Detail information of Zm00001d052282_circ_g.2


General Information
CircRNA Name Zm00001d052282_circ_g.2
ID in PlantcircBase zma_circ_001778
Alias circ41
Organism Zea mays
Position chr4: 185941902-185946532  JBrowse»
Reference genome AGPv4.38
Type   ui-circRNA
Identification method KNIFE
Parent gene Zm00001d052282
Parent gene annotation Nuclear-pore anchor
Parent gene strand +
Alternative splicing Zm00001d052282_circ_g.3
Support reads NA
Tissues seedling leaves
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered Zm00001d052282_T080:12
Zm00001d052282_T029:12
Zm00001d052282_T061:12
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Zm00001d052282_T025:12
Zm00001d052282_T036:12
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AAGAACTCTGGAAAAGGAAAGAGATGATAACAAGAAAGAGAAGGCAAAGAGTAGGAGGAATGAG
AACACAATCTTTGGTGCACTTCAGAAGGTGCAACAGggaatgtctaagatcttctgctgaacaa
gaaaagataggcttattgaaagagaaggacgatgccctgcagaagtataatgagcttaatgatc
aggttatt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGAATGTCTAAGATCTTCTGCTGAACAAGAAAAGATAGGCTTATTGAAAGAGAAGGACGATGCC
CTGCAGAAGTATAATGAGCTTAATGATCAGGTTATTTAGCAATTTTTGTGTTGAATATCTAATA
CACTACCACAAAAAGTTTTTTTATTACATTTGATGTTTGTTATTCTTGTTTAAGTAATTTTCTG
CCTGTTGTAACTGCATGCTGGACATTCACCTTTTGTTTTCTTTTCATAGCACATGCCTACTTCA
AGTGTTAATTTGTAGTGGACATATTGTTACTGCTGGGGTGTAGACATATATTTGGAACAAGTAA
TTGTTGTCAGTTAGGGATGAAACTGGACAGGATAAATCCTGTACCCTCTACCTTTTTTGTCCCA
ACCATTTTCATATAACCGGGAAATTACAGTACATCTTAGATATAAAAAATAATATAACTCAATA
GCTGTAACTTCAAGTGTGTTATTGTGTACTCTGTTTGGTTTTAATATTCTGGTTTATGTCTGTT
TCTGCTGAATCCCCACTCGTATTTACCCGTTCCGTATTGCCGTCTATCTTGGTCCCGGCTTTTT
GGGTCCTGCCGCTCCCGCTCCCGGCTTTTTTTGATCCCGCTTTCATCTGTTTTCATCCCTATTA
TGAGCGTAGCACAGTATGGTACTCCCTATGTTTTCTGGTCGAGCGACCAGCTGGTTGACCTAGG
GTTCCGACCAGGTGACTAATCGTATATATGGTATATATAAAGTAAAGATTAAACATGACATGAA
TTTTGCAATACTGACTTAAGAGAAGATATTTGTTCATCCATCTAAAAATAGTTTCTCCCCAGTG
ACCCTAAAGTAATGCTGGTGTTCAAAACAGCAAAGAAACACTTACTACCACTCTAGAATTTTGG
ACATTTAGAAGAACAAGTAATGAACAGCGATTGAGAATTTCAGAGATCTAGAATTTTGGAAGGT
TTTATTGAGGCTGCCGGCGGACGTTTCACCTCTCTGTAGCCGGCTGCTTGCCAGAAAAAAGCCC
ATAAAAATTTGAGGCGCGTCGAACCTTGGTTGGACATTATCTCCTGATGAACGAGCGACTAATC
GTAGCTAGTCGGCAACTAGTCGGATGGCCAAGGCGATCAGGTGTCCAGTGTCCTAATCGGGTCG
CCTGCCCTGATTGACCACCCAAAACCTACCAGCCCGACTAATCGCGATTAGTCGGATGATAATG
AAAACACAGCTCCCTCCATTTAAAATTACATACATTTTGGCTTTTCTGTATTCATAGTGTTTGC
TATATATGCACTTAGATATACACTATGTCTACTTGTCTAGATACATAGTAAAAGCATGTATCTA
GAAAAGCCAAAATGTTTTATAATTTGGAATGTAGGGAGTATCATGCAAAAAGGCTTGAACTCTC
CAGCTAGATAAATGTCTCATTTGTAGTAGTAAATAATTTGAAGATGAAATTGGTTAGTGACGGT
TGTGGACGTATGTATTTTTATGGTCTACTTCAACTAGGCATATATTGGGAGTCTGTGCTTTCAC
TGCTTCTTAATGCTATTCTTTTCACAATTAATGATTCTGAGTTTGACTAGCATGCATTTTTTCA
TGATTTCTATTTTGTTATGAGTGCAGAATAGAATTCTACACAATCAGTTAGAAGCTTTACACAT
TCGGTTAGCCGAGAAAGAACGGAATATTGCTGGGCTTTCATCACATCGTACTGATAATTCACAT
GCAGAAGATGATCTACAAAGTGTCATCAGTTATCTGCGCAGATCGAAAGAAATAGTAAGCATTG
GATTTGGAGGCTTTGTCTAGTATTCAGTTTGCACTAGATGTGGTTCTTATTCAGCCTATTGACT
ATTTCAGGCCGAAACAGAGATATCATTGCTTAAACAGGAGAAGTCTCGGCTTCAGATAGAAGTA
