Detail information of POPTR_0018s10480_circ_ag.1


General Information
CircRNA Name POPTR_0018s10480_circ_ag.1
ID in PlantcircBase pop_circ_004169
Alias scaffold_126:43764-48573
Organism Populus trichocarpa
Position chr18: 11388530-11393339  JBrowse»
Reference genome Populus trichocarpa genome v3.0
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI2; circRNA_finder
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing POPTR_0018s10470_circ_igg.1 POPTR_0018s10480_circ_igg.1 POPTR_0018s10480_circ_igg.2
Support reads 14,7,68,8,3
Tissues leaf; cambium; xylem
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTGGCCTCGGCCGAGTCTTCGGCCACCACCGGGAACAGCCGCGGCCCAAACAGTGTAAGGGCAT
TGGTTTCGGATTTCGAAAGTAGCTGCGTTGCTTAAGggtgaagaaataggcaaaaagaaggaag
cagggaaacaatgctaagtaagaaaaaggactcatagtgaagaaatatggattgagaatgctgg
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTGAAGAAATAGGCAAAAAGAAGGAAGCAGGGAAACAATGCTAAGTAAGAAAAAGGACTCATA
GTGAAGAAATATGGATTGAGAATGCTGGTGTGTTGTGATTATTTGTGAGGGCTTAGGACAGCTT
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TCTGTCTTGAAGACAGTGCAAGGATTGTTGCACCCTCCGCTGGCCCTGAGCGGATTTGGGCACT
GTCCATTGATATCAGCTGCGCACCTAATTCCGCGGCAGTTGCCTGATACTGGACTGAAGTCCAT
AGGAACATTAAACCCATCAACAAGAGATATGTCAAAGAAATCTAAGTTGTTGAATTGGTTCAAG
GCATATTCAGCCAGTGTGTTAGGGGGTTTCCCGAAGGCTTGGCATTGCAAGAGCCCATTGCAAT
CACCTGTCTCACACGTCCCTCGCCCAGCCCCATTGAAATTGCACTTGGCCGTCCCCAAATACGG
GCTTGTGTTGTTCCGGCCCTCGCGGTGATGGTCCATGATTGGCCTCGGCCGAGTCTTCGGCCAC
CACCGGGAACAGCCGCGGCCCAAACAGTGTAAGGGCATTGGTTTCGGATTTCGAAAGTAGCTGC
GTTGCTTAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.09412233
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Song et al., 2020