Detail information of Csa2G297130_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Csa2G297130_circ_g.1
ID in PlantcircBase csa_circ_001076
Alias Chr2:14102878_14106749
Organism Cucumis sativus
Position chrChr2: 14102878-14106749  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   e-circRNA
Identification method CIRI2;Find_circ
Parent gene Csa2G297130
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues leaf,root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Csa2G297130.1:5
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GAATATACATGCCTTGTATCTATGCTGTTAACAAAATCGATCAAATCACTGTCGAAGAGCTGGA
GATTCTGGACAGACTTCCTCACTACTGCCCTGTCAGgctaaacttgcgaagttacggagggaaa
tcattgcgccttcatcaaaaggaggtggtggtgctggtgaaggttttgatgtcaccaaaagtgg
ggatgcaa
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 716
Transcript exons: 14102878-14103051,14104501-14104572,14104768-14104827,14
105027-14105136,14106450-14106749
GCTAAACTTGCGAAGTTACGGAGGGAAATCATTGCGCCTTCATCAAAAGGAGGTGGTGGTGCTG
GTGAAGGTTTTGATGTCACCAAAAGTGGGGATGCAAGGGTTGGTTTGGTTGGTTTCCCTTCCGT
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CTGTTAACAAAATCGATCAAATCACTGTCGAAGAGCTGGAGATTCTGGACAGACTTCCTCACTA
CTGCCCTGTCAG

Genomic sequence GCTAAACTTGCGAAGTTACGGAGGGAAATCATTGCGCCTTCATCAAAAGGAGGTGGTGGTGCTG
GTGAAGGTTTTGATGTCACCAAAAGTGGGGATGCAAGGGTTGGTTTGGTTGGTTTCCCTTCCGT
CGGAAAATCTACATTGCTCAATAAATTGACTGGTACTTTTTCAGAGGTATAAAAAACTCGTTTG
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TGTTATATAGATGTACACAGTGTCCTAGAGTTCTAAAGAATCACATGGTGCATGTATACATATG
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TGTAATTGGGTATAGAGGAGCTAAAATTCAGGTGCTGTTATTCTTTCAGATTTCTGCCATTTTC
TATGCTTTATTATTCATTTCTATTGGGTAGTGAGGGCTAATAATCAATTACACTTTCTTTTTCA
GTCGTTTCATTTTTAAGAGAGAATTTTTCTATAGTATTTTTTTGCCACCTTTTAAAAATAAAAT
TTGAATTGAACTTGTACTTTACTGTGAACGGCAGTTACTTGATCTTCCTGGTATTATTGAGGGT
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TTGATATTATTTAGTCCGATCCGGTTCAGCTGTCAATGGTTATTGTTAATTCTATTATTAAAGT
CATTTCTCTTTGAATGTTCACTATAGAGGCGGAGAGATGCATTCTGTTGCATTTCTGCTCTCCA
TTATCTTATTCTTTTTTAATGGCTTACATTCATGTAGGTTATCAGCACGGCCAGGACATGCAAT
TGCATTATAATTGTTCTTGATGCAATAAAGCCTATTACACACAAACGTCTAATAGAGAAAGAGC
TAGAGGGATTTGGCATCAGGTAAATTTGTGATGGTTCCAAGTTTAGCATGTGATATTTCTCAAG
TGGTGTATGGAAAAGTTTTATATGATATTTTATTGAGACCAAAATCAAGAAGGTGCAATTGAAA
AGTAAATTGGTTTTGATGACCTCAAGTCTGTCTCTTAAAACCAGCTTGCTGAGCTGAGCATGAC
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CAATACACTTACAAGGTAAAATAGGTAGACTGTGGACAAATATGTGGGATGGTTTGTGCCTTTC
GAAACTACTCGAATGCAATTTTAAATCTTGCACTTCTCCATGAATCCATTTGTTACCATTCTAG
CTTCTGTTCAATGTTATATCCTTTAAACCCACCCTTTTGTCGTACTGTGACCCTGTGGGTTTAT
GGGCACTTTCATGAGTGAAAATTTGAATGTTCCCACGATCACTTTTCATTTATTGAGGACAACT
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ATTCTTTCTTGAACGTTTTGAAGGATGAGGTCTACAACATAAAAATTACATAAAATGTTTTGAA
GATAAGTTTGCTTCTTTGATTCTTTCTTAGGCTTTTTGTTCATCATACAACCTCTTAGTGGTGC
ACAAAATTACCCCAAATTCTTTTGTAATTATAGCCTTCTAATGTGTATTAACAATTGGAGGGAT
CTTCTTCATTAGTTGTGTGTGAGGGGAGGGGGTTTCTTCAAACCTCTGCCCTTAGGTTGTCCTT
CTTTGCTCTTTGATGAATATACATCTTTGTTTCATATCAAAAAGGAAGAAGAAAAGAAAACATA
AAAGGATCAGCCCTCATGAAACCTACAATAACCCCGGAATTTTTGTAAGGCAGTATAGTTTACA
AGAATTATTTATATAACAAGCTCAACAGAAAAGTTAATTTCATTAATTTCTGCTGGTGATTGGG
ATAAATATAATATTTTCTCATGCTAAACTGAGTTAGCTTAATGTTAATTGACATATCTTCTAGC
TTCAACCCTAAAAGTGTTGGAGGTTTAATCCTCATCCCCACAGTTGTATAATTTTTCTCATGCT
TGTGAATATTGTCACAGTTTGCTGTTTAGGATGAGCCCTGGTGATCACCGTTACTTGATTTTTC
CTTTTCTTTGTATCATTTTATTTAACTTTTTGGTGCATTTCTTTGAAATCAGGTTGAACAAGGA
GCCTCCTAATCTGTCGTTCAGGAAGAAAGACAAGGGTGGGTTAAATTTAACTTCAACTGTAACT
ACTACCCATCTGGACCTTGACACGGTGAAGGCTATCTGTAGTGAGTACAGAATCCATAATGCTG
ATATCACTCTTAAATACGATGCAACTGCTGATGATCTCATAGATGTAATTGAGGGTAGTAGAAT
ATACATGCCTTGTATCTATGCTGTTAACAAAATCGATCAAATCACTGTCGAAGAGCTGGAGATT
CTGGACAGACTTCCTCACTACTGCCCTGTCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 1.113096957
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 14106659-14103031(+)
14106672-14102879(+)
Potential amino acid sequence MPCIYAVNKIDQITVEELEILDRLPHYCPVRLNLRSYGGKSLRLHQKEVVVLVKVLMSPKVGMQ
GLVWLVSLPSENLHCSIN*
MLLTKSIKSLSKSWRFWTDFLTTALSG*
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhu et al., 2019;He et al., 2020