Detail information of 5_circ_ag.5


General Information
CircRNA Name 5_circ_ag.5
ID in PlantcircBase ath_circ_041577
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr5: 15658461-15663249  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing 5_circ_ag.6 5_circ_ag.7 5_circ_ag.8 5_circ_ag.9 5_circ_ag.10 5_circ_ag.11 5_circ_ag.12
Support reads 2
Tissues root, aerial
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ACTTTGTTATTAGTGATTCCTGCTTGGTTGAGGCCTGAGGAAAAGAAATCTTCTGCCTTTGCTT
GCTTTGGATCCTTGCAAAACTTACCATTCACAAAAAcaccatttttgaggtcgccaatggccac
acaaaagtcttgaagtggacttggatcattagcttcggcaaaggaaatgaccaaagccgataag
gtaatcag
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CACCATTTTTGAGGTCGCCAATGGCCACACAAAAGTCTTGAAGTGGACTTGGATCATTAGCTTC
GGCAAAGGAAATGACCAAAGCCGATAAGGTAATCAGGATGAGAGACTTGGAAAACCTCATTTTC
AAACAAAAGGTTATGCTAATCCTTTTTTGAGACTTTTATAAATGTATGTGTTGTTTGTGAATTG
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CAATATTGTGGTGACTAGATTTAGTTTTTAAACTTGGCCTCAAGGTCTTTGACAACATTGACAT
CTAACTGAAAAGCTTGAGCCAAAATATCTGGATTAATCGGAGGCGTTGACCCAAACACAGTATC
TGCGATCGTGATGACACCAGCATTTTGACTACTTAGTCCAGCAAAGGCCACTGCGGGGGTCTTC
CCGATATTCACTTGAAAATGGATCATTCCTATGGGGAACACGAACACGTCTCCCGGGTTCAGCA
CTTTGGCGAATAAACGGTTGTTGTCTTGATTCGAAGAGACAAAACCAACATATAACGTTCCTTC
AACAAGAACAAGGATCTCAGTGGCACGAGGGTGTGTGTGAGGCGGGTTTTGACCATATGGCGCA
TAGTCTATGCGGACCAAGGATATTCCCAAAGTGTTTAACCCTGGAATCTGATCGACATTGACTG
TTGTCACGTTGGATTTGACTTTGTTATTAGTGATTCCTGCTTGGTTGAGGCCTGAGGAAAAGAA
ATCTTCTGCCTTTGCTTGCTTTGGATCCTTGCAAAACTTACCATTCACAAAAA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.229257673
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017