Detail information of Zm00001d015932_circ_g.5


General Information
CircRNA Name Zm00001d015932_circ_g.5
ID in PlantcircBase zma_circ_008661
Alias zma_circ_0001873, GRMZM2G484880_C3
Organism Zea mays
Position chr5: 132602439-132607168  JBrowse»
Reference genome AGPv4.38
Type   ei-circRNA
Identification method find_circ, CIRI2
Parent gene Zm00001d015932
Parent gene annotation Chromatin modification-related protein EAF3
Parent gene strand +
Alternative splicing Zm00001d015932_circ_g.1 Zm00001d015932_circ_g.2 Zm00001d015932_circ_g.3 Zm00001d015932_circ_g.4 Zm00001d015932_circ_g.6
Support reads NA
Tissues leaf, root
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Zm00001d015932_T002:5
Zm00001d015932_T001:5
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CTTTTATATAAGAAAGAGCGAGATCAGTATGCTGAAGAAGTTAAAGGTGATGTCTCACCATCAA
CTGTATATGGAGCTGAGCATCTATTGCGCCTTTTTGctgggatgaatgggttgcaaatgaccgc
ttgttggaattgacggaggaaaacgtgcgcaaacaacaagagcttgataagaatcaggtagttg
acaaaaca
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CTGGGATGAATGGGTTGCAAATGACCGCTTGTTGGAATTGACGGAGGAAAACGTGCGCAAACAA
CAAGAGCTTGATAAGAATCAGGTAGTTGACAAAACAATGAAGTCTGGACGGTCAACACAGCATA
AACCAAAAGTCTCCAATGGTTAGCTTGCCTTCCCCTCCCATCCCCATGTTGTCTTTAAGAATAA
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TATTCTTTCCACTTTCTTGACCCAAAATGATAATACACTATGCATTTTCAAATAGTATTGTTGA
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ACGCTTAAACGTCGTTTAAGCGACGTTTTAATAACAATGTTGCTGGGAATGTTTTCCCTTGGTT
GTAACCTAGTATAGCTTTCTTTAAATTGCTACTCCCTTCCCTGGGACAAGTCAAATATCTTGTT
TCCTTTTATAATGAGGTTCTACCATTTTTTCTCTATTCCACATCTTAGGCCCTGTTTGGAACTC
CTAGAGCTAATAGTTATCCAGCTAACAAATTGTTAGCTGGATTGAGCCAGCTAATGAACTAATG
GTTGGCTGTGAGGTAGATAATAATTAGTTGGTGTATTAGTTGGGTGTGTTTGGAACCTCTATAG
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CATTCAACAAAGAATTACTTACAGCTGAATGTGTGGAAATAAAAGCACTGAAAATGTTGCATAG
TTCATTTCAAAGTGTTGGAGCTATCATAGTACCGGTATGAATTTATTACCCACCCATCCTTAGT
GCCAGCAGCTGACTCAAAATTCAATGTTTTAGCTATCTGCTTTAGCAAATTAAGAGACTAACAA
ACCACTGTGCTTATCTTGTAACATATTAATTACTATCTCTGAAGATTCAGGACAAGGAAAAAAG
ATCATCACATAGTCTACTAGTGTTGCAGTTTCCTTTGCCACTGAAGAAGCAACTTGTGGATGAT
TGGGAGTTTGTTACGCAGATGGGTAAGGTATTTAGTTCTCTGTCTCTTACCCTTCATTAGTATC
TCATATTCTCATGTACCATTTGATGTCTCATATCCTAGACTAAATATTAAAATGTTTTGTGTTA
ATTGGCATGGAATTTCAGCAGGCCCAAGTGGCAAGCTCATTAGCTCATTCAGAAAAAGACTTTG
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AGTTAAATAAGAAATGCCGTCCATGCAATAGGATCCAAAGAATGCGGCAAACATTTTCCATATA
TTTATTTATTTCTCCAAAACATCAAACCTCAAGACAGATTTGTCCGTGCAATAGGGTCCAAAAG
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CATTATCATCTCAAAGAGCGAAAGGGCCTCTAGCGTAATGGTTAAGGCTTCCGAGTAGCACTTC
CAGGTCCTGAGTTCGATCCCCCTCGGGAGTGAATTTCGGATTTAGTTAAAAAAATCCCTTAGTT
GAGCCCCGCCCGCTCTCGGGGATCGATATCCTGCCCGTCATCCTCCGACTGGGCCGTTGCAGAG
TGGGCAGTTGATCGGCCCGTTAGTGATGGGGGCCAGGGTTCGGGGTTTTTTCGTCCGGGACCAT
GTTTCAGTTTCTTCTTAATATAATACCGGGAGGGCGGTCTTTCCCTCGCCGGCCGAGTTTTTTT
TATTATCAGCTCAAAGAAAACAAGCTAACCTTAGTGATAAACTGATCCGAACACCAGATGAAAG
TCTTCTTTGAAATAGATAACCATATTCGCCTCACTTTTTTTGTTCACCACAACTACCTGAGATT
TCCTTGGCCTGCAGCTTGTGAAGCTACCACGATCACCTACTGTTGATGATATTCTAAAGAAGTA
CTTGGAACACCGGGCAAAGAAGGATGGCAAGTGAGTATTCTATTGCTGACATGGATTCATTTTC
TATATGCATTTTCGCTCTTGGTCTTGGGCAATAGCCTTACCTGAACCATGAGCCTCTTTTGTAT
ACCATTATATAATACAAATTTACTTACGCGCGTAGCAGAAAGGGTTGTTTCCATCAGAATGTTG
ACTGTACAAAGCTGGCTTCTGGACCTGCAAATTCCTTTTCCATTTAGACAGCTTTCTTTCATTA
GTTTTACCAATACTGTTATAGCCAATTGGATGCCTTTTTATGTTTGATTGTATTGTTGTTACCA
TGTAACCAAAACAAATATAGTGTTTAGTATGTCATGGCGTTCATTTAGTCGTGCTAATAATGGT
AACATATATGAAGCATTGTTTGGTTGTTGGATTGAATCATCTCAATTACATCATTGAATGGCAG
ATAGCTTAAGCTGATAATTTCCACTTTGCTTATTCATATTGATAACTTTGATTATGCTTTTATT
TGTTAGTCCATTGTGCTATAGTTTTCGTAATTCCATTTTATCCCACTTTCCATATATCTATTTT
TTCAGTCCTTTTGTTTTACTTTGGTTGGTTGTCAGCACCAGCATTGTTTGGTTAGTTATAGCTT
TTCTGTTGTGTTGAAGGATAAATGACTCCTATGCTGAGATTCTGAAAGGATTACGCTGCTACTT
TGATAAAGCATTGCCTGCAATGCTTTTATATAAGAAAGAGCGAGATCAGTATGCTGAAGAAGTT
AAAGGTGATGTCTCACCATCAACTGTATATGGAGCTGAGCATCTATTGCGCCTTTTTG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.129681365
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to drought stress
Other Information
References Ma et al., 2021b;Zhang et al., 2019