Detail information of 3_circ_ag.4


General Information
CircRNA Name 3_circ_ag.4
ID in PlantcircBase ath_circ_023879
Alias At_ciR346
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr3: 9574233-9579018  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads 13/22
Tissues leaf/leaf, aerial, inflorescences
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CGCCTTGAACTTTCTTTATAAGTTTCGGGTTTTTAACGAGCTCCGTCATTGCCCATATCATGGT
GAGGGCCCCTGTGTCTATCCCTGCAAGAAATATATTcgcgagaaaccccttgatatgatctatt
gtgagctctaaggaactgtcctctccttgtttatgaatcacatccaacattgaatcgatgatgt
cttcgtgc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CGCGAGAAACCCCTTGATATGATCTATTGTGAGCTCTAAGGAACTGTCCTCTCCTTGTTTATGA
ATCACATCCAACATTGAATCGATGATGTCTTCGTGCTCTTTTGATCTTCCAGGATTTAAATGAT
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AGCCGAAACATTGACCAAGATCCGCCTCTTGGGAGGAATATCATACCCTTGAACTTTGATGTGA
GCCATTGTTTCTCTTGGAAGTATAAGAGGAGCTGCCGGGTGTAACCTGAATGTTTCTTTGATTA
CCATCTTCAAGTAAGGAACTTTATCGATATCTTCCTCGGTGATTCTCGCCTTATTGCTGCCAAG
TTGTTCTCGGATCTCGCCTTGAACTTTCTTTATAAGTTTCGGGTTTTTAACGAGCTCCGTCATT
GCCCATATCATGGTGAGGGCCCCTGTGTCTATCCCTGCAAGAAATATATT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.667461041
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ye et al., 2015;Chu et al., 2017