Detail information of GLYMA_19G008400_circ_ag.1


General Information
CircRNA Name GLYMA_19G008400_circ_ag.1
ID in PlantcircBase gma_circ_009616
Alias circRNA1081
Organism Glycine max
Position chr19: 834176-839119  JBrowse»
Reference genome v2.0.38
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI, CIRCexplorer
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues pod
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GATTTATTAAGGAACTTGGGAGCAGACTTTCCTATTGATTACACAAAGGAGAATTTTGAAGAGC
TTGCAGAGAAGTTTGATGTAGTGTACGATACAATAGggcagagtgacaaggcattgaaggctat
caaagaagagggggaaagttgtgacaatagcaccaccttcgattccacctgctatgccgttcat
tatcactt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGCAGAGTGACAAGGCATTGAAGGCTATCAAAGAAGAGGGGGAAAGTTGTGACAATAGCACCAC
CTTCGATTCCACCTGCTATGCCGTTCATTATCACTTCAGATGGTGTTGTGTTGGAGAAGTTAAA
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TGTTATTCAGGTTTGATATCTTCCATCTCCATTGGTTAATTTGACAATAAGTTTCAATTAAACA
GTGTCTTACTGAAATATTGAGCCATTAATTTCACTTTTTCAGTATTTTAGTTATTTATTTTATT
CTTCTTCTCTAATCATATGATTTAGGAGCAATGATATTTAGATATCTCTCTAAATTTCAGACAC
CTCATATCATATCATTTATCATTTATTTATATTTTCTCTTTCCTCTCTATCTCTCTTAGCATAA
TTATATAATTAATAATGAATTGTTGGGTATTTGATTGATATGATGTAGCTCGCCAAGCACGTTT
TTGGCGCATCCAAGGTTGCAGCTACTGCTAGTTCCGCAAAACTGGATTTATTAAGGAACTTGGG
AGCAGACTTTCCTATTGATTACACAAAGGAGAATTTTGAAGAGCTTGCAGAGAAGTTTGATGTA
GTGTACGATACAATAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.009865515
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs gma-miR1533
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description playing a post-transcriptional regulatory role in soybean oil synthesis
Other Information
References Ma et al., 2021a