Detail information of Os05g0134400_circ_g.7


General Information
CircRNA Name Os05g0134400_circ_g.7
ID in PlantcircBase osa_circ_026465
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr5: 2010318-2013760  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   e-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene Os05g0134400
Parent gene annotation Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial family protein. (Os05t01
34400-01);Similar to peroxidase 1. (Os05t0134400-02)
Parent gene strand +
Alternative splicing Os05g0134400_circ_g.1 Os05g0134400_circ_g.2 Os05g0134400_circ_g.3 Os05g0134400_circ_g.4 Os05g0134400_circ_g.5 Os05g0134400_circ_g.6 Os05g0134400_circ_ag.1 Os05g0134400_circ_ag.2 Os05g0134400_circ_ag.3 Os05g0134400_circ_g.4 Os05g0134400_circ_g.5 Os05g0134800_circ_ag.1 Os05g0134800_circ_ag.2 Os05g0134800_circ_g.1 Os05g0134800_circ_g.2 Os05g0135000_circ_g.1 Os05g0135000_circ_ag.1 Os05g0135000_circ_ag.2 Os05g0135300_circ_ag.1
Support reads 1
Tissues root
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GC-TG
Number of exons covered Os05t0134400-02:2
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ATGTTAATGATCGATTTGAATTGGAATGGGTGGTGCAGGGGTGCGACGCGTCGGTGCTGCTGGA
CCCGACGGCGGAGAACCCGCACACGGAGAAGACGGCgtgatggtggtggtggcggcggcggcga
tgtcggtggaggcggagctgagcgtggattactacaagaagagttgtcccggagtggagaacgt
ggtgaggt
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 3443
Transcript exons: 2010318-2013760
GTGATGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCGATGTCGGTGGAGGCGGAGCTGAGCGTGGATTACTACA
AGAAGAGTTGTCCCGGAGTGGAGAACGTGGTGAGGTACCATGTCGCCAAGGCGCTCAAGGCGAA
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Genomic sequence GTGATGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCGATGTCGGTGGAGGCGGAGCTGAGCGTGGATTACTACA
AGAAGAGTTGTCCCGGAGTGGAGAACGTGGTGAGGTACCATGTCGCCAAGGCGCTCAAGGCGAA
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TAAAAAAACGCGCGAATGTTAATGATCGATTTGAATTGGAATGGGTGGTGCAGGGGTGCGACGC
GTCGGTGCTGCTGGACCCGACGGCGGAGAACCCGCACACGGAGAAGACGGC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.203251556
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017