Detail information of orai.009G246400_circ_g.1


General Information
CircRNA Name orai.009G246400_circ_g.1
ID in PlantcircBase gra_circ_000970
Alias Chr09:19845174|19849071
Organism Gossypium raimondii
Position chrChr09: 19845174-19849071  JBrowse»
Reference genome Graimondii_221
Type   e-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene Gorai.009G246400
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads 2/4
Tissues leaf/ovule
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Gorai.009G246400.1:6
Gorai.009G246400.2:6
Gorai.009G246400.5:6
Gorai.009G246400.4:6
Gorai.009G246400.6:6
Gorai.009G246400.3:6
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AATGAACATATGTTTTGTGACAGTCTTGCCATCTGTTGGCATTGGTGCCCTATCTTCTAGGGAG
GCTGAAGGGAGAACTAACATTTCTGCTAGCGAAAAGgtccgtgatccaatgccggctgtgtatt
ttttcctaattgatgtgtccatgaatgctgtgcaaactggtgccactgctgcagcttgcagtgc
gattaatc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTCCGTGATCCAATGCCGGCTGTGTATTTTTTCCTAATTGATGTGTCCATGAATGCTGTGCAAA
CTGGTGCCACTGCTGCAGCTTGCAGTGCGATTAATCAAGTTATTTCTGATCTTCCTGTGAGTTC
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TGGTGCCCTATCTTCTAGGGAGGCTGAAGGGAGAACTAACATTTCTGCTAGCGAAAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.100879049
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 19845186-19849068(+)
19845224-19848867(-)
Potential amino acid sequence MPAVYFFLIDVSMNAVQTGATAAACSAINQVISDLPEGTRTQVGIATFDSTIHFYNLKRALQQP
LMLIVPDIQDVYTPLETDVIVQLSECRQHLELLLENIPTMFQTSTTAESCFGAAIKAAFLAMKS
IGGKLLVFQSVLPSVGIGALSSREAEGRTNISASEKVRDPMPAVYFFLIDVSMNAVQTGATAAA
CSAINQVISDLPEGTRTQVGIATFDSTIHFYNLKRALQQPLMLIVPDIQDVYTPLETDVIVQLS
ECRQHLELLLENIPTMFQTSTTAESCFGAAIKAAFLAMKSIGGKLLVFQSVLPSVGIGALSSRE
AEGRTNISASEKVRDPMPAVYFFLIDVSMNAVQTGATAAACSAINQVISDLPEGTRTQVGIATF
DSTIHFYNLKRALQQPLMLIVPDIQDVYTPLETDVIVQLSECRQHLELLLENIPTMFQTSTTAE
SCFGAAIKAAFLAMKSIGGKLLVFQSVLPSVGIGALSSREAEGRTNISASEKVRDPMPAVYFFL
IDVSMNAVQTGATAAACSAINQVISDLPEGTRTQVGIATFDSTIHFYNLKRALQQPLMLIVPDI
QDVYTPLETDVIVQLSECRQHLELLLENIPTMFQTSTTAESCFGAAIKAAFLAMKSIGGKLLVF
QSVLPSVGIGALSSREAEGRTNISASEK(+)
MDTSIRKKYTAGIGSRTFSLAEMLVLPSASLEDRAPMPTDGKTD*(-)
Sponge-miRNAs gra-miR5741
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhao et al., 2017b