Detail information of Pg_S3044.6_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Pg_S3044.6_circ_g.1
ID in PlantcircBase pgi_circ_000113
Alias novel_circ_0000589
Organism Panax ginseng
Position chrPg_scaffold3044: 64230-68909  JBrowse»
Reference genome ginseng_v1
Type   i-circRNA
Identification method find_circ, CIRI
Parent gene Pg_S3044.6
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues root
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered 0
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ACTGCAGAGGACGCTTGGGGTATATCTTGCCCCTTTTCTCCATGGCAAGCGCTATACATCTTTT
GGTCGCCACTTTACAAACGTTGACAAGCTTAAGGAGgttgtgtgaagataagtgcgtaagatcc
ttccatccaaatgtagttgcaggagctgaatcattttgtgaatctcttggctacaatgatgctc
aagttgaa
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTTGTGTGAAGATAAGTGCGTAAGATCCTTCCATCCAAATGTAGTTGCAGGAGCTGAATCATTT
TGTGAATCTCTTGGCTACAATGATGCTCAAGTTGAAGTGTGAACCAGTTCTCATCACGTTATCT
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ATACATTTGAGAATGTGCTCATTGTTCAGTTCTTATACTGCAGAGGACGCTTGGGGTATATCTT
GCCCCTTTTCTCCATGGCAAGCGCTATACATCTTTTGGTCGCCACTTTACAAACGTTGACAAGC
TTAAGGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Bian et al., 2021