Detail information of orai.009G000300_circ_g.1


General Information
CircRNA Name orai.009G000300_circ_g.1
ID in PlantcircBase gra_circ_000903
Alias Chr09:100015|104034
Organism Gossypium raimondii
Position chrChr09: 100015-104034  JBrowse»
Reference genome Graimondii_221
Type   ue-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene Gorai.009G000300
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing orai.009G000300_circ_g.2
Support reads 13
Tissues ovule
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Gorai.009G000300.4:1
Gorai.009G000300.1:3
Gorai.009G000300.6:1
Gorai.009G000300.5:1
Gorai.009G000300.3:1
Gorai.009G000300.2:3
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GATAATTGTTGAGCATTATGGACTCCAAGTTGATCAGTCTGCTATAACGGTTTTTGTCTGCCTG
ATTCCGGTTGTTATTGATGCTTGTGTGAAGCTTTGGgttagacttacgagacgagttcagatta
gagaaccgtaaagcatttgccaacatatggtcagatatggtatttggcatttcactgttccttg
tcttacac
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 349
Transcript exons: 100015-100129,103319-103416,103899-104034
GTTAGACTTACGAGACGAGTTCAGATTAGAGAACCGTAAAGCATTTGCCAACATATGGTCAGAT
ATGGTATTTGGCATTTCACTGTTCCTTGTCTTACACCTCAATCAAAGTAAGGTGGCTTTGCTGA
AATTTGCAGGTTACAAAATAATAAGTAATATTTCAGATACTGGAAAGGCATTTCTCATTATACT
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GTTGAGCATTATGGACTCCAAGTTGATCAGTCTGCTATAACGGTTTTTGTCTGCCTGATTCCGG
TTGTTATTGATGCTTGTGTGAAGCTTTGG

Genomic sequence GTTAGACTTACGAGACGAGTTCAGATTAGAGAACCGTAAAGCATTTGCCAACATATGGTCAGAT
ATGGTATTTGGCATTTCACTGTTCCTTGTCTTACACCTCAATCAAAGTAAGGTAAATATTCCTT
CACAGTCTCTACATGATGGTTTTCCCACATCTAATATTACTGTTTTGGTTTATTACAAATAAAA
TATTTTCTACACAATCTGGCAATCAATTTGGGGATTCATTATCTTTAATCAATAAACATAGGCA
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TTTTCATCATCATCATCATCACCATCTAAACACATACTTCCTAGGTCCCAATACCAGTCACATT
TTGATTCTTATGGGTAAATATTTCTGACTTTAACCTCTTATTATTTTATATTCATCATTTATAA
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GAATTTGAAATTAAGGATTTGGGGAAATTTCAATATTTCCTTGGAATTAAAGTTGTTAGATCAA
GAAAAATAATCTTCATCTCCCATCTCTTGACAAAAATAGGTATGATAGTTGCAAACTATCAAAA
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CAGTTTGATAAGCTAGTTCAGGCATGATGATCGAGAATCTCACATGCATGTCATTTTTTACATT
TTATGTTATCTAAAATCTGCCCCGAGAAAGGGTCTCCTTTTCTCCAAGCATGGTCACCTTCGGA
GTGAGGCCTTTAAAGATGCAGGTTGGGTTGGATCTCCAAATTATAAGAGATCTACCTTTAGATA
TTACACATTTGTAGGAGAAAACCTAGTTATTTGGGGTAGCAAGATGCAAAGTGTAGCTGATCAA
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AAAGTATTGGAAGAATTAAATTTTTCATAAGATGGATTGTCCTTGTACTATGACAACATGGCTG