TGTTATGCTAGCACCTGGCAACCTGCCCTGCATTTGTCCTTATTCAAAATGCTTTTGAATTTAA
AAATATAAGATTCCATGAGGACCATCTATTGCTGGTTAAAAAACTGCAGCACATTCTGCCAGAT
GCAATATGCCATGTTGACCATATAATTAAAAAGTTGTTCGATTTCTGTTTGATAAACTGTGCAT
TGGTTCAGTGTCGTAGGATCTATGATTTTTTTTTGCTGTGCGTCATGTTGCCTTCTAGTTGGTG
TCAAAACACCAGCTCTACTGGCAATTGTTTGTTTAAATTGACGCCTCCCTAATAATAGCCAATT
TGCTCTGGAAACGGTGTTATCTGCTATATGCGTACATGCTCTGAAATTGATGACCCTTTTTAAT
TCATCTGTCTTCAAGGAAAGGGGGTTTTTTATAGACTAAATTCGGAATGTTTGGTTGGGACTTT
TGTGTTAGAAGTAGTATTTGATGGAGCATGTGAACCTCCATTGTAGTTTACTTTACAAACTTTT
TTGGTTGAATGTATTGATGTCTCTAATTTCATATGTTTCTTTATAATGGTAATACAGCTGGAAA
GTTCTTTAAAGTCTGCCAAGGAGGCACAGGACTTGTTGCGAAGTCAAGCTGATAGTGCCAGGGC
ATTGATGTTCAAGGATGAAGAGTTCAAGTCACTGCAGATTCAGGTGCAATTCAATTGTTGGGAT
TAGTTGATCACATAGCTATGTCGCATTGCTATGTTGCTTTGACCTGGTTATTGAGTGTATTTTA
GCCTTATTACCTTATTTATTGTTTTTTATTTGAAATGACCGACCTCAGGTCAGAGAAATTAACT
TGCTTCGTGAAAGCAACATACAACTTAGGGAGGAGAACAGGCACAATTTTGAAGAATGCCAGGT
AATATATTAAATTGGTAATGTTTAATTGCTGGTTCATATCTGGATGTGCATAATTTTTTATTTT
AATTTTGTGCGTTCAGAAATTCCGTGAAGAAGCTCAAAAGGCTAAAATGGAATCTGAGAGGTTG
CAGAACCTTCTACTGGAGAAGGAGGTAGACGCTGAAATGTGCAAAAGAGAACTGGAAATGCAGA
AGGCAGAAATAGCTAATCTCAACCAAAGTATTTCTGAGGTAAGTTTTAGTCCACTTTCTAACAG
TAATGATAAAATGCCATGAAATTCCTTTGGCTTCATTAAGAACAGCAGCTGTGGTTTTTGTCCC
AAGCAAGTTTTAGTCTGTTGGTTTGTAATATGCAGGTTATTGCCATAAAAAAATTGTAAACATT
GTGAGAAAACAATATGTGCATAAAAATCTATATATTAATTCATTCTATTCTTCATATGTTGAGT
TCTGCAGTTGTGTATTAATGTTTTCTTGGCAGCTGATTGAAAATAGCAAAGGCATTGATTTGAA
CACTTATGAAGCCATGAAGAATGAACTTCAAAATATCAAAGTTAGTCTTCTGTTTTCCTCTTCG
TTTTTCTTTGTGATGATGCCATTTTGAATGTTTCTTGGTCAATGATGTATACATGATTGGATTT
CTTTTTCTGCACAAAAGAGTTTGATGACTGTCATTTTTGTCTAGTTTGACTAAACATTTGATGA
ATCACTATAGTGTCTTGTTTCCCTATTTTGTACCAAATATTTTTGTACCACTTTATTTTCTTTG
CTGTGAGTTTGTGACATAAACTGTATGAGCTTCTGCACTGTACTCTGTATTACGATTATTGTTA
TCTTTTGGATGGATGCTTGCTTTGGGTGAAAGTGATGGCGCAAGTCTCTAACTGTACATGAGTC
ATTAAGTGTCTAATTTCATTAGTTGTATGATATTGGATTTGCTTGACTTTTTTGGGTCATAGTT
TAATCGTCTTACTATCACATACATTAACATAATTATCGTTTTCAACAGTCAACCTTGAGAGAGA
ATTCTATGGAGCTTGAAAGTGCAAAGATACTGCTTTCTGAGAAAGAAGTTGCCATAAAAATTTT
GGAGGATAAGCTTTCATTATGTCAATCTGAATTGGATTCCAAGGAAAAGAAGCTGAATGATGTA
GAGGTGATAATAGTTCCAACTTTCATGACTAATATATTAACTAATTCGCTGTAGTACTTATATT
TTTTTGTCCTATTGTAGGCGTCCCTTAAATCTGAGATTGACAAGCATAAGAAGATTAATTTAAA
CTTAAAGGTTTGGTTTTTTTTCACTTAGTTGCAATATTGAATTTCTATTTTCTATTTTGTTTAT
TCATGTGTCTTCTCCCATTTTAAATGTTCCAGAGAAAGCATGACAATTTGATGAAGGAGAAGGG
AGAGATTGCTAAAGAAAATCAAAGCCTTGTAAAGCAGATGGAGGATCTTAAATCAAGTACTTCC
ACGCTGTTCCTTGTTCCGTTGCATCTTATTCTTTCCCACTTGAGCAAACTTTTGAATAGTTTCA
TACTAGTTGCTGCAAATCTAATAATATACTTTAGCAGCTCAGAAGACAACATCTGAAACAACAC
TTGAGCAGGCTATTAAAGAAAAGGATTTCAGGATACAGGTTAGCACGTTTTGCTTAAATGGTAC
ACAAAAATATTCTTGAGCCTTTAACATAAACATATATTAACAGACATTAGAAAGAACTCTGGAA
AAGGAAAGAGATGATAACAAGAAAGAGAAGGCAAAGAGTAGGAGGAATGAGAACACAATCTTTG
GTGCACTTCAGAAGGTGCAACAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.070971131
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chen et al., 2017b