Detail information of Solyc09g057910.2_circ_g.3


General Information
CircRNA Name Solyc09g057910.2_circ_g.3
ID in PlantcircBase sly_circ_002892
Alias NA
Organism Solanum lycopersicum
Position chr9: 52228500-52233388  JBrowse»
Reference genome SL2.50.38
Type   ei-circRNA
Identification method CIRI; find_circ
Parent gene Solyc09g057910.2
Parent gene annotation protein_coding
Parent gene strand +
Alternative splicing Solyc09g057910.2_circ_g.1 Solyc09g057910.2_circ_g.2 Solyc09g057910.2_circ_g.4 Solyc09g057910.2_circ_g.5
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-AA
Number of exons covered Solyc09g057910.2.1:4
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GAGTCTATTCCAACTAATCCCAGAAAGACTCTTGGACAACATATTACTGTCTTCAAAATCCAAA
ATATTGTTGGCAGCATGCTCACTCTTTCCATTAATGgttgacaggggaggcttcttgctagagg
gggtgattatgctgctgcagccagcatattccagaaggttttagaactaaggtatgtgatttga
aaatgctg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTTGACAGGGGAGGCTTCTTGCTAGAGGGGGTGATTATGCTGCTGCAGCCAGCATATTCCAGAA
GGTTTTAGAACTAAGGTATGTGATTTGAAAATGCTGATTGCTTCATATTCATTGTTTGTTCGTG
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GGTGATGCAGATAAGTTGGTCGAGGCTTTGGTACAATATTTTTTGAGGTAGCTTCTATCGTTCT
TCTAGTATTCCTTCTTTCCCTTTCCTAATTTGAACTTTAAACTCTAGATAATGTAATATAATTT
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TTATACCATGGATGTCGGCTTAGACTAATCTGAGTTGTGAATTATAGAGTTTAAGTTGGATTGC
TGCTCTGTCGTTTAAGTTTTTCTTGAAATTATTTGACTATTGCGATGAACGATAACTTTGTGCA
GGGTCTCTTTTGGTCATACTTATTCCATATTGCTGATTTGTTTGAAATCAAGGATGTATTCTGC
TTTATTGTAGGATGTTGCGTAGTTATGCTTGTCTATTAACTTAATATTATCCTTGAGTTTTTCC
TCTTTGATCCGCAGGTATGGGCATTTGGCTTGTTTTGCTTCTGATGTTGAAATATTTGTACACA
CTCTGGATCTTGATAAGAGGACACAACTTCTGGATAAGCTGAGGGAATGCTGTGAGTCTATTCC
AACTAATCCCAGAAAGACTCTTGGACAACATATTACTGTCTTCAAAATCCAAAATATTGTTGGC
AGCATGCTCACTCTTTCCATTAATG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.111065833
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Yang et al., 2020