Detail information of Os04g0182600_circ_g.3


General Information
CircRNA Name Os04g0182600_circ_g.3
ID in PlantcircBase osa_circ_023033
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr4: 5614835-5618342  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   e-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene Os04g0182600
Parent gene annotation Similar to predicted protein. (Os04t0182600-00)
Parent gene strand +
Alternative splicing NA
Support reads 1
Tissues root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Os04t0182600-00:5
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GGATGCCCTTTCACGCTGTGAAAGTAAAACTTGCCCCAGTGAGCTAATCACACCTCCTGATGAT
TGCCATGTTAACAACTCTCTATCATTCACACTACAAgtcacaggccaaattagactacttagca
agggtagcatcagctttgggttgtctgaaaatccaatatcagaatttgagctggttgcagaaga
gcttttaa
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 531
Transcript exons: 5614835-5614954,5616775-5616903,5616987-5617112,5618104-
5618159,5618243-5618342
GTCACAGGCCAAATTAGACTACTTAGCAAGGGTAGCATCAGCTTTGGGTTGTCTGAAAATCCAA
TATCAGAATTTGAGCTGGTTGCAGAAGAGCTTTTAATGAGTGACTCAGTTATAAAGGTCTATGG
TGCTTTCAGAATGTATGTGAAAGTGCTCTTGATGTGGGATTCTGAGATTCAGATAGATGGTGGG
GGTAAGGATGTTGTTCTTGCATCTATGCTTGAGGCCAGAAACCTTGTTGTACTCAGGCATGGGT
CAGTCATATCTTCGAATGCTGCTTTGGGAGTCTATGGGCAAGGACTTCTTAACTTGACTGGCCC
TGGTGATGGAATAAAAGCACGCCGACTTTTTCTCTCTCTGTTTTACAACATTGAAGTTGGTCCT
GGTTCATTTGTTCAGGCACCACTAGATGATGCTGTTCAAAGCAGCTTGGATGCCCTTTCACGCT
GTGAAAGTAAAACTTGCCCCAGTGAGCTAATCACACCTCCTGATGATTGCCATGTTAACAACTC
TCTATCATTCACACTACAA

Genomic sequence GTCACAGGCCAAATTAGACTACTTAGCAAGGGTAGCATCAGCTTTGGGTTGTCTGAAAATCCAA
TATCAGAATTTGAGCTGGTTGCAGAAGAGCTTTTAATGAGTGACTCAGTTATAAAGGTATGTCT
TTTCAATCATTGATGGTGCCAAAATGATTCATAAGCCCCACGTAATTAACCAACTCGGTATATA
TTTTATAGTGTGCTATGAGATATCATCTTTAGTGCCGGGGCAGGGCACTGCTATCACCCCGGCT
ACGGGATAGTATAAATAACATATAATTATGCTATTTACCTGAAACACTTTAAATTATGTCAACA
AAAAAAACATTCTCGTACTTGGTTTCTAATAAATGTTATGTTACATCTTTAAATTTTGAAAGAG
ATATGAAATTTCTTTATATTGTTTTGAAACAACAATGATACCTCAAATGAAGTATGTAAATATT
TGTTGTTGAAAATTATAAAATAGTGTTTATAAGTTGTTGAGAGATGTGAAACATGAGGGGTCAA
