGTCTAGCCATCCTTTAGCCTGTTTTGT
TAAAAAAAAAAGATTCTGATTGCGGTGGCAAGTGGACTATATATTTGTTTCTGAATCAATGGTC
ATTGGAATGGAATTTTGCAGCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAG
ATATATCCAATCTCCAGCAAATCGTTCTGGTGCTTTAGTTGGTGATACAAGGGTGCAGTTTCAC
AATGACCAAACACATATTTTGGTGGTTCATGAGAGCCAGTTGGCGATCTATGATGCAAAGCTAG
AGTGCTTGCGCTCG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 3955718-3955119(+)
Potential amino acid sequence MAYSADGTRLFSCGTSKDGDSHLVEWNETEGAIKRTYNGFRKRSLGVVQFDTTRNRFLAAGDEF
VVKFWDMDNTNILTTTDCDGGLPASPRLRFNREGSLLAVTANENGIKILANTDGQRLLRMLESR
AYEGSRGPPQQINTKPPIVNTLGSVSNVSSPMAVNSERPDRALPTVSMSGLAPMDVSRTPDVKP
RITDESEKVKTWKLADIGDSGHLRALRMPDTSATSSKVVRLLYTNNGVALLALGSNAVHKLWKW
QRTDRNPNGKSTASFTPQMWQPANGILMANDTSDGNPEEATACIALSKNDSYVMSASGGKVSLF
NMMTFKVMTTFMAPPPAATFLAFHPQDNNIIAIGMEDSTIQIYNVRVDEVKSKLKGHSKKITGL
AFSQSMNMLVSSGADAQLCAWSIDGWEKKKSRYIQSPANRSGALVGDTRVQFHNDQTHILVVHE
SQLAIYDAKLECLRSVLLFQSILFRRMHSCSMENCGSKQRLMPTLVGLMILPSLTPTRPSQLLL
VVMIN*(+)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Huang et al., 2021