Detail information of Cotton_A_00517_circ_igg.1


General Information
CircRNA Name Cotton_A_00517_circ_igg.1
ID in PlantcircBase gar_circ_000502
Alias CA_chr2_BGI-A2_v1.0:68282750|68287342
Organism Gossypium arboreum
Position chrCA_chr2_BGI-A2_v1.0: 68282750-68287342  JBrowse»
Reference genome BGI-A2_v1.0
Type   igg-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads 2
Tissues ovule
Exon boundary   Yes-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTAGATTTGGCATTGCATGACAAATTTGAGCTGTTCCATACATGGAAGAATAGCAGTGTATATG
TTACTGGCTATTATGTTGATACATCTCAAGGTAGTGatactgagtctgaaggggagctccctga
acctacaatgaatcttgtaaagtcagagcctgcagcatctgatcctactacgacaaagcaggtt
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence ATACTGAGTCTGAAGGGGAGCTCCCTGAACCTACAATGAATCTTGTAAAGTCAGAGCCTGCAGC
ATCTGATCCTACTACGACAAAGCAGGTTAAGATTGTTGAACCTAAAAAAGATGATGATAGTAGT
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CCCCCAGATAGCATTAGATTTGGCATTGCATGACAAATTTGAGCTGTTCCATACATGGAAGAAT
AGCAGTGTATATGTTACTGGCTATTATGTTGATACATCTCAAGGTAGTG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhao et al., 2017b