GTGACTCGACGGGCTAATATGTAAAATTGACAAATGGAAATTATATGTGGTGCATAACTACATA
TTTAACACCATTTGATCTGAGCTGTAGGATTTCTGCCTTGTGGTGATACTCTATGACAGTATGA
CCTATGCCTTGGATGCAACTGTGGCATCTTTGTAGAGCAAGGATTATGCTGTTGCGTCTGGCTG
TATTTTCAGTGGCCATAACATGGAATAATTCATAATTTTGTACCCAAATTTCACCTATCAAATT
GTCCCGTTCTGTTTGCAGTAAATATATATGTATAGTACTCCCTATATCCACAAATACAAGCATT
CCATGTGTTTGACTTTTGTCCACAAATATAAGCATTCCTAGAGTACTACCTGTACCATCAATCA
CATCTCATTAAAATTTCTTCCCATCGCACCCCCAATCAGCCCTCCCATCCCCAACCATCCCTCA
TTTAATAAGGGGCACCAAAGTCTTTTCTCCTTAACCTAATTTTTGTATAAACAACCTAAAATGC
CTTTATTTGTGGGTGGAGGGACTAGTAATCTGTGGATTTCATTTCACATATTTTTTTATAGAAA
TACCATTCTGGACCTTGTTAGTTCATGCTACTCTTCTGATTTGCTCCACACCCTATGGCATGAA
TTTTATAGTTAATTTTATTTAATCTTTTCCCTATATTTCTATATAATTGAGTTTGTGAGTTGTG
ACCCACTAGCTGCAATTAATGCTATAAAGAAACTCTTAGGTGAGCCACAGCAAGAATACGCGAG
CTATTAGATTTTATCTTGGCGTTCTTGGATACTTTGGTTTTTAGTAGTTCCTGCTGCTAAACCT
ACCAGGCCAGCCAAATGCACAGGCCTGTTTGGGCTGCATTAGAGCCCACTTGTGAACGGAACTG
CAATTCGATTCATCACGATGCTGTCAGATTGTACAAAGTTTATCATCTTTTGTCCAAAATTGTT
CCCTGCAAATTCCCACAGCAATACAGGGGGGGTTTTTATTTAGGACTTCTTGTGGCATTGCTGT
TACACACTATCAGTAGAATCGTCAACTCCTGAAAGCGGAGTAGCAATATCCTACCATGCGAGTG
TGTTACCCAACATGGCTTTGACACGTGAGGGAGCATCAGATACTTCACGTGGTTCACCCACTTG
CTCCACAAGTGTTGGTGAAGTGCCCTACGTTCAGCAATTTCAGACATGAAAGTGCTATTTGATA
CAGTGGAGTTAAATTAAAAATAAATAAATTAGCTAAGGTTTATTTTTGATCAAATGTAGGTATT
ATTAGTTGAACCTTATGTGGTATTGCCATATGGGTTCTTTTGGATCTGTCACCTCTGCTATATA
GAGCATTTTAAGTTTAGTGTATGGCAACTCCATTCAAACATTGTTAGTATTTTCTGTAGTTCTA
ACTTCCACCTCTTGTTAAAGGTCTATGGTGCTTTCAGAATGTATGTGAAAGTGCTCTTGATGTG
GGATTCTGAGATTCAGATAGATGGTGGGGGTAAGGATGTTGTTCTTGCATCTATGCTTGAGGCC
AGAAACCTTGTTGTACTCAGGGTATGTTGTTTGAAAAAAAAAACTCACTGTCAACTTTTTGTTA
GTTGTGGAATTTTAATTTTTTTTTAATGTAACTACTACAGCATGGGTCAGTCATATCTTCGAAT
GCTGCTTTGGGAGTCTATGGGCAAGGACTTCTTAACTTGACTGGCCCTGGTGATGGAATAAAAG
CACGCCGACTTTTTCTCTCTCTGTTTTACAACATTGAAGTAAGATTAATTGCATCCTTTTGTAA
CATTTGTGGTACAGTGTATCTTTATGCTATACATTACCTTTTGTATATGCTAGATAATACCTCT
ATTTTATATGCACTTTCCACTAGGTATCCACTAAGTCATATTATGCTGGGACAATTGATATACT
ATATTCCATCACAAATATATTAGTTTCTTATAATTTCTTAAAGACCCTATAACTTACAAAGTAA
ATGTTTGAGCTGGGTTGCATTCAGAGTTTCAGACTGTCTGCACCAGAGGGGCATTTTTAAAGCT
