Detail information of Os04g0348300_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Os04g0348300_circ_g.1
ID in PlantcircBase osa_circ_023477
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr4: 16580386-16582215  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   i-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene Os04g0348300
Parent gene annotation Similar to OSIGBa0130K07.8 protein. (Os04t0348300-01);Similar to
OSIGBa0130K07.8 protein. (Os04t0348300-02)
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads 1
Tissues root
Exon boundary   No-No
Splicing signals   TT-AG
Number of exons covered 0
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTAACAATATATCGCATTTATTTCAATTATTGGTTCTATTTGAGCATAACCAATTGCACTTGCA
GATTTGTCACACCAACTATTATTCTCTCATTTTATTgtatgtgcatatcccactccccctcgtg
atctgtctgctctgttagagctgcatttcttgctcactgatttagatttagcgcatgaatgagt
ttttcaca
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 1830
Transcript exons: 16580386-16582215
GTATGTGCATATCCCACTCCCCCTCGTGATCTGTCTGCTCTGTTAGAGCTGCATTTCTTGCTCA
CTGATTTAGATTTAGCGCATGAATGAGTTTTTCACATGAGATGTTACAGCGTGATTAGGGGAAA
AAATGTTGTTTAATGTGGTATACTGTTTGCATTCTTCGTTGTATTTTAGACCTTAAGATGGATG
TTATAGTAAATTGTCCGTGAGATCAGCAATGTCGAGACAAAATTAGATTTAGATTTAGCGCATG
AATGACTTCTTGACATGAGATGTTACAGCCTCAATAGGGGAAAAATTGTTGTTTAATGTGGTAT
ATACTGTTTGCATTCTTCGTTGTATTTAGACCTTATAAGATGGATGTTATAGTGAATTGTCCAT
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AAAAAATGTTGTTTGATATAGTATACTGTTTGCATTCTTTGCTGTATTTAAAAAAAATGTTGCC
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TTAAGAAATCTTATTCAAGTAGAAATTTATCAGGTCCTAGAACCTTTCCATGTTTGGTGAACTT
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TTCCCTCTGAGCACAGGGCCCATACTAGCAGTGGGTCACATTCCACTGCACCAGAACTTTTGAG
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CAGATTTCATGATTACATTTGGAATCACAAATTCAGGACCCACTTTAGACATTATGGGACTATG
ACTCTGAGGACGTAGGCTTTGTATATTAACAATTCCTACATGATTAAAAAGAAAAGTAACAATA
GTATTAGTATCTTTCTGTTAAACAATAATCTGGGTCATATTAGTAGTGTGGTTTAGAACTGTTC
TTTACATGTATATTAATTTTCTCAGTTTGCAACACATGCTAATATGCTGCTTAAAAAGTAAAAG
AAGGGTTGCTTACTAGACGTGGGTTTTATTTTATCTGGCTATATATCTTGTTTAGATATTTCCC
AGTATTTTTGTCTACTTTACTGAAATGTACTCAATAGTTTTGGACCAATATATAAAATATTATC
AACATATTCCTTCCATTCCTCTAGTTATGTTCTCCTCATGCCATATTGCTGCAAGCATACACTG
CTTTTGAAGGGCTGATGGTGTGTCTATTGGTGGTAAATTTACCATATGGAACTAATGCTTAATA
CAACTATCTCTTTGTGAATGCCAGAACGATGGCACATTTAAACCATGCTGCTACATCATTATGT
TGCCAATTGACACTGCAATTATGAAAATTCTCTGATGTTAAACCCTCAACACTCTGTGATTTGA
TTGAAATAAGTGCTTTTGGACGTGTTGTATCTTGTTTGCCATTCTATGAACCTAAATTGTTCAA
ATTATTGTATAGCATTTGGTATGCCCTTTTTGCTCAGTCTGGATAATTTCGTCTCATGATATGT
CATTAACAATATATCGCATTTATTTCAATTATTGGTTCTATTTGAGCATAACCAATTGCACTTG
CAGATTTGTCACACCAACTATTATTCTCTCATTTTATT

Genomic sequence GTATGTGCATATCCCACTCCCCCTCGTGATCTGTCTGCTCTGTTAGAGCTGCATTTCTTGCTCA
CTGATTTAGATTTAGCGCATGAATGAGTTTTTCACATGAGATGTTACAGCGTGATTAGGGGAAA
AAATGTTGTTTAATGTGGTATACTGTTTGCATTCTTCGTTGTATTTTAGACCTTAAGATGGATG
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GCATTTTTTGCTCACTGATTTAGCGCATGAGTTAGTTCTTGACATGGGATGTTACCTTAGGGGA
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CAACTATCTCTTTGTGAATGCCAGAACGATGGCACATTTAAACCATGCTGCTACATCATTATGT
TGCCAATTGACACTGCAATTATGAAAATTCTCTGATGTTAAACCCTCAACACTCTGTGATTTGA
TTGAAATAAGTGCTTTTGGACGTGTTGTATCTTGTTTGCCATTCTATGAACCTAAATTGTTCAA
ATTATTGTATAGCATTTGGTATGCCCTTTTTGCTCAGTCTGGATAATTTCGTCTCATGATATGT
CATTAACAATATATCGCATTTATTTCAATTATTGGTTCTATTTGAGCATAACCAATTGCACTTG
CAGATTTGTCACACCAACTATTATTCTCTCATTTTATT
Conservation Information
Conserved circRNAs osi_circ_014255
PMCS 0.198598985
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017