Detail information of Solyc01g096390.2_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Solyc01g096390.2_circ_g.1
ID in PlantcircBase sly_circ_000321
Alias SL3.0ch01:87352446|87357184
Organism Solanum lycopersicum
Position chr1: 87477285-87482023  JBrowse»
Reference genome SL2.50.38
Type   ei-circRNA
Identification method CIRI; find_circ
Parent gene Solyc01g096390.2
Parent gene annotation DNA-directed RNA polymerase V subunit 1
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered Solyc01g096390.2.1:7
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTCAAGATCTGGTACACCTAATTTTGAGGCTCATGAGGTGGAGGCAAACGATTTACAAGCAGCA
GTTGTCCAGTATCTCCAATTTAGGGGGACAGGCAAGgctgcagtgtagaaaaacatggaggaaa
aaagtctgtcatcgaaagtatcggatgggattgttaaacgtatcaaatttggtttggctacacc
acaggaaa
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GCTGCAGTGTAGAAAAACATGGAGGAAAAAAGTCTGTCATCGAAAGTATCGGATGGGATTGTTA
AACGTATCAAATTTGGTTTGGCTACACCACAGGAAATAGTGAGTACAAGTTTATGCAACTTTAG
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TCTTTGCGTTGATAATTTTTCGTTGCCAAAATTCAATTTTGTGTTTTGGCTAAAAGATATCTCA
GTTCAATTTGCTTTCTCTTGTTCTCATTTTCACACACAATTTTAGGTTCTTGCCATTTTGAGAA
GAATTCGTGAAGATACGAGAAAAAAGCTATCAGCTAAAGGCTATTTCCCACAGGAGGGATACAT
CCTGCAATACTTACCAGTACCTCCTAACTGTTTGTCTGTTCCTGATATATCTGATGGGAATAAC
ATCATGTCTTCGGTAAGACACTTAAATTGAATCTTATGTATTATTGGCATACACTTGTCTATGT
CAAGTTGCAAGTTTTCACAATTTCATGTGGCTTTTTCAGGATCACTCTATAACAATGCTCAGGA
AGGTGCTGAGGCAGATTGACATAATTAAAAGTTCAAGATCTGGTACACCTAATTTTGAGGCTCA
TGAGGTGGAGGCAAACGATTTACAAGCAGCAGTTGTCCAGTATCTCCAATTTAGGGGGACAGGC
AAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.121772957
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to low-temperature stress (acting as miRNA sponges)
Other Information
References Yang et al., 2020