Detail information of PGSC0003DMG400008591_circ_g.1


General Information
CircRNA Name PGSC0003DMG400008591_circ_g.1
ID in PlantcircBase stu_circ_001458
Alias chr10:52623312|52628107
Organism Solanum tuberosum
Position chr10: 52623313-52628107  JBrowse»
Reference genome 3.0.38
Type   e-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene PGSC0003DMG400008591
Parent gene annotation O-methyltransferase
Parent gene strand -
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues stem
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   CT-CC
Number of exons covered PGSC0003DMT400022143:3
PGSC0003DMT400022144:1
PGSC0003DMT400022145:1
PGSC0003DMT400022142:2
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CCTCATTAACGCGTCCTGATGGTGCTGGAGCACGTACGAGCCATGAGATAAGCCATTCTCGTCC
GTGACTAGGGTTTTTCCCACCTCAGTCAATGAATATttctttgagagccgtcatcgactacatg
ctcctcgaacacacggtaactcgtgagcatgcgtagaatccgttgaaggttctcagcatccccg
ccaccctg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TTCTTTGAGAGCCGTCATCGACTACATGCTCCTCGAACACACGGTAACTCGTGAGCATGCGTAG
AATCCGTTGAAGGTTCTCAGCATCCCCGCCACCCTGAGGGCGGATTTTAGCGAGAATTTCAGCG
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GTTAATTCCAAGTTCAATATTTGTATGTTTATCTAAAATCATCTTCAAGCAATCTCCACCACTT
CCTCCAACATCAACAAGTGTTTTCACACCTTGAAACCCATCATATCCCTCTAAAATTGCCTTCA
TAAATGGCACAGATACTCCAGACATTGCATTTAACATAAGGCTATTCATCTCTGAGTTTTTTCC
ATAGTAATTGTAAGCTGGCTCACCATTTGCCTTCACAAATGGCTCTATCGATGAATCATTAACG
GCCTCATGAACCATCGTCCACGCCCTCATTAACGCGTCCTGATGGTGCTGGAGCACGTACGAGC
CATGAGATAAGCCATTCTCGTCCGTGACTAGGGTTTTTCCCACCTCAGTCAATGAATAT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.106283823
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2018