Detail information of Csa2G263970_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Csa2G263970_circ_g.1
ID in PlantcircBase csa_circ_001045
Alias Chr2:12707617_12711196
Organism Cucumis sativus
Position chrChr2: 12707617-12711196  JBrowse»
Reference genome Cucumis sativus v1.5
Type   e-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene Csa2G263970
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing Csa2G263970_circ_g.2 Csa2G263970_circ_g.3 Csa2G263970_circ_g.4 Csa2G263970_circ_g.5 Csa2G263970_circ_g.6
Support reads NA
Tissues leaf,root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Csa2G263970.1:3
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ACTACCTGTTCCTGGAATGGAAGGAATGTTGATTCCTTGTAAAACACGTGGACGTGTCTTGAAA
GTGGTTGGTGGAAATACTGTTCTTGTACGTTGGGAGatggaggacactaccttctgttcaattt
tggatattctgtgtaatatataccgtggggaggtttggatgtataatgatcagcaattaagatg
attctgta
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 420
Transcript exons: 12707617-12707676,12707793-12707950,12710995-12711196
ATGGAGGACACTACCTTCTGTTCAATTTTGGATATTCTGTGTAATATATACCGTGGGGAGGAGT
CACTTTGCATTCAGTTCTGGGACAAAGAGAGTTTCACTGATGGTCCTATTCGGTGTCTACTTTA
TGACCTAGAAGGTGAATTCCCTTTCAGGCTTGTGGAATTTGTTCGTTTTTTGTCGTCTCTCTGT
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TGTTTGAGATTAATAGCAGTACCTTGGTAGAACATATCCCAGAGATTGTGGAAACTCAACAGCC
ACTACCTGTTCCTGGAATGGAAGGAATGTTGATTCCTTGTAAAACACGTGGACGTGTCTTGAAA
GTGGTTGGTGGAAATACTGTTCTTGTACGTTGGGAG

Genomic sequence ATGGAGGACACTACCTTCTGTTCAATTTTGGATATTCTGTGTAATATATACCGTGGGGAGGTTT
GGATGTATAATGATCAGCAATTAAGATGATTCTGTAGTTTCTGCTTCTTGTTTTTGTTATATTA
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ATTTTCTTCTGAGTTTGAAGAATTAAAGTCGGGCGTTTCTTTTTCCCACATGTTGAATATGAAA
TTCTTAATTCTTTTCACTAATGAAAGTTTTTATTAGTTTTGATTAATTGGATCACCTCGATTAG
AGCATTATTGAGGGATAATTTGTCTTTTAGTCACCAAGGAGGGTGTAAAAGCCCTGTGGGGGAG
GAGGTTAGATAAATAAACTAGGAGGCTATAGTTATCAACTTGACGTCACTGGGCTTTTGGGTTG
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AGTGGTTCGGGGAGGTAATGTGTTAAAACCCTTGCACTGTTTATTTCCTCCCCAATTAAAATTG
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GAGTTTCATGGAGGCTGATGAAGTTTAGAAATGTTCCTCTTAGTTTGAATATTTGCTACTACCA
CCAAGATCTATAATGTTCCACTTAGTTATTGGAGCTTTCTAAACTTTCTACTTAGTGTTGCCTG
TCTTCTCTATTTTGTTTTTGTTTTGATGTAAGGAATGCTATGATATGTATTTATATTATTATGT
ATAGTTGTCCTTATTATAATTGTACATTTCCTATAAATGTGTGTCTTTATTTGAATAAATGATA
AAAGAGTATATTCTCCTAAAGCACATAGTAGATGGTATCAAAGCCCTCTAGGGTTTTAGTTTTT
TTTCCCCTATTCGGTTATGTTAGAGTTTGCACTTCTCACAAAGTTTAGGGTTTACATTTGGGTC
ATTGAGTTCAAGTGACTTTTTGTCAACACCGCCCAACTCTAAAAGAGCGTTGCTGCTGCCGTGT
ATGTTGCCACTCAATGGTGCATGGGAGTGCACGTGAGCTTCATTTTAGCTTCCCCCGTTGGGTT
CGTTTTAGATCTTAATTTTTGGTCTGTTTGTGCCTTTGATTCCATCAAAATCTACTTGGGTGTG
ATGTTTGGAAAATAACCCTTTTGTTCCTAGGTTTGTGCCTGTTTTGGCTTTTGGCGTGCTTTTC
