Detail information of Os09g0544300_circ_g.2


General Information
CircRNA Name Os09g0544300_circ_g.2
ID in PlantcircBase osa_circ_040091
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr9: 21490741-21494007  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   e-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene Os09g0544300
Parent gene annotation ATMRK serine/threonine protein kinase-like domain containing pro
tein. (Os09t0544300-01)
Parent gene strand +
Alternative splicing Os09g0544300_circ_g.3 Os09g0544300_circ_g.4 Os09g0544300_circ_g.5
Support reads 1
Tissues root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Os09t0544300-01:8
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AAAATTTTACCTGTTGTAGGTTATAGAACACAAGCCCTATGATCACAAGGCCGATGTTTTTAGT
TTTGGAATTTTGATGTGGGAGCTGCTCACAGGGAAGctcacatcgctgcttggcgaacttggtc
taaacattcaagaagcacatgcgttttcaacaaatgatggctactcactcgatgtctttgttgt
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CTCACATCGCTGCTTGGCGAACTTGGTCTAAACATTCAAGAAGCACATGCGTTTTCAACAAATG
ATGGCTACTCACTCGATGTCTTTGTTGTTGTTGGTTGGCATGATGAGGTATTTGAACATTTTAC
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TGTCAGATCGTATATCACATTATCATCGCACAAAATTTTACCTGTTGTAGGTTATAGAACACAA
GCCCTATGATCACAAGGCCGATGTTTTTAGTTTTGGAATTTTGATGTGGGAGCTGCTCACAGGG
AAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.124128614
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 21491804-21494004(+)
21490777-21493952(-)
Potential amino acid sequence MQIGENSAADHVEIPRDGASEWEIDVKLLKFGNKVASGSYGDLYRGTYCSQDVAIKVLKPERIN
ADMQREFAQEVYIMRKVRHKNVVQFIGACTKPPNLCIVTEYMSGGSVYDYLHKHKGVFKLPALL
GVVMDVSKGMSYLHQNNIIHRDLKTANLLMDENGTVKVADFGVARVKAQSGVMTAETGTYRWMA
PEVIEHKPYDHKADVFSFGILMWELLTGKLTSLLGELGLNIQEAHAFSTNDGYSLDVFVVVGWH
DEETEDLIESVRKEIGKIDETQGWSTTHSWSSPVENMQIGENSAADHVEIPRDGASEWEIDVKL
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KLTSLLGELGLNIQEAHAFSTNDGYSLDVFVVVGWHDEETEDLIESVRKEIGKIDETQGWSTTH
SWSSPVENMQIGENSAADHVEIPRDGASEWEIDVKLLKFGNKVASGSYGDLYRGTYCSQDVAIK
VLKPERINADMQREFAQEVYIMRKVRHKNVVQFIGACTKPPNLCIVTEYMSGGSVYDYLHKHKG
VFKLPALLGVVMDVSKGMSYLHQNNIIHRDLKTANLLMDENGTVKVADFGVARVKAQSGVMTAE
TGTYRWMAPEVIEHKPYDHKADVFSFGILMWELLTGKLTSLLGELGLNIQEAHAFSTNDGYSLD
VFVVVGWHDEETEDLIESVRKEIGKIDETQGWSTTHSWSSPVENMQIGENSAADHVEIPRDGAS
EWEIDVKLLKFGNKVASGSYGDLYRGTYCSQDVAIKVLKPERINADMQREFAQEVYIMRKVRHK
NVVQFIGACTKPPNLCIVTEYMSGGSVYDYLHKHKGVFKLPALLGVVMDVSKGMSYLHQNNIIH
RDLKTANLLMDENGTVKVADFGVARVKAQSGVMTAETGTYRWMAPEVIEHKPYDHKADVFSFGI
LMWELLTGK(+)
MFRPSSPSSDVSFPVSSSHIKIPKLKTSAL*(-)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017