Detail information of 4_circ_ag.5


General Information
CircRNA Name 4_circ_ag.5
ID in PlantcircBase ath_circ_030559
Alias At_ciR2512
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr4: 7401449-7406448  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads 3
Tissues leaf
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TCGTATGCATAGCTGATATCCTTCAAGCACATTGGAAGCCAGACGGAACCTTTCTGTTACAAAC
GTTGAGAAGAACACTGAGAGATATCGGGACGTTAAGgttgataccaagaacgttagccctcaga
gcagtgcatagacaaatcgcagcgtcgacgtcaaccaaaccttggatgagcgagcaacattgtt
gagaggat
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTTGATACCAAGAACGTTAGCCCTCAGAGCAGTGCATAGACAAATCGCAGCGTCGACGTCAACC
AAACCTTGGATGAGCGAGCAACATTGTTGAGAGGATGGCTGTCCCAACTGGATGTTGAGTAGAC
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ATACAGGAACGTTGACGGAAAAAAAAAACTAAGAAAGTCTCACTCTCACACATTGGTTATTTCA
CTTTAACAAATTCAAAATTTAAAACATAAACTCTATAGCTTACATGCATTTATTCATACTGTAA
CAATTTCGAAGAAGATATTTGTGCACGGGCATCACATCGTATGCATAGCTGATATCCTTCAAGC
ACATTGGAAGCCAGACGGAACCTTTCTGTTACAAACGTTGAGAAGAACACTGAGAGATATCGGG
ACGTTAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.507387593
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ye et al., 2015