Detail information of GLYMA_13G069800_circ_igg.1


General Information
CircRNA Name GLYMA_13G069800_circ_igg.1
ID in PlantcircBase gma_circ_009071
Alias circRNA1711
Organism Glycine max
Position chr13: 16981593-16986402  JBrowse»
Reference genome v2.0.38
Type   igg-circRNA
Identification method CIRI, CIRCexplorer
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues pod
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TGGATGGATCAAATTTGTTCCCCTTCTGGAAGATCACTTCCTTCTCCAGCTTTTCCAACTTTGT
TACCAAAGCATTTATATCAATGTTCAGGTGTTGTTGctgcatatctggtgtcaatcctagtgct
gcccacaattgcaagcagatacttgcgcgtagtgaattagaatgagtcaagtcctgcccccgtg
ggataaag
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CTGCATATCTGGTGTCAATCCTAGTGCTGCCCACAATTGCAAGCAGATACTTGCGCGTAGTGAA
TTAGAATGAGTCAAGTCCTGCCCCCGTGGGATAAAGTCCTTGCAGTGGTGTGAGGATTCAATTT
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GCCTGAGGGGGGAAATTATAAGTTCCCTTAATATACAGCACATTATAATGATCGGGATTGCTCA
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CATCCTTCAACACTTTGCATGAAAGGATAGCTTCTTCAACATGTGCCCAAAAGCAAGAGTCAAA
AGTTAAAATAGATTCCACATCCTTTTTGTTTGTACTGTTTGAATTGCTTTTTTCTTTCTTATCC
TCTTCCAGCCACTCCTGCAACACTATATAATGTCTAGATCTTCCCTTAGCCTCATAGTCTTTAC
CACCATTCGCGTAGTACTCAGCAATATCTAGGGGTTCAAACATTCTCCTGTAATTAGTTCCGCC
AAAAAGCCAGCGAGTACGAAAAGCTGCACCTTCTGTCTGAGGTTTCAGCTCTGCCTCTGCAACC
ATGTCAATCCAGTAATTTCTGAGGGTTTTCTGGCACTGAACAACATCTAGGTCGCTTGTTGAGA
TACCCCTCTTGAAGCTGTCATAGTAGCCAATCTTATTATTTTTGGAATACTTCTTGTACCACTC
AAGTTTGGCCATTTCTATCTTCATCACATTCAATTTCTTGGATGGATCAAATTTGTTCCCCTTC
TGGAAGATCACTTCCTTCTCCAGCTTTTCCAACTTTGTTACCAAAGCATTTATATCAATGTTCA
GGTGTTGTTG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.773334524
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description playing a post-transcriptional regulatory role in soybean oil synthesis
Other Information
References Ma et al., 2021a