Detail information of 1_circ_ag.4


General Information
CircRNA Name 1_circ_ag.4
ID in PlantcircBase ath_circ_009554
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr1: 26711152-26715706  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method KNIFE
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing AT1G70830_circ_g.1 AT1G70830_circ_g.2 1_circ_ag.3 AT1G70850_circ_g.1 AT1G70850_circ_g.2 AT1G70850_circ_g.3 AT1G70850_circ_g.4
Support reads 2
Tissues inflorescences
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   CT-GC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TACTCTTTCATCAGATCACCTTCTATAACCCTGAACGTGATCAAGTTTTTCTCTGGATCCACCG
CCTCAATCCTCTCCTTTGCCACCTTTGCCTCCCCATcatgtacgtaattccagaagacgataga
gccgactgtgccccagtcgccttcgtgcagatcacatccctgaatgttgcctggacttgctttg
gagacatg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CATGTACGTAATTCCAGAAGACGATAGAGCCGACTGTGCCCCAGTCGCCTTCGTGCAGATCACA
TCCCTGAATGTTGCCTGGACTTGCTTTGGAGACATGGTGTGGTTTCCCAGCGAACATGTGGTGA
AACTTATCAGCCGAAGCCTTGATCTCCACGTCTGTCTCTAGCTTCCCCACCAAACTAGACGCCT
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AAAAAAGAAAAGACGAGGCTTAAGATTTTATTAAAAAAACATTTTACACTTTATTAAACAAACA
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ATATCCAACACAACTCTTTATTTTTCCACATTCAAAGAGTGATAAAAATCGGCATGCTTCAATC
ACACATACATGTACGGACAGGATAATAGATAGTCACACGAGGAATATTCTCCTCTATTCCTCGG
CCAAGAGATGTTCGTCGATTTCTTTGGAGACTTCGACGGCAAACTGGAGGAGAGTCTCAGGATG
AGCCACCTCCTCGTTTATTTTCTCATACTCGAAGTGCCAATGCACCACACTCCCTGAACCTCCA
TGCTTAGGAGTCACTTGGATTGTGATTACGAAGCTCTTGTACTCTTTCATCAGATCACCTTCTA
TAACCCTGAACGTGATCAAGTTTTTCTCTGGATCCACCGCCTCAATCCTCTCCTTTGCCACCTT
TGCCTCCCCAT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.953815342
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017