CCATCAGCATAACCAAAAATTTGTTGCAACATGATTGAACTAAACACATTTAAACTGATCCATA
CTTTATCAAAGAAAGTGAACTACCAATATCTTGAGCTTTTTTCATTTGATATTCGACAAGCAAT
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CATATGTGATTTTATGCACCAGCTTGAAGGGGAGTTTTGACCTATCAAAATCCACAACCTTATT
ATAGAAAGATTGATGGACACAATCCTAAATCAACCTTCAAATTTATTTTTGAAACTTGATAGAT
TAAAAATCAAAATATATTCATTACAAAACTCTATCATCTAGCAAACTTAGGAGTGAGGTGGTGT
TGTTAATAAGGAAACCTTAGAGCTAAATGATTAGAGTACTGCAAACTCTTAAGAGCTGCTATAG
AACCTTTAATAACAAACGTTATTTTCCTTAGGTGTGCCACTTTCAATAATGTTTTTTTTTATGG
AATGCCTATTTCTACCCTTAAGCCCCCCAACCCTTAAATTGGATGGAAAATGCGGTTAAATGTG
CTTAATCGACGTCCTCCTTGTTGTTGCAATAGGAACTATGCCAATCAAGTTAAGAGTTAAGACT
CAATTGGCACTTACAATGTTAGTTTCTTATTTAAAAGAAGGTCGTAAAATGAGCTTCTTGTCTT
GATACCCATTATGTCTATCCCAGAAGCATCACATGCTAGTTCCAAAATTCTAGATCCAATAATA
TAAGAGCCTCAATTAGTCTCTTCTTGGGATTCATGTTAAGGTATAGCAATTGGTTTAGTAAAAG
TCAAAGCTAAACGCACTGCACTGGAACGCATTGTCCATCCGAAGGGCCCCTCTATCACCAAGGC
TTGTCGTTTTCATGGCTTGGTTTCTGTATATTGGAAAGTCCATAAAAATAAAGCCCACCTAAAT
ACCAAATGAAATCCGATACAATAAACAAGCCCACAAGACCTATTTCCTAAAGTTCGGCAGACTG
TTAGAGATAATTGTTGAGCATTATATCTATATCCAGGTTATTGTTATGTATATATCCAGATTAG
TGATTTGGTTATTTCTGTTGTTTAATGTTATGTCTATATCCAAATTATTGTTCTTGCAGAAGCA
TGCATGAGAATGTTACTTGCTTTTTGTATCATTCTATGCATCCTGATTTTGTGTACTTTTACTA
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TACAAAATAATAAGTAATATTTCAGATACTGGAAAGGCATTTCTCATTATACTGATTACAGACA
TTTTTTTAGGGTAATGTGCTTTTATATCGTAGTTTTAAGTGCTACTTATATATTTATATGTTTA
TGTACTGAGTTAATATTGAATGTTTTAAACAATAGTAGCTTCTATGAGAGAGAATATAATTAAT
GTTTTTTACTGCTTTAGATTAAATTTGTATTTTTTTAAAATCTATATGTGTGTAAATATACATT
GAGCAGCTTCTTATATCATTTGATAGACACATCCAAGTCTTAATCAGAAGAAACCAAAGTCATA
TTACCTGCAGATATGCCAGTTATAAGCTATGCTTTTGGTCTCTAGTCAAAATGGCCAAATGCCA
AGAATTCTATCATGCTAATTAATTTTTCTTATTGAAGGTTTCTCCTAATTTCATTTTCGTCTTC
TTGACCCCAAACTTGCCCTTGTTTACTAAAAAAACATAGTATAGAAAAGGTGAGTTTTGCAGTT
CCTTTTTATTTCTAAAGTATAGCTTATGACTGGCCCATCTGCAGGTATCATTCTGAATCGGGTT
GGCAGACTTTGCTTGAGATAATTGTTGAGCATTATGGACTCCAAGTTGATCAGTCTGCTATAAC
GGTTTTTGTCTGCCTGATTCCGGTTGTTATTGATGCTTGTGTGAAGCTTTGG
Conservation Information
Conserved circRNAs gar_circ_000474*
PMCS 0.42877341
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 100079-100050(+)
100093-103414(-)
Potential amino acid sequence MVFGISLFLVLHLNQSKVALLKFAGYKIISNISDTGKAFLIILITDIFLGYHSESGWQTLLEII
VEHYGLQVDQSAITVFVCLIPVVIDACVKLWVRLTRRVQIREP*(+)
MPNTISDHMLANALRFSNLNSSRKSNPKLHTSINNNRNQADKNRYSRLINLESIMLNNYLKQSL
PTRFRMIP*(-)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhao et al., 2017b