Detail information of GLYMA_16G161100_circ_igg.1


General Information
CircRNA Name GLYMA_16G161100_circ_igg.1
ID in PlantcircBase gma_circ_009420
Alias novel_circ_000302
Organism Glycine max
Position chr16: 32039637-32044461  JBrowse»
Reference genome v2.0.38
Type   igg-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing GLYMA_16G161000_circ_ag.1 GLYMA_16G161100_circ_ag.1
Support reads NA
Tissues root
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ATTGAAACCATTTGAGGTGTGTAGGCTTTGGGATTATTTTCACGAATGGCTGGTGGTACTCTAT
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ttttgtctccaaacattgtcgttcactcattgcatcacttgtttgtgcttccatttggttaaaa
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTTCCACATTTTGAAGCATGTTGGTTAATTTTGTCTCCAAACATTGTCGTTCACTCATTGCATC
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ACTCAAAAATGCTGTCTTCCTTTCCAGCGTCACGTGCTTTGTGAAAAGGGCCAATTGAAACCAT
TTGAGGTGTGTAGGCTTTGGGATTATTTTCACGAATGGCTGGTGGTACTCTATAAATGCATTGC
ATATCGAATCCATACATTTCTGGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.255820218
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to low-phosphorus stress
Other Information
References lv et al., 2020