Detail information of Solyc08g082340.2_circ_ig.4


General Information
CircRNA Name Solyc08g082340.2_circ_ig.4
ID in PlantcircBase sly_circ_002728
Alias 8:62333593|62338584, Slcirc126
Organism Solanum lycopersicum
Position chr8: 65167593-65172584  JBrowse»
Reference genome SL2.50.38
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing Solyc08g082340.2_circ_ig.1 Solyc08g082340.2_circ_ig.2 Solyc08g082340.2_circ_ig.3
Support reads 12/14
Tissues fruit/leaf
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AAATGCCTTACAGAGATTCGATGAAATTTTGGGGAAGAGGAAGACTCTTCCCATGTGGCATCAA
AAAGAGTAATTCTCTATCACCGGTTGTCATCACCAGatgattgtttaggtgcatacctgtaaag
aagtggcggcttgaacatgggggtgttcaacttagcagatggcagtatacagccacattatatg
gtgtttcc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence ATGATTGTTTAGGTGCATACCTGTAAAGAAGTGGCGGCTTGAACATGGGGGTGTTCAACTTAGC
AGATGGCAGTATACAGCCACATTATATGGTGTTTCCTCAGCTGCGTCTGTCCTCCATTTGGGTC
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TCATCAGGAATTTTGGATTTGTGGTGGATTTTTGATATTCTGGATGGGAACGATGCGTAAGAGG
AAGGTGAGCTTGTTTGATGTGTGGATGACTCGTCGGCGTCAACAAAGAAAGCCAATAGAAGCTT
AAATGGTGTAAACACAACAAGTGATACGAAATGCCTTACAGAGATTCGATGAAATTTTGGGGAA
GAGGAAGACTCTTCCCATGTGGCATCAAAAAGAGTAATTCTCTATCACCGGTTGTCATCACCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.777734243
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Yin et al., 2018; Wang et al., 2018b