Detail information of orai.010G093300_circ_ig.1


General Information
CircRNA Name orai.010G093300_circ_ig.1
ID in PlantcircBase gra_circ_001103
Alias Chr10:15176892|15181860
Organism Gossypium raimondii
Position chrChr10: 15176892-15181860  JBrowse»
Reference genome Graimondii_221
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads 12
Tissues ovule
Exon boundary   No-No
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AATAAACCTTATTTAAATAAAACCATTATTGAAATCAACTCACCAACTGGTGGTCACCGTGAGA
CTCCGCCGTACCGATCCGCTTATGTCTGTGGATTACccgtgatcacatcaaaagcatctctatc
ctctcggtgtcgagtagcataaaccaatacaggttgcctcacctcaaactgattagcatatctg
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CCGTGATCACATCAAAAGCATCTCTATCCTCTCGGTGTCGAGTAGCATAAACCAATACAGGTTG
CCTCACCTCAAACTGATTAGCATATCTGCTCGGTGCTCTCTGTCTTCGACCCATACCATTACCA
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CTGTTCGTAAAATCATCCAAATTTTATAACCTATATTCGTTTTTAACTATTACTGAAAGCGTTA
TTTAATTATTTCATTTGCCAAAACATAATTTATAACGGAAGTTTTAGAAATTGTTATATTTGAA
AATCCAGTTCGTATTTTCAGAAAAAACATTTATTTTCATAAAACTGTCACAAATAAAGAGTCAA
AAACGAAAATCCAAAACCAAAATAAAAACCAAACAGTTCAGAGAGTCCAATAATTACAAAACTC
CCAGAAATAAACCTTATTTAAATAAAACCATTATTGAAATCAACTCACCAACTGGTGGTCACCG
TGAGACTCCGCCGTACCGATCCGCTTATGTCTGTGGATTAC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.426753762
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhao et al., 2017b