Detail information of Zm00001d025830_circ_g.2


General Information
CircRNA Name Zm00001d025830_circ_g.2
ID in PlantcircBase zma_circ_010328
Alias zma_circ_0000063
Organism Zea mays
Position chr10: 131197900-131202723  JBrowse»
Reference genome AGPv4.38
Type   u-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene Zm00001d025830
Parent gene annotation dicer-like 103
Parent gene strand -
Alternative splicing Zm00001d025830_circ_g.1 Zm00001d025830_circ_g.3 Zm00001d025830_circ_g.4 Zm00001d025830_circ_g.5
Support reads NA
Tissues leaf, root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered Zm00001d025830_T004:7
Zm00001d025830_T050:7
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Zm00001d025830_T071:7
Zm00001d025830_T022:7
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CCAAAAATCAAGGCACTTCAGATTTTGGAGAATTTGAACTACTACTCTTGCGACAATGATTCTT
TTCACAAAAACAATGCACTTCATGTTTTCCTCCAACctgtgctctctagttgtcggttatgaag
cagattacgcagacagaagagttgcttagctttcaaaagcggctgctcaggatgggaaagcttg
atatgtaa
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 1265
Transcript exons: 131197900-131198000,131201116-131201452,131201533-131201
798,131201879-131202085,131202248-131202408,131202531-13
1202723
CTGTGCTCTCTAGTTGTCGGTTATGAAGCAGATTACGCAGACAGAAGAGTTGCTTAGCTTTCAA
AAGCGGCTGCTCAGGATGGGAAAGCTTGATATGTAACATGTCAGGCATTGCTCCCTGAAAATTT
TGTGTTGGCATCTGAACAGATAAGCAAGACAGTGCCTCTTCTTTGTTAAACTCAATCTTTCCCA
AATATTTAATTCCTGCTTTCACAATCCTCGCACGAGCAAGATGCAATTCAACATCCAACTTTTC
AGATTCCTCTGGAAGGCGATTGATCACAAAAAGACCAAACATCTGATATCGTCTATCTGCTGGT
ATGGGAATAAATTCTATGTAATAGAAATGCAACTTAAACGAGGAGTCTAGTTTGCATCTTGAAG
GTCTCAGAACTGCAGGGATTAACATCTCATAAAGCTCTTCCCTAAAACTTTCATCATCGTCTTT
GTTGCTTTCTGAATTATTTGTTGTTGATACCTTAATCTTTCTAGAGCCTTGGCCAGGTAGAAGA
AAATCTGTCAAAGCACCGAGTTCATGAAGTTTGATGCATGCTTTCAAGCATGCATCTCTCTTAG
CTTCATCTTTCGATGGACAGGGTTGACCATTCACTTGACGGAAAGCAGCATTTGGTGGAAGAAT
TAATTTGCATACTATTCCATCGACGTCATCAACAAAGAAGAATGATGGGGAAGGAACAAAAAAA
ATATCTCTAGGAAGGTTATCACAGTAGCGATGTAATAGAGATACACTGCAAGCAGTGCTAATGG
AAGCACCAGTATCATTGACTCGATAGATGTTCTCCTCAAGGCAATTGAACATATCATTTGATGT