GTTTCTTAATATAATCTACTCCCTCCATCCCAAAATATATTAACCTAGTATTACGATTAGACAT
CTCCTATTATTAAGAATGTGATTAGCTAGAACTAGGTGCCTTTTATCGTTCTGTAAGCTTGGTT
CGCTGTTCTTTTGAACTCGCAGTGCCCTTTGAAGGAGATTGGGGTTTAAGAACATGGAATTAGA
CAGTAGATGTAGCTGGATTTTTTTACATTTAGTCCTTTTTGGAAACTTATTTTACAAATAGACC
CCTGAAAAAACAAACTTACTGGTGCCGAGGTCCAACGTCTCGCTAACGATGCTGGCTCCGATAC
CCTCACCCCCCCTGGAAGCTAAGCCACTGATGTGAAGGGGGTTGGTGCCGATGACACTGGTGCG
AGGACTTATTTGTAAAGAAGTTCTGAAAAGGGTTAAAATGTAAATATTTTTTCTTACAAATAGG
TCCTCGGTGCCAATGACACTGGTATAATTTTCTTCTGTCGTATTCTGCATTAGAGCGATGAATC
AATTACTTTGGATACTAGGAACTAGCAAGTAAATCAACTTGATGTATTCTCAATTCTATGCCAT
TATATTTTTTTGGAGTTTATTCATTGCATTTTTATTTTCAGCTGCCCATACCGAACCATCTTGT
GTTCATTAAAATTTTCTCCATTTGATTGTTTTCGAAACTAACAACCTCCCTTTATATGACTATG
AGCAGGTTGGTCCTGGTTCATTTGTTCAGGCACCACTAGATGATGCTGTTCAAAGCAGCTTGTA
AGATATCTCATGTCACTGTGAAACTAATTATCTTTATTTCTTTTTAAATAATGCCGTGGAATAA
CTTTTGTGTTTATCAGGGATGCCCTTTCACGCTGTGAAAGTAAAACTTGCCCCAGTGAGCTAAT
CACACCTCCTGATGATTGCCATGTTAACAACTCTCTATCATTCACACTACAA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.212556131
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 5614935-5618339(+)
5618303-5614931(+)
5614874-5618150(-)
Potential amino acid sequence MSDSVIKVYGAFRMYVKVLLMWDSEIQIDGGGKDVVLASMLEARNLVVLRHGSVISSNAALGVY
GQGLLNLTGPGDGIKARRLFLSLFYNIEVGPGSFVQAPLDDAVQSSLDALSRCESKTCPSELIT
PPDDCHVNNSLSFTLQVTGQIRLLSKGSISFGLSENPISEFELVAEELLMSDSVIKVYGAFRMY
VKVLLMWDSEIQIDGGGKDVVLASMLEARNLVVLRHGSVISSNAALGVYGQGLLNLTGPGDGIK
ARRLFLSLFYNIEVGPGSFVQAPLDDAVQSSLDALSRCESKTCPSELITPPDDCHVNNSLSFTL
QVTGQIRLLSKGSISFGLSENPISEFELVAEELLMSDSVIKVYGAFRMYVKVLLMWDSEIQIDG
GGKDVVLASMLEARNLVVLRHGSVISSNAALGVYGQGLLNLTGPGDGIKARRLFLSLFYNIEVG
PGSFVQAPLDDAVQSSLDALSRCESKTCPSELITPPDDCHVNNSLSFTLQVTGQIRLLSKGSIS
FGLSENPISEFELVAEELLMSDSVIKVYGAFRMYVKVLLMWDSEIQIDGGGKDVVLASMLEARN
LVVLRHGSVISSNAALGVYGQGLLNLTGPGDGIKARRLFLSLFYNIEVGPGSFVQAPLDDAVQS
SLDALSRCESKTCPSELITPPDDCHVNNSLSFTLQ(+)
MIAMLTTLYHSHYKSQAKLDYLARVASALGCLKIQYQNLSWLQKSF*(+)
MLPLLSSLIWPVTCSVNDRELLTWQSSGGVISSLGQVLLSQRERASKLL*(-)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017