Detail information of 2_circ_ag.4


General Information
CircRNA Name 2_circ_ag.4
ID in PlantcircBase ath_circ_016124
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr2: 13837699-13842037  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing AT2G32530_circ_g.1 2_circ_ag.2 2_circ_ag.3 2_circ_ag.4 2_circ_ag.5 2_circ_ag.6 2_circ_ag.7 2_circ_ag.8 2_circ_ag.9 2_circ_ag.10 2_circ_ag.11 AT2G32540_circ_g.1 2_circ_ag.2 AT2G32560_circ_g.1 AT2G32580_circ_g.1 AT2G32580_circ_g.2 AT2G32600_circ_g.1 AT2G32600_circ_g.2 AT2G32600_circ_g.3
Support reads 2
Tissues root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TGTAGGAGACGAGAAAGAGGTCCCTCATATCGTATACATTTCAAGAGAAAAAAGACCAAACTAC
CTTCATCATTACAAAGCTGGAGCCATGAACTTTCTGgcaagagtgtcagggttgatgacaaacg
caccatacatcttgaacgtggattgcgacatgtatgccaatgatgcagatgtagtccgacaagc
aatgtgta
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GCAAGAGTGTCAGGGTTGATGACAAACGCACCATACATCTTGAACGTGGATTGCGACATGTATG
CCAATGATGCAGATGTAGTCCGACAAGCAATGTGTATACTTCTGCAAGAATCATTAAATATGAA
ACATTGTGCTTTTGTTCAATTCCGTCAAGAATTCTATGATTCAAGCACCGAGCTAATAGTCGTC
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TATTCCAGTAGCGGTATGTCTATTAACTTAGCTGTATGCATGTCTCTTAACGTAATCCACGTAT
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TAGAAACATATTCAAAAATCGCAAGAAAGCTCCTCCCATGGCAGATTCAAGCTGTTCTCTCCCT
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GATGATGGATGCTCACCTCTCACTTACTTTTCTCTCAAGGAAGCTTCTAAGTTCGCCAAGATTT
GGGTTCCCTTCTGCAAAAAATATAACCTTAAAGTTAGAGCTCCTTTTCGGTATTTCTTAAACCC
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ATTGTTTATTTTGCGATTGTGTTTGTCTTTAGATTTACAAATTTTTTTAATCAGTTTTTTTTTT
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ATGAATTGGAAGCTTTTTCAAACACAAAACCAAATGATCATTCAACTATAATCAAGGTATTTCT
ACAATTCATAATAAGGGTTAATTAAAACAATTACATGAAATCTTGTTAATGTGAAGGTGGTATG
GGAGAACAAAGGAGGTGTAGGAGACGAGAAAGAGGTCCCTCATATCGTATACATTTCAAGAGAA
AAAAGACCAAACTACCTTCATCATTACAAAGCTGGAGCCATGAACTTTCTG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.172604979
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017