Detail information of Os03g0278700_circ_g.4


General Information
CircRNA Name Os03g0278700_circ_g.4
ID in PlantcircBase osa_circ_019172
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr3: 9483938-9486268  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   i-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene Os03g0278700
Parent gene annotation Hypothetical conserved gene. (Os03t0278700-01)
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads 1
Tissues shoot
Exon boundary   No-No
Splicing signals   CC-AG
Number of exons covered 0
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ACAGATATAACAACTGAACTTCCCTGCATAGCAGGCCTTGTTTTGCTAATTTTAAGATGTATAT
ATACCGTGTTGAGTCAGTAAATAATTGATGGTCTTAgtaacttaatggatcttttagttttctg
tttatttcatccaagtggcaatgtgcccttatgctttagttatttaaaattttgcattttgagg
gtcattgc
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 2331
Transcript exons: 9483938-9486268
GTAACTTAATGGATCTTTTAGTTTTCTGTTTATTTCATCCAAGTGGCAATGTGCCCTTATGCTT
TAGTTATTTAAAATTTTGCATTTTGAGGGTCATTGCAATAATCACGATCTCTGTAGAATTATTC
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ACAACTGAACTTCCCTGCATAGCAGGCCTTGTTTTGCTAATTTTAAGATGTATATATACCGTGT
TGAGTCAGTAAATAATTGATGGTCTTA

Genomic sequence GTAACTTAATGGATCTTTTAGTTTTCTGTTTATTTCATCCAAGTGGCAATGTGCCCTTATGCTT
TAGTTATTTAAAATTTTGCATTTTGAGGGTCATTGCAATAATCACGATCTCTGTAGAATTATTC
AATAGGTTCTTTGTGAATATTTGGGCATGTATGTATTAGTGTCTTCGTGTTTCTTTGTTTAAAG
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CAGCATGGGGACACTGGCACACTAGTCAACTAAGGGTTTGGAACCTTCCCTCCTAGCACGCAAA
ATGGAGTGACGACTTAGCGCACGATTAATTAAATATTAGCTAAAAAAACTTGAAAATGGATTAA
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TTTCAGAGAGACATTGCTGTCTTCAAACCATGGTTCTCCTACTCCTTGTATGGTTTACCCATAG
GCGTTTGGTGGATTACACCTGTTAACTCTGGAGGCCTGGTCCAAACAACGCTGTAGTGTTGTAT
AAGTTAAATACATGATGGATCTGTATCCTGTCTTTGTTGCTTTTTACTTGCATGCATCCCATGG
TGATCTTCTGTATAGATATGTATATTCAACTCCTCATCTACTTGCATGTTTGAAATGTGATTAC
TGTCTCATGTAGACCCTTTTTTTTTTTTTGCAAATACTAGAATATTCTGTCTATTAAGATGTTT
AAGAGCATTTGTTTTTGAGTGAGCAGCATAAGTATGCATTTGGGTTCTGTGCATAACAGATATA
ACAACTGAACTTCCCTGCATAGCAGGCCTTGTTTTGCTAATTTTAAGATGTATATATACCGTGT
TGAGTCAGTAAATAATTGATGGTCTTA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.201281957
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017