Detail information of BGIOSGA023441_circ_g.3


General Information
CircRNA Name BGIOSGA023441_circ_g.3
ID in PlantcircBase osi_circ_006902
Alias 6:29467014|29471124
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr6: 29467014-29471124  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   e-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene BGIOSGA023441
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing BGIOSGA023441_circ_g.1 BGIOSGA023441_circ_g.2 BGIOSGA023441_circ_g.4
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered BGIOSGA023441-TA:15
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AACTCTTCATAGAGTCTCCCACACGCAGGGATAAATTGCAACTCTCTCTTCTTGAGAGTTTGGC
TGATCTAAGTGAAGAAGTAGATGTATTTGGTCAGAGgttttaaaatacttcaatgcatctccca
gagaatacaagtgcatatttacctctggggcaacagcagctctgaaacttgttggtgaatgttt
tccatgga
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTTTTAAAATACTTCAATGCATCTCCCAGAGAATACAAGTGCATATTTACCTCTGGGGCAACAG
CAGCTCTGAAACTTGTTGGTGAATGTTTTCCATGGAGTAGAGAAAGCTGTTACATGTACACGAT
GGAGAATCACAATAGTGTGCTTGGGATAAGAGAGTATCCTACCACAAAACGTTTCTCAGATCAT
TATAACTCTATTATCTGACTAGTCAAAGCATACAGAACTATGCACATACATGCAAAACTAGTGG
GATATACAGCTGGTTTATGTACATAGCTTGATATCTTGATACCTTCATCAGTATGCTCGGTAAT
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TCAGGACAAAAGTTCAGTCTGAGCTTGGTTAAGCTCATCAAGGAAGGAAAAATCCCATTGCAGC
AGCAGTAAGATGCATTGAATTTGTCTTGCAGGATCATTGCCTTGTTTTCCTTGGACTCTAGTGT
CTTTAGCATGCTTATTAAATGCATTAATATAGGGGTAAATGGATGGTTCTGATAGATGCTGCAA
AAGGATGTGCCACTGAACCACCGAATTTAACTGTGTATCCTGCTGATTTTGTTGTATGTTCCTT
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TTTCTATCTTCTTATTAAGAATTACTGCTGCTTTATTTACTTTTCTTCCATTGGTTTGGATTAT
TTGTCATCCATATAAGAACAAGCCATTATGAATAAGATATTCTGAAGTGCCCACTTGAATTCTG
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AGAAGCTTGCTTCCTTGTTTGGAATACATTTGCGTGTAAGAGCACAAAAAATCATCCTTCCCCT
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TGATCATAACTTCTGCCCAATCAACTCCAGAGTATTCAATTGCTCAGTCTAATTTTTTTGCCTC
TATTGTTTTCCAGACTGGCTGCTTCTGTAACCCTGGCGCTTGTGCTAAGTATCTTGGACTGTCC
CATTCAGATTTAGTTTCTAATTTTGAGGTACTACACAACACAACAATAAGCATACCATTATACC
TTCAGATGTTTCACGTCTTAATAAAGCGAATGCACTGTATACATATCAGGCTGGGCATGTTTGC
TGGGATGATAATGACATAATAAATGGAAAGCCAACTGGTGCTGTCAGGATATCATTTGGGTACA
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TTTCTTTTTTTATGCATGTACCAGTAACATTAATATATTTTTGTAAGTTGCAGATAATTCGAGT
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GATTTAGTGTAAAGAGTTGGCCACTAACCACTGGTGGTATGCCTAAATTCTGCACCTTTGACTT
GTTCTTTCATTTGTAACTTATTTTGGTTACCTTATATGCATAGTTCATAAGTTATTATGTGTTT
TGTTTTAGGCCTAATGTATGATAGAGAATGGCTTCTCCAAGGGTCAGGAGGTGAAATTTTGACA
CAGAAAAAGGTAAATTAGCGATTCCTATTTTGTGTATCTGTTAAGCCTTATGAGTTATGAGGGC
GCGACATGTATGCATTTATATGGTGTTTTTATACTGACACTGCAAATCTGCAACCTTTCTTTTA
TTTATTAGATGTCTTATTCCCTTAGTAAAACATTTAATATATGGTGAAGGATAATCTGTTTAAA
ATTGTGGAGCCAATGTGTCCTCAGGTTTTCCCTTTAATGAATTGACTATATTCTACAGGTGCCA
GAGTTGGGCTCAATCCGCACATTGATAGACCTGGAACTTGGGAAACTCTTCATAGAGTCTCCCA
CACGCAGGGATAAATTGCAACTCTCTCTTCTTGAGAGTTTGGCTGATCTAAGTGAAGAAGTAGA
TGTATTTGGTCAGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 29467059-29471033(-)
29467132-29467017(+)
29471110-29467096(+)
Potential amino acid sequence MHLYSLGDALKYFKTSDQIHLLLHLDQPNSQEERVAIYPCVWETL*(-)
MYTMENHNSVLGIREYALSKGATVLAVDVEEGADLAKDNGSYSLYKISRRTNQRRSKDVLSHNC
QNGSLSDISGNNWNIFAFPSECNFSGQKFSLSLVKLIKEGKIPLQQQGKWMVLIDAAKGCATEP
PNLTVYPADFVVCSFYKIFGYPTGLGALIVKNEAANLLNKTYFSGGTVAASIADIDFVQKRKNI
EQVLEDGTISFLNIASLRHGFKIIEMLTTSAIERHTTSLATYVRNKMLDLKHSNEINVCTIYGQ
QYSKVEGLKMGPTITFNLKREDGSWFGYREVEKLASLFGIHLRTGCFCNPGACAKYLGLSHSDL
VSNFEAGHVCWDDNDIINGKPTGAVRISFGYMSTFEDAEKFLKFLQSSFVSLPVQFNNGYMLNL
NSLNLIDNSSQKAVSDIHLKSIIIYPVKSCQGFSVKSWPLTTGGLMYDREWLLQGSGGEILTQK
KVPELGSIRTLIDLELGKLFIESPTRRDKLQLSLLESLADLSEEVDVFGQRF*(+)
MYLVRGFKILQCISQRIQVHIYLWGNSSSETCW*(+)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Huang et al., 2021