Detail information of Chr3_circ_ig.40


General Information
CircRNA Name Chr3_circ_ig.40
ID in PlantcircBase csa_circ_001651
Alias Chr3:12326518_12331430
Organism Cucumis sativus
Position chrChr3: 12326518-12331430  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   ag-circRNA
Identification method Find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing Csa3G180220_circ_g.1
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GTACAAAAACACATGGCCTGTGTGCTTGGAGTTTATAAGAAGTGGTAAGATTGATGTGAAGCCG
CTTATAACACACAGATTTGGTTTCTCACAGAAGGAGgtggaagaggcctttgaaaccagtgctc
gtggtggtaaagctattaaggtcatgttcaacctgtaaactctcatacattgagagacagacac
aaagtgct
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTGGAAGAGGCCTTTGAAACCAGTGCTCGTGGTGGTAAAGCTATTAAGGTCATGTTCAACCTGT
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GATTCAAAAAGCCATGAAAGGTGAGATAGATGTGACATTGGACTGTGCTGGCTTTGAAAAGACA
ATGTCAACAGCCTTACAAGCCAGCCGATCTGGTGGCAAAGTTTGTCTTGTTGGAATGGGTCACA
ATGAGATGACTGTTCCACTAACTTCAGCTGCAGCAAGGTACATTGATTCCTGCTTTCTACAACA
CAAGTCCTTTTTTACATTTTACGGAGTTTAATAAGCTTTTTATATGGCAGGGAAGTTGACATAG
TTGGCGTGTTTCGGTACAAAAACACATGGCCTGTGTGCTTGGAGTTTATAAGAAGTGGTAAGAT
TGATGTGAAGCCGCTTATAACACACAGATTTGGTTTCTCACAGAAGGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.106296314
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References He et al., 2020