AATGTGGTTTCGATTCTGTTTTGCTTTCATTCTGGATTTGAGATCCATGGCCTGTGTGTTAGTT
CATAATGGATGAGATGAAGCATATAGTAAGTATCTAATGTCACTTTCCTAGCATCAAAGATAAC
GGAACATTAGTTAAATGGATCTAGTTACTATGATGGGCGTCAAACGCTTCAACTTTATTTACTT
AGTACTGATATGGATGATTGTGACTGAGGATCTAACTATAGATGATAAGGAAAAGAGCTGGCTT
TGTGATGTTACTCGACTTTATATTCAGATTAAGAATTCCAGTGATAATGAGGTCGTTGGCTTAT
CATTGTAATTCTGCAAATGAACTCTTAGAATTCTTGGAACCACTTTCATTTTTTCTCAATGAAA
GGAGTTGTTTTTATAGAAAAAAGAATTCGTAGAATTTCTACTTTGAAAAGAACACATCCATAGA
ATGTTGAAGTTTGTATGCAATTCTTTCTAGCTGAACAGAAAGCATAATCTATTACAAGCTATAT
TGTGAGCTTGTCGATGTACGTGGAGCAATGGTGCTATCTATAAGGTTGCAGATAGGGTAGGGAA
TTTTAAGGTTTTATGTGCTTCGATACGATGTAAAAAATACTATTTTATTGAAACATAGCTATTT
TCCTTTACATAATTACAAGAGTCTTGCTTAAATTTTTTACTTCTAAACTGGAATGCTTTTCTTT
CATCAGCATAATCTTTTTGTATCTTTGGGATATGACGAGGATACTATGGTTGTGTCAGTCTAGT
TGAGATAGCTTGGTACATCTGTTGATCCCTGTTTTCTAGTTTTTGTGGGTTATTATATCTTATT
GTATTTTGAGCAATAGTCTCTTTCATTTTATTAATGAAAAGTCTCATTTCTATTTAAAAAGTCT
TACTTAAATAGAATAAAGACCTAAAAAAGAAAAGGTAAGAATTCTATCATAATAATCACATTCT
AATTACTGCACATATTAATAATAAGACAAATTCAGGGATAAATCAGTGGCGGATCTATACATTT
TGTTGACGGGGGCTTCATAATACAACAAAAATATTTTGAAAAAAAACAATCTAAGTATAGGGCT
TGAACCTAGGTCTAGAGAAGGTTAAAAGTTTTGTCCTCTGGGCCTATGGTAAATCCACCAGTGG
GATAAATCAACAGAGTTGTACTTGGTTTCTTAAGGAGAGTTAGGTTTTTCTTTTGATTATTTTT
CTGGTTTGTTGTGTGAAATTTGAAACCAAGAGATACAGGAGGAGGTTTAGAGGGGTGGAGATCT
CTTTAGGAGGTTTGAGCTATGACTAGGTTCAAGTGTTTGTGATTAGTAGCCAGTTTTGGACTTA
TCCTGTGTTGTTGTTAACAACTTCAGTCTGTTGTACTTTTTTTTTTGCCTGATTTTTTATTGCC
CGCAAGTATCCACCTTACATTTCATTTCCTTTATGAGTGTATAGTTTCTTTATGTCTGCTAGCA
CTATATATATCTACGTTATATCACCTCGTCACCTATCCTTTATTATTTTAGATTTAGTCTTTCT
CAATTGCCATGCAGTTGTTTTCCATCTTATATATTGATTAATTTCAATAGGTTTGACTTTCTAG
ATAAGTCTGTGGGCATATCATCCTTGTTTGAGATTAATAGCAGTACCTTGGTAGAACATATCCC
AGAGATTGTGGAAACTCAACAGCCACTACCTGTTCCTGGAATGGAAGGAATGTTGATTCCTTGT
AAAACACGTGGACGTGTCTTGAAAGTGGTTGGTGGAAATACTGTTCTTGTACGTTGGGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.469534402
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 12707618-12711193(+)
Potential amino acid sequence MEDTTFCSILDILCNIYRGEESLCIQFWDKESFTDGPIRCLLYDLEGEFPFRLVEFVRFLSSLC
EGAWPAKCVFDFLDKSVGISSLFEINSSTLVEHIPEIVETQQPLPVPGMEGMLIPCKTRGRVLK
VVGGNTVLVRWEMEDTTFCSILDILCNIYRGEESLCIQFWDKESFTDGPIRCLLYDLEGEFPFR
LVEFVRFLSSLCEGAWPAKCVFDFLDKSVGISSLFEINSSTLVEHIPEIVETQQPLPVPGMEGM
LIPCKTRGRVLKVVGGNTVLVRWEMEDTTFCSILDILCNIYRGEESLCIQFWDKESFTDGPIRC
LLYDLEGEFPFRLVEFVRFLSSLCEGAWPAKCVFDFLDKSVGISSLFEINSSTLVEHIPEIVET
QQPLPVPGMEGMLIPCKTRGRVLKVVGGNTVLVRWEMEDTTFCSILDILCNIYRGEESLCIQFW
DKESFTDGPIRCLLYDLEGEFPFRLVEFVRFLSSLCEGAWPAKCVFDFLDKSVGISSLFEINSS
TLVEHIPEIVETQQPLPVPGMEGMLIPCKTRGRVLKVVGGNTVLVRWE
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to salt stress in root
Other Information
References Zhu et al., 2019