Detail information of PGSC0003DMG400017306_circ_ig.1


General Information
CircRNA Name PGSC0003DMG400017306_circ_ig.1
ID in PlantcircBase stu_circ_000954
Alias chr07:51298247|51302944
Organism Solanum tuberosum
Position chr7: 51298248-51302944  JBrowse»
Reference genome 3.0.38
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing PGSC0003DMG400017307_circ_igg.1 PGSC0003DMG400017307_circ_igg.2 PGSC0003DMG400017307_circ_igg.3 PGSC0003DMG400017307_circ_ig.1
Support reads NA
Tissues stem
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-GG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GTTAAATTTGTGCAGCAAAAAGTTGTTATCAGACTAACTTTGAATGGAAACGATCGGAAATATC
GAACCAAGGCCTTCAAGATAGCTGCTTCTCAATCAGttgacttattgacttttttgggacccca
cttattaggaagaatctagaggatctattgtgagtttatatgaattttgtacttttttttgttt
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TTGACTTATTGACTTTTTTGGGACCCCACTTATTAGGAAGAATCTAGAGGATCTATTGTGAGTT
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GCAGCAAAAAGTTGTTATCAGACTAACTTTGAATGGAAACGATCGGAAATATCGAACCAAGGCC
TTCAAGATAGCTGCTTCTCAATCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.106587384
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2018