Detail information of GLYMA_11G121700_circ_ag.1


General Information
CircRNA Name GLYMA_11G121700_circ_ag.1
ID in PlantcircBase gma_circ_008907
Alias novel_circ_000206
Organism Glycine max
Position chr11: 9299459-9304240  JBrowse»
Reference genome v2.0.38
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues root
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   Yes
PCR primers for BSS    F: TGAAGGGCCAACTTCATTTTCA
R: AGCTTCTTGCTCTTCCGTGA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CCATTTCCTCATCCACTTTCACTGGAATCACAATCCTGAAACAAAAACATCTTAGCATTTAACA
TACTACTAGACAACATGACCACCACATTGGAAAGAGgtttcacggaagagcaagaagctctggt
ggtgaaatcatggaacgaaatgaagaagaattctcaagaactcggtcttaaatttttcaagaag
taagccgt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTTTCACGGAAGAGCAAGAAGCTCTGGTGGTGAAATCATGGAACGAAATGAAGAAGAATTCTCA
AGAACTCGGTCTTAAATTTTTCAAGAAGTAAGCCGTTTAATTTCTTCATCTCTTTCAACCTTAT
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CGCATTACTGACTCTTTAATTAGGGGTAGATCCACATCAGGTGTTCAAGTAAAATTACGTTGTC
TGATTATAACAATTACAGTCTACTGCATTTGGCTGTCTAGGAACAAGCTGATTTTTGAAGATTA
TCAAAAATAGAAGTTATTAGCAAGATTAAGTTTCTTATATATAGACAAGCGCATCTATTGCATT
TGTTTTAGCATCTTGATATAGTTATTCTTGTATTAGGGAGACTTTTGATTTTCTTTAACTGCGG
GGTATGCCCCATTTATTATTGTATCATTTTGGGTTTAATATAATTTACATTTTTTCCCAAAAAA
TAATTTGATTTGGTCATGGCTTACCCAAGGAGTGGTCAACTAAACTAATTGAAATTCAATGGCA
CGGTCATGTTGACTGGCCAAAACCATTTTTTTCTCGCCGCAAGCAGCCCCTGGTTTTGGGGCAC
GAGCACCTAGTATGGCACATTGCAAGTGTACCTTTGTATTTGGATATATAACTAAGGTGGCATG
ACTCAAATTGATTCAGATATAATCGAAAAAAATTACTGTTTGGATATATTCCACTATTTAGAAA
GCAAAATGGACTACGAAAACTTGAGTAACAAGGTAAGCCACACAAATGGGAATGACTCCCCATT
ACAATGAAGGGCCAACTTCATTTTCAATGAATCCCACTATAAAAACTTTAGCAATGCAAAAGCT
AAAACATCAACCATTTCCTCATCCACTTTCACTGGAATCACAATCCTGAAACAAAAACATCTTA
GCATTTAACATACTACTAGACAACATGACCACCACATTGGAAAGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.665155777
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to low-phosphorus stress
Other Information
References lv et al., 2020