TCTCAAGTTAATCTCTTTATCCATAATGATTTCACCAGTAATATAATCATCAAGTAACTTCTCC
TGAGAATGATTTCCCCTCTCCAAGAGAAAAACATATTTCGATTTACTCATCCGGGCACGCCCCC
TTGATTGGATAAAGCTATTAACAGTTTCAGGGAGATCAAACCGCACAACAAGGCAGCAAGTCTG
AATATCAAGTCCCTCCTCACCTACACTAGTAGCAACCAAAAGGTTTACCTCACCCGAAGAGAAC
TTTTCAATGATAGAACTCATCTTATCCCTTGACATATTCCTTAACCCCGAGTGGCATCCCACAA
GAAACTCACATCTCCAAAAATCAAGGCACTTCAGATTTTGGAGAATTTGAACTACTACTCTTGC
GACAATGATTCTTTTCACAAAAACAATGCACTTCATGTTTTCCTCCAAC

Genomic sequence CTGTGCTCTCTAGTTGTCGGTTATGAAGCAGATTACGCAGACAGAAGAGTTGCTTAGCTTTCAA
AAGCGGCTGCTCAGGATGGGAAAGCTTGATATGTAACCTGATTTCAGTAAAGCGTAACATTATG
AAGTAGTTCAACAGATGCATTGCCTATCTCCATATCATAATAATGATACAGAAATAAGGATACA
TGGCTACTATAAGATCAAGGTAGATACTAAAAACTACGAGTGATACAGCTCTATTACAGAAATA
TGGATAAATAAATCCAAAGACACAGTTCTGCTGGATATTTTTAGCTAGTTTGTTCTCAACATAA
AAAGGGATATATGCTATGATAGGAAAAATCTATTTACAATATCTGCTTAAACCCCTGAACAAAA
TGTCGTTGTTTTTACAACAGTTTGGGGGAATAAATTGAGACGACATCAGTTTGGGGGAATAAAT
TGAGACAAAATCTATTTACTCCCCTGAACAAAATGTCTCAATTTATTCCCCCAAACTGTTTGTC
AGGCAAGGCCCACACTGAATGATGTCTTTGATGGAATCTCCACTAGTGTTTCTGCAGCTCTTTG
TCAGGCAAGGGAGGAACAGCAGTTGTGGGAAATGGCAGGAGCTAAGGGTCTCTCCTTTCTTGCC
GCAACCATCCGGGGCACCTAGCTGCCTGGTTTATCGCTGATGGGCTGGTTTTGTTTATCAGGAA
CTGTTTGTTTTTGTTTTTTCTCTTCTTCTTTTCTTTGGTTTTTTTATCCCCTCTGGGGAGGTCT
TTTGTACTATGGTCTATTTTGTACCCTCTTTTCCTTCTACTTAATATAATGATGCGCAGCTCTC
CTGCGCTTTCGAGAAAAAAAAAGTGAATTGTTCGGGGTAGTAGAATAAATTTTCCCGATTATCA
TATTACATAGCACAATACTTATGCTTCTGAAATGGAATGTGTAACTCGAAATCTTAGAGGTTTG
TGATGTAACCCCTAACACTTCGGTAGCCTAGAAAATCTGACCTACTGCCTCTCATCGATAAAGT
GGCAAACAAGCTACCGGGCTGGAAATCTTCTCTCATGAGCAGGGCTGGTCAGCTTGTGATGGTC
AAGGTGGTCTTATCTTACATCCCTGTGTACTCTATGCTTGCCTTGGACCTTCCTAAATGGGTAA
CTAAAGGAATTGACAAAATACGAAGAGGTTTTCTTTGGAAAGGGCAGGAGCAGGTGCATGGAGG
CCATTGTCTTGTTTCCTGGGATTGTGTTCAGCGGCCTTTGCAGTTTGGTGGCCTTGGTGTCCTT
AATCTGGAATTATTCAGCTGGGCATTGAGTGCTCGCTGGTTGTGGGCTTGTGGCTGCAAAAGAT
GGACGCCTCTCGCCCTTGGGCCGGTCTTCCTTTTCGTGCGCCGGGCTGTGTACAAGCCCTTATT
GACATGGCTGTGGTTTCCACGGTGGGTAATGGCGAATCGACCAAGTTTTGGACAGACCGTTGGC
TGCAAGGTCTTACTGTCACTGATCTGGCCCCAAATGTGATCCTCCTAATCTCAAAGAAAGCTAG
AAAGCAGAGGACAGTGGCTCAGGGGCTGCTGGGTCAGAATTGGGTTCGGGACATTAAAGGCACT
