Detail information of Csa3G081370_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Csa3G081370_circ_g.1
ID in PlantcircBase csa_circ_001406
Alias Chr3:4430594_4434989
Organism Cucumis sativus
Position chrChr3: 4430594-4434989  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   e-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene Csa3G081370
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing Csa3G081370_circ_g.2 Csa3G081370_circ_g.3
Support reads NA
Tissues leaf,root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Csa3G081370.1:7
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TCTGATTCTTGTTTTCACTGGCAGCGTTCAACAGAAGCAGCGGGGCGTTCTTTAGTTTCTATTA
TTGTGGACCATATATTTCTGTGTGTGAAAGATCCCGattgcagacgggatgacagtagaggttc
gtacagtcaatctgctacttgaaactggtggtggatcacgacatcaaggaggagcaacctggtg
agttctgg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence ATTGCAGACGGGATGACAGTAGAGGTTCGTACAGTCAATCTGCTACTTGAAACTGGTGGTGGAT
CACGACATCAAGGAGGAGCAACCTGGTGAGTTCTGGTTATTTCCTTATTTGCTTTTTTTCCCCT
CTCTCTCCCTCCACCTCCTGCCCAGTGGTGGATCATATATTAAAGGTGCTTGTTTTGGTTCTTC
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GTGTTGTAAGATGGTGATATATCATGCTAATGGGATTTGTCTATGACATTAACAGGACTTCGTG
CCTTTCTTCGCTTTTTGACGGGATTATATGTCTGTTTGAATAGAGGAGATGTGGATCTGAAATC
TCAGCAGGTTATCATTTACTCTGCTCTTTCAAATGTACTTTTGAATATGATAAGGGGAATCTCA
CACATCTCTCTGATTCTTGTTTTCACTGGCAGCGTTCAACAGAAGCAGCGGGGCGTTCTTTAGT
TTCTATTATTGTGGACCATATATTTCTGTGTGTGAAAGATCCCG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.099219186
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 4430607-4430640(+)
Potential amino acid sequence MTVEVRTVNLLLETGGGSRHQGGATWASPLASITIRNLLLYTTNENWQVVNLKEARDFSANKKF
IYVFKKLEWESLSIDLLPHPDMFADANLARAQEGPIGRDDDGAKRVFFGGERFIEGISGEANIT
LQRTELNSPLGLEVNLYITEAVCPALSEPGLRAFLRFLTGLYVCLNRGDVDLKSQQRSTEAAGR
SLVSIIVDHIFLCVKDPDCRRDDSRGSYSQSAT*
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to salt stress in root
Other Information
References Zhu et al., 2019