Detail information of PGSC0003DMG400013494_circ_igg.1


General Information
CircRNA Name PGSC0003DMG400013494_circ_igg.1
ID in PlantcircBase stu_circ_000702
Alias chr05:9278527|9283512
Organism Solanum tuberosum
Position chr5: 9278528-9283514  JBrowse»
Reference genome 3.0.38
Type   igg-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues stem
Exon boundary   No-No
Splicing signals   CA-GG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GTCTGAAAAGTTGCCAGCTAAGGAATTTGAAAATATTCCTACTTGTACTAATAAGATTAAGGGC
TGCCAACATTCTGCCTTTGCTTCAATATGATGAGGTgtggatttggagcaaactgctacaatga
cgggtattcctagaggtcctcgtacttgttgagaggagaaacaatgaacaattacacatgaaac
tggacaaa
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTGGATTTGGAGCAAACTGCTACAATGACGGGTATTCCTAGAGGTCCTCGTACTTGTTGAGAGG
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TCTTTTCTCTATCCTTCAATCTTAGCCGTTCAAATAAAGATGATGATGTTCATGATCTCCTTCC
TTCTTACAATCTTCCAAAAGGTCTTCTCCCAAACAATGTGAAATCCTACACTATTTCCACAAAA
GACGGTTCTTTTACTGTCCAACTTACACATCCATGTTATGTACAGTTTCAAGATCAGCTTGTTT
ACTACCAAAAAGATATTAAAGGGAAGTTGAGTTATGGATCTGTTTCTGATGTCACTGGAATACA
AGCAAAGAAGTTGTTTGTTTGGGTATCTGTAACTGGGATTAGTGTTGATGAAGAGGCTCAGATG
ATTGAATTTCATGTTGGATTTTTGTCTGAAAAGTTGCCAGCTAAGGAATTTGAAAATATTCCTA
CTTGTACTAATAAGATTAAGGGCTGCCAACATTCTGCCTTTGCTTCAATATGATGAGGT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.098448374
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2018