TTGTCTGTACAAGTGCTTGTGGAATATTTGCAGCTTTGGAACCTCATCGACAGTATAGAGCTTC
AGGATGACACTCCAGACCGTCACACTTGACTCCTTTCTAAGCATGGCACTATTCTAGCGAGTCT
GCCTATGACGCCTTCTTCACCGGGTCCATAACCTTTGCCCCTTGGAGGCGAGTATGGAAGATAT
GGGCACCTTCGAATTGCAAAGTTTTCATTTGGTTGGCAATCAAGAACAGAGTGTGGACAGCCGA
TATACTTGCTAAAAGAGGGCTGCCTCATCCTAATGCATGTCCTCTTTGTGATCAGTCCGACGAG
ACCATTCAACATATCCTCATCTCTTGTGTTTTTGCCCGTGAAGTCTGGACTTCGATCCTCAGCA
AGTTTGGTCTGCTCCCCATTGCCCCTCTGCTGGACTGCACGCATTTCTCAAACTGGTGGAGCCA
AAGCATCAAGAGTGTTGGAAAGGACATGAGGAAAGGACTCAATTCCCTAATCATCCTAGTGGTC
TGGCAGCTTTAGAAACATCATAATTCTTGTGTCTTTGAGGGTTCTAGGCCTTGTGTTCAAAACG
TGGTGTTAGCGGTGGTCGAGGAAGGGGGCACTTGGTGCTTGGCTGGAGCTTCAGCCCTCCAAGA
GCTCCTGCTGCGTCCGCTCCCCTCGGGAACTCCACTGTAATTCGGTGAAGATAGTGATCGTTCT
CTACCTTGTGTGTGGCGCGCTGTCCTTAGCCACGGTCTGTAATTGGGGCCAGCAAGTCTTGTCC
TGCCCCTATTTGTATTTTTTTTTCTTAATGAAATGACACGCAACTCTTCTGCATTTGTTAAAAA
AAACTATATTTGCCTTGCTGGAGGCTCAACATGGTTTTTTTTCTCTACACGCAGGAGGGTTGTG
TATCTTTGTATTAAGAAGAGTGTCAGAAAAATGTCCGTACACCGTGCCTGAAAGGCACACACAC
GCACACTGACTGTCACAAGACCATACAGCATTGTTCTCAACGCTCAACATGGTATAGTACATTT
TTGCAATATTTGTAAGAAAAAATGTAAGCTAGGAATGGCATGTAAGATACTACATCGGTTTTCG
AATATTTGTCGCCCGCTAGTTCATTTTTGAACTAAAACGTGACAAATAAAATAGAACGGAGGGA
GTATAATTCATCATTTTACCTTTGTTTAAAATGTTCTGCATACGTTGCACCGTTCAACTCACTT
TTAGCATTTGTTCCATCCAGAATGGCATCAACGAAGAAAAACAGGTCGGTGTGGGGAGTATAGA
CCAAACTGCCAATCACATCAGCTTTGTTGTATGTTCCACCAAGAAGCTTCAAAGACTCATTTGG
TAAATATGAATCATGCAGAGACAAACCCATTGGATCTTGAAATGCAGGTGATGATAAACACCGC
TTTACTGCTGGCCAATCAATCATATTATCACCATAGAATTTCTGCTTGATGGGAAGTAAAAGGT
AAAATGTTGAATCCATGTCCAATGCACCATCATTCCCCAACAAAATATAAGATGGTGTGAACTC
AGATCTATCCAGGAGAACTTTCAAAAACATTTCTTGAAAATTGTGTGCGAGTATCATCTGTAAG
ATAAAAGAAAAAAGACATGTCAGGCATTGCTCCCTGAAAATTTTGTGTTGGCATCTGAACAGAT
AAGCAAGACAGTGCCTCTTCTTTGTTAAACTCAATCTTTCCCAAATATTTAATTCCTGCTTTCA
CAATCCTCGCACGAGCAAGATGCAATTCAACATCCAACTTTTCAGATTCCTCTGGAAGGCGATT
GATCACAAAAAGACCAAACATCTGATATCGTCTATCTGCTGGTATGGGAATAAATTCTATGTAA
TAGAAATGCAACTTAAACGAGGAGTCTAGTTTGCATCTTGAAGGTCTCAGAACTGCAGGGATTA
ACATCTCATAAAGCTCTTCCCTAAAACTTTCATCTGAAAATGGAAAAAATATGTTTAAGCTAAA
TTACCAATATTTTCCGCATTATATTCTGAATAATGAACGATGACCATACCATCGTCTTTGTTGC
TTTCTGAATTATTTGTTGTTGATACCTTAATCTTTCTAGAGCCTTGGCCAGGTAGAAGAAAATC
TGTCAAAGCACCGAGTTCATGAAGTTTGATGCATGCTTTCAAGCATGCATCTCTCTTAGCTTCA
TCTTTCGATGGACAGGGTTGACCATTCACTTGACGGAAAGCAGCATTTGGTGGAAGAATTAATT
TGCATACTATTCCATCGACGTCATCAACAAAGAAGAATGATGGGGAAGGAACAAAAAAACTGCA
ACAAGATGTATCAAATTATTCTAGGATATTCCCATGACACAAAATGGGTAGAATAATAAATGAT
CCTTTGCATACATATCTCTAGGAAGGTTATCACAGTAGCGATGTAATAGAGATACACTGCAAGC
AGTGCTAATGGAAGCACCAGTATCATTGACTCGATAGATGTTCTCCTCAAGGCAATTGAACATA
TCATTTGATGTTCTCAAGTTAATCTCTTTATCCATAATGATTTCACCAGTAATATAATCATCAA
GTAACTTCTCCTGAGAATGATTTCCCCTAGTAAATATCAAAATGAAGAGCTTCAAGGTCTAGAA
CCAAAAACAAGGAACTAAATTCAAGGAAAATGTTAATAGCATTATGATAGGTTTGTGTAAATTA
GAACAGTGTAATCGGTGAGTGGGTGTGTGTGCTCATGTGGGTGGGTGTTACGAAAATGACCTCT
CCAAGAGAAAAACATATTTCGATTTACTCATCCGGGCACGCCCCCTTGATTGGATAAAGCTATT
AACAGTTTCAGGGAGATCAAACCGCACAACAAGGCAGCAAGTCTGAATATCAAGTCCCTCCTCA
CCTACACTAGTAGCAACCAAAAGGTTTACCTGCAAAAAAAGTATTGAAAAAGGCTGTAACACAA
GAAGCATAAACATATATACTGGTGTTAGTGGAGATAATAGATAAACCTGACAAGAACTATTAAG
GATGGACAGACTTCAGATTATACCTCACCCGAAGAGAACTTTTCAATGATAGAACTCATCTTAT
CCCTTGACATATTCCTTAACCCCGAGTGGCATCCCACAAGAAACTCACATCTCCAAAAATCAAG
GCACTTCAGATTTTGGAGAATTTGAACTACTACTCTTGCGACAATGATTCTTTTCACAAAAACA
ATGCACTTCATGTTTTCCTCCAAC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.153767683
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 131202680-131197953(+)
131202712-131202709(-)
Potential amino acid sequence MILFTKTMHFMFSSNLCSLVVGYEADYADRRVA*(+)
MKCIVFVKRIIVARVVVQILQNLKCLDFWRCEFLVGCHSGLRNMSRDKMSSIIEKFSSGEVNLL
VATSVGEEGLDIQTCCLVVRFDLPETVNSFIQSRGRARMSKSKYVFLLERGNHSQEKLLDDYIT
GEIIMDKEINLRTSNDMFNCLEENIYRVNDTGASISTACSVSLLHRYCDNLPRDIFFVPSPSFF
FVDDVDGIVCKLILPPNAAFRQVNGQPCPSKDEAKRDACLKACIKLHELGALTDFLLPGQGSRK
IKVSTTNNSESNKDDDESFREELYEMLIPAVLRPSRCKLDSSFKLHFYYIEFIPIPADRRYQMF
GLFVINRLPEESEKLDVELHLARARIVKAGIKYLGKIEFNKEEMILAHNFQEMFLKVLLDRSEF
TPSYILLGNDGALDMDSTFYLLLPIKQKFYGDNMIDWPAVKRCLSSPAFQDPMGLSLHDSYLPN
ESLKLLGGTYNKADVIGSLVYTPHTDLFFFVDAILDGTNAKSELNGATYAEHFKQRLHIKLSHP
EQPLLKAKQLFCLRNLLHNRQLESTGWRKT*(-)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ma et al., 2021b