Detail information of Solyc08g074760.2_circ_igg.2


General Information
CircRNA Name Solyc08g074760.2_circ_igg.2
ID in PlantcircBase sly_circ_002635
Alias NA
Organism Solanum lycopersicum
Position chr8: 58901027-58905503  JBrowse»
Reference genome SL2.50.38
Type   igg-circRNA
Identification method CIRI; find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing Solyc08g074760.2_circ_igg.1 Solyc08g074760.2_circ_igg.3 Solyc08g074760.2_circ_igg.4 Solyc08g074760.2_circ_igg.5 Solyc08g074760.2_circ_g.1
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ATTTATGACAGCTTTCTTGGAAATCGTAACTTGTGTGGCAAACAAGTTAGTCAGGACTGTAACA
ATGGAGGTCCTTCAATATCCCCGTCCCCGGGTTCAGgggatcattctcttttccattgctggtt
ttgtggtgtcacatcctgtttactgtatgtccaagggaaccgtagcacagcgtagtccgcctga
tgttcttc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGGATCATTCTCTTTTCCATTGCTGGTTTTGTGGTGTCACATCCTGTTTACTGTATGTCCAAGG
GAACCGTAGCACAGCGTAGTCCGCCTGATGTTCTTCAGTAGCCTTATTATGCTTGATCAACGCC
AAGATGGGCGACTTCTCTTCGAAAATTCAGGATTTGTTGTTTTTAAGCGTGCTGTTGCTTTGCA
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GCTTTTTTTTCTTGACGCTGCTTTAGAATTTGAAATTACGAAGTTAATGATGTACATGCTAACT
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TTTTCTTTATCAATTCTTCCTATCCTTCTTCATAATGCCATCATGCTTGTGCCTGTCCATTTCA
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TCAGTGGAAACATTCCACCATCCCTTGGCAAGCTGAACAATCTTGGCATTTTGTGAGTGCCCTA
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TTACTCAGTTTCTCTGTTTGATTTACATAATGTTGACATAACTAGTGTATGTCCATACGTTTGA
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ACTGTTTAGTAAATTGTGTATCAGTGAAAATGAAGGGTATGCAGTTGTAGCCTTCGATACTAGC
ATTTGCTTGAATCTTGAGTAGTACCCATCATTGGAAAAGGAGAAAGACTTGTATGGATGTGCAC
AGAATAGCTGCCTGATCTAATTTGACCTAAAACTTGTAATTTACAACTTGCCCTCTGGTTGGCT
TGATTTACATGATTTCTGATTTTAAATTTATGACAGCTTTCTTGGAAATCGTAACTTGTGTGGC
AAACAAGTTAGTCAGGACTGTAACAATGGAGGTCCTTCAATATCCCCGTCCCCGGGTTCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.166130024
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Yang et al., 2020