Detail information of BGIOSGA008766_circ_g.1


General Information
CircRNA Name BGIOSGA008766_circ_g.1
ID in PlantcircBase osi_circ_004156
Alias 2:28691055|28695942
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr2: 28691055-28695942  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   e-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene BGIOSGA008766
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered BGIOSGA008766-TA:10
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ACAAGAGGCTGAAGAAAGTTCTCGTTTTGTTCACAAACTTGGGTTGTATAAACTCCAGTGTTGC
CTATTGATGAATGGACTTGTGCATGAATCAAGCGAGgaacgcaaaccagcgttaaatgctgaga
taatgtccttcagggattatctgttgtcatcgacagtatctgacacacttgaagtatgggaact
caaaggta
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GAACGCAAACCAGCGTTAAATGCTGAGATAATGTCCTTCAGGGATTATCTGTTGTCATCGACAG
TATCTGACACACTTGAAGTATGGGAACTCAAAGGTAGTGTTGTGATAAGCTGATGAGCATTCCT
GACACTTCCTCATGATTCTATTTTTATTCCAATGTTTTGTTATTCAATGGTATAAGAGTGCCTT
TTTAATTTGTGATAATCTCCATACTGCAGACTTGGGTCATCAGACAGCGCAGAGAATCCTCCAT
GCATCGGATCCTTTACAGTCAATGCAGGAAATTAATCAAAATTTCCCCAGTATAGTTTCATCAC
TGTCACGGATGAAGGTGGATGCTTTTTCTGAGCTCACTTTAGATGTCTAGATGTGCTCATAAGC
AATGAACTGTTGGTTATATATATGTTTTGTTGGGGAGATGAAAATTTTGTTTTTGAATACATTC
GTATGAACTATTTCTGCATGAAGAATATTACTGACGATTTCATGTTTGTACAGCTTGACGATTC
AATCAAGGATGAAATAATTGCAAATCAGCGAATGGTTCCACCTGGCAAGTCATTGATGGCTTTG
AATGGTGCTTTGATTAATATTGAGGATCTCGATCTTTACCTGTATGTTACACTGTATTTCCGAG
ATAACAATGTTTCTGATTATTTAATATGTTTTCCCACTTTCATTAGCCAAGTAAATTAGCAGAT
TTCTTCTTGTCTGATGCACACCAAGTTGATTATTTCCTTCACACTTGGTTTTGGTGTGAATCAC
TGTATTCTATAACACTTTGCAATTAACTCCTCTACACCACCTGTTGTTAGAAAACATGCTACAG
AGCAAATGGTAACTGTAAACCTACGACGAAATGATATTCTACAATTCAACAGCTGCCTGTAGAG
ATTGTTGACAAGAATAATAACACAATACAGCTTTTATATGGTGTTAGTCATTTGATGCATAAGA
AGATAAAAGTCCAATCAGTTTTATAGTTGCGCATGTTGCAAATATTCAGTGCATCACATTGTTT
GAGAGTTTTCTCCTCAATCTGTTTGCTCATATAGGCCATACAGATTTTTATTTGTCTGGACATA
ATAATTTGGTATTTATCCTGTTTCTCACATTTCCCGAACACTAAATTTGCATATTTAACTAATA
GAGCACACATTTCCGGGAACCTGATTCTGTTTTGCTAACTTTAGTAATTCATCTATCTTAAAAT
TGTTACCAGATTTCTGACTAATATCATACTCTATTTAACTAATAGAGTACACATTTGATTCTGG
TTTGTCTGACAGGTTGATGGATATGGTCCATGAGGAATTATCTCTTGCTGATCAGTTTGTCAAA
CTAAAGGTGAATTTTGATAAATGTGCTATTAAACATGTTTAATGGGTTGTCCTTGGCTCCTTCC
AAGAGATTTACTTTTGATGGTTGTTCCTCTTAACATCCGAGTTATGAGGAATGCATGAACACCT
GTCTACCAGTGTTGATAATTCGAACCTGTTGGAAAAAAAAAACTAGTTTGACAACTTTTGGTGA
AATGCAACGCCTAAGTGTGAAATGTTGTATAACTGCAGAATACACCAGATTGATGATATTTCTT
GGTTATACTCAAATAACATATTTGTTTCTAATTGCTTTTTTTATGATAAATGTTATTTAAGTTC
TTAATCTCTTACAATGTTGGATATTTATGGTGTGGACTGTCAAGTTGTGAAATCCTGCACCAAA
CATATTTCCCTAAAAACTATTATTTTCTTTTGTTTCATTTGTTTATAGGGAATACATTTTTATT
TACTTTCTTATGAGGTGTAACTTATTTCGTAATTAATTTCAAATGCCTACCAGATTCCTGGAAG
TGCTGTCCACAAGATCCTGTCAGCTGCTCCACCAACAGAATCTAACTCGTTCCGTGTTGACTTC
CGGTCTTCCCATGTTCATTATCTTAATAACTTGGAGGAAGATGCGTTATATAAAAGGTGGAGAA
GCAACATCAATGAGGTTTTGTTCTTTTCTCTTTTTTATTAACACCATTGAAATAAGATTGTCAT
TAGAATGTTGCTTTGCTGTGCCAAGTCAAATGAGGGACTACAACCTTCTATTTCCAAGGCTTTA
GGAATTACTAGAGAACTAAGAATATATCCTTATACTCATTACTCCCTCCGTCCCACAATAGTTG
TCTTTCTAGGTTGATTAGCATAGATTAAGATTTGAGAAGAAAAGACTATAATACCCCTTATTTG
AATGGGAGTTGGAGGATGTGCAAGGGTAAAAAGAGAAGAAATTTGAATAGGAGATGATTGATGG
GACTGCTATTACTCAAAAGTGACACCTATTTGGGACATATTTTGTATCCTAGAAAGACAACTAT
TTTGGGACGAAGGAAGTATGAAATAGATATCTTGCTTGACAACACTGATATCCTGTTTTGGTAT
GATAGGTTCACTATTAATTCTCAAGCTTAGCTTTCCATGGCTGATATATGTCAACAGTATATCT
TAATGTTTTTTAGTTTGTACTACTACAAAAGTTCACGTTTACCATACATGTGAAATCTAAATAT
TAGTGGTTTTGCATATGCTATTCAACATTGGTTGCTTGTGTTTTCTTTTCTGCATTTTCTCGTT
TTCAAGAAAATTGTATGACGCAACTATACCAACCTTAATTAATTACTTTTACTTACTAATTTTT
TCTTCTTCCTTTGCAGCTATTGATGCCAGTCTTCCCTGGTCAGATGCGCTACATCCGCAAAAAT
CTATTCCATGCTGTTTATGTGTTTGATCCTGCTTCAGTCTGTGGTGCAGAGGCTAGTCTCTTTC
TTACCTTCCAGTTTTATGTTTTTGTCTTTTTAACCTGGAGCCTTTTTCTAACTGGGTGTCCTGT
TGCCATTTCTCTTTAAATCTTTACAGACCATTGACATGGTTCTATCTCTATACCAAGATAGTGT
CCCTATAAGGTTTGGCATTATATTGTATTCTTCAAGGCTTATTAGTGTTATTGAAGAAAATGAT
GGCAATCTTCCAGTAAATAATGGGTCTAAGACTGAGGAGGATATTTCTATTTTGGTAATCATTT
TTTTTAATTTACTTTGAATTCTTGAGATCATTGTTTGATGTGTAGAGCATGAAACTGGTATTGC
ATTATAATTACTTGAGTTATTTACCTTATATTTTCATTAAATACTACTAATGCTCGAAGGAATC
AAGTGTACATTACATTATACAATATTAAAGGGGCGTCCTATATTTAATGTAATACACATTTTAT
GTTAGTCTGATGCCTATGTGGTCCTTTTTCTTTTTTCCTGTTGATAAATAAACATTTACATACC
GTGTCCTTGCAACCTACATGTTCTGGTAGTTCCATTTTTCGTGACTTACCATTATGTACATATG
TGGTGCACACGACCCATGTTTTCTATTGATAGGACGATTCACAGCATAATAAGATTATAATTTT
AGGGATTCCTAGTAACAGTATATTGCAATTAGTAGGTCCATGTAATTATTCTGAACTGGAAGGG
ATACACAGCAGCAGAAGATTACAGTTAGTATGTCCTATGTACTATTTTAAACTATAAGGGGTAT
GAACATAAGAAAGGGAAATCTATGAATATGCGTCATCGTACAATATGATGCAGCACATTTCCTA
GTGGTCTTGACTAGTGAGATGGATTATAACCTTAATTGCCTCATAAAAGGAATTGATGCACCAT
GTTTCCCTTTTTGCAGATAATAAGGCTATTCCTGTACATCAAGGAAACATACTCAACGCAGTTG
GCATACCAGTTCCTAAGCAATGTGAGTGCACATAACATATTTGATTTGCTATTTATAAACTAGA
AAATTCAGCTTGAGTGGATATGGTGGCAAAAGAAGGAAACGTGTATCTTTCAATACTTGAATAT
ATCTTTTTTCTGTATGCTAGACCAATTTCATGTCTAAAAGAATTTGAGCTTTGGCATATTTTCT
CTTCTTTTTGGCATAAAATACAGTGCTTCTGTTAGTTTTCATCATCCTCTCTGCCTTGTGCCTT
CCATGAGTGATGACATTTGTGTTAAGTTTTGTGCTAAGCTTATTGTGGTGTAAAAAATCATTGC
AAACTGTTCATCATAATTGTCAGAGCTTAAAAACATGTGGAAGAGGTGTCTGCTAGACTTTTAA
TTTTGCTGAACAACCCTTTCACCAATTTTTCATCTGAAGTAAAAGTTGAGATTTGTTTTATATA
TCCTTTCATGATTAGTTCTCTTTCTTTCTTTTTTGTTTCTTCGGAAAATTGATAATGGTTGATG
GAATTACATGTCTGACATGGCTCTAAGAAATTGGAATGTAGTGGCATTTGTCTATTGTTATGTT
GCATATTGATCCTTGAATAATATTGCTCAGGTGGGCATGTTACAGTTTCCATCTAAAATATCAC
TAGTGAAATCATGATCATGTTCTTTACGTTATATTTGCTATTTAATTGTCTTGCCAATCTGTGC
ACACTCTAGATGTTCTTCGTTTCCTATAGTTCTAATCCTTGTGATATTTTCTTCTCCAGATACA
TAAATCACAGAACAGTGGTGATGACTATAATGAAGAGTCTGTGGAAGCTCATCATGTTGAAGGG
GCATTTGTTGATTCCTTATTGTAAGCTCATTCACTGAATTCAATATTTTGTTGGAGATAATTGT
TCAAATATATTTAACATGTTTTCCTTGTTCTACTAATATTTGGTAATGTACAGGTCAAGTGCTA
AATCTCACCCTCAAGATGTGCTGCTAAAGTTGCAAAAAGAGAACATGCACAAACAAGAGGCTGA
AGAAAGTTCTCGTTTTGTTCACAAACTTGGGTTGTATAAACTCCAGTGTTGCCTATTGATGAAT
GGACTTGTGCATGAATCAAGCGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 28691086-28695939(+)
Potential amino acid sequence MSFRDYLLSSTVSDTLEVWELKDLGHQTAQRILHASDPLQSMQEINQNFPSIVSSLSRMKLDDS
IKDEIIANQRMVPPGKSLMALNGALINIEDLDLYLLMDMVHEELSLADQFVKLKIPGSAVHKIL
SAAPPTESNSFRVDFRSSHVHYLNNLEEDALYKRWRSNINELLMPVFPGQMRYIRKNLFHAVYV
FDPASTIDMVLSLYQDSVPIRFGIILYSSRLISVIEENDGNLPVNNGSKTEEDISILIIRLFLY
IKETYSTQLAYQFLSNIHKSQNSGDDYNEESVEAHHVEGAFVDSLLSSAKSHPQDVLLKLQKEN
MHKQEAEESSRFVHKLGLYKLQCCLLMNGLVHESSEERKPALNAEIMSFRDYLLSSTVSDTLEV
WELKDLGHQTAQRILHASDPLQSMQEINQNFPSIVSSLSRMKLDDSIKDEIIANQRMVPPGKSL
MALNGALINIEDLDLYLLMDMVHEELSLADQFVKLKIPGSAVHKILSAAPPTESNSFRVDFRSS
HVHYLNNLEEDALYKRWRSNINELLMPVFPGQMRYIRKNLFHAVYVFDPASTIDMVLSLYQDSV
PIRFGIILYSSRLISVIEENDGNLPVNNGSKTEEDISILIIRLFLYIKETYSTQLAYQFLSNIH
KSQNSGDDYNEESVEAHHVEGAFVDSLLSSAKSHPQDVLLKLQKENMHKQEAEESSRFVHKLGL
YKLQCCLLMNGLVHESSEERKPALNAEIMSFRDYLLSSTVSDTLEVWELKDLGHQTAQRILHAS
DPLQSMQEINQNFPSIVSSLSRMKLDDSIKDEIIANQRMVPPGKSLMALNGALINIEDLDLYLL
MDMVHEELSLADQFVKLKIPGSAVHKILSAAPPTESNSFRVDFRSSHVHYLNNLEEDALYKRWR
SNINELLMPVFPGQMRYIRKNLFHAVYVFDPASTIDMVLSLYQDSVPIRFGIILYSSRLISVIE
ENDGNLPVNNGSKTEEDISILIIRLFLYIKETYSTQLAYQFLSNIHKSQNSGDDYNEESVEAHH
VEGAFVDSLLSSAKSHPQDVLLKLQKENMHKQEAEESSRFVHKLGLYKLQCCLLMNGLVHESSE
ERKPALNAEIMSFRDYLLSSTVSDTLEVWELKDLGHQTAQRILHASDPLQSMQEINQNFPSIVS
SLSRMKLDDSIKDEIIANQRMVPPGKSLMALNGALINIEDLDLYLLMDMVHEELSLADQFVKLK
IPGSAVHKILSAAPPTESNSFRVDFRSSHVHYLNNLEEDALYKRWRSNINELLMPVFPGQMRYI
RKNLFHAVYVFDPASTIDMVLSLYQDSVPIRFGIILYSSRLISVIEENDGNLPVNNGSKTEEDI
SILIIRLFLYIKETYSTQLAYQFLSNIHKSQNSGDDYNEESVEAHHVEGAFVDSLLSSAKSHPQ
DVLLKLQKENMHKQEAEESSRFVHKLGLYKLQCCLLMNGLVHESSE(+)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Huang et al., 2021