Detail information of Niben101Scf02497g05005_circ_ig.1


General Information
CircRNA Name Niben101Scf02497g05005_circ_ig.1
ID in PlantcircBase nbe_circ_000973
Alias NA
Organism Nicotiana benthamiana
Position chrNiben101Scf02497: 253296-255977  JBrowse»
Reference genome Niben.genome.v1.0.1
Type   ig-circRNA
Identification method DCC
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GC-AA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ATGATCAACTTTCCTCATTAATATTGCTGTCTAGAGGTAGCAAGAAGAATAAATACGGCAATGC
TTTTTTGGTTATTATAATAAATACAGCAATCTAAAAttctgtaagcatctattttttttccata
cctttgattaacagtgttctgccaaaatagagaatctaaaagaaggataaaaaaatattaaaaa
tataacat
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TTCTGTAAGCATCTATTTTTTTTCCATACCTTTGATTAACAGTGTTCTGCCAAAATAGAGAATC
TAAAAGAAGGATAAAAAAATATTAAAAATATAACATTGCGATACATGTTAGTTAACATATTCGG
TAGTCATCTGATGGATTTAGGCTATGGAATATTTAGTGTATGACAGTGATCTAGTAGTCATTGA
CTGCTAGTGTTCTCTACCAATCATTCCTGTCTTTGTCACAACAACATAGCTGAGACAACATGGT
CCACTTTCATGTAGAAGTAATGAAAGATGATGATGATAGAAGTTGTCAGTTGTTACTGTTAAAA
CTGCAGGCTTCATGCCTCTTGTCATTACTGCTTTGACTGATTTACTATCTCCTTATAATTACTT
CCTTTATAGACAAAATGAAGTGCTGACCