Detail information of Csa3G202720_circ_g.2


General Information
CircRNA Name Csa3G202720_circ_g.2
ID in PlantcircBase csa_circ_001679
Alias Chr3:13872569_13877375
Organism Cucumis sativus
Position chrChr3: 13872569-13877375  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   ue-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene Csa3G202720
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing Csa3G202720_circ_g.1
Support reads NA
Tissues leaf,root
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Csa3G202720.1:9
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TGGAGGTTTTGAGGAATGTTGCGGCAGCTCAGCAGCAGCAGCAAGCTGGCAATGCAGCAGATCA
GCTAGCTTCTCTGTCGCTGACGGAGAACCTCGTGTCagtgaaattatttccagtatggcgactc
aggtgcaagctcagcctcagaatgctatttccggcatcaatccagcggcgaatggcggtgccaa
ttttgtca
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence AGTGAAATTATTTCCAGTATGGCGACTCAGGTGCAAGCTCAGCCTCAGAATGCTATTTCCGGCA
TCAATCCAGCGGCGAATGGCGGTGCCAATTTTGTCACTACTTCTTTGTACGTCGGAGATCTGGA
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CTGCTCTGGCAAATGCTACTCCAGACCAACAGAGAACAGTAAGCATTTTCTGTACTATAAATGT
AGTTTTTGGATATCACACCTTGACGAAAGTTGGGACTATTGTCCAACTGTGTCTCAGATCTTTG
TATTATACTGTTGAACGAAAAATAAAATAGAGATTGAAGTTTATATGAGAACATGTGCAGAAAG
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ATTGATGTGTAGATGCTGGGGGAGAATCTTTACCCGCTTGTGGAACAGTTAGAGCCTGACAACG
CGGCCAAGGTAACTGGAATGCTTCTGGAGATGGACCAGACTGAGGTTTTGCATTTACTAGAGTC
CCCGGAAGCCTTGAAGGCGAAAGTAGCTGAAGCTATGGAGGTTTTGAGGAATGTTGCGGCAGCT
CAGCAGCAGCAGCAAGCTGGCAATGCAGCAGATCAGCTAGCTTCTCTGTCGCTGACGGAGAACC
TCGTGTC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.525455407
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to salt stress in root
Other Information
References Zhu et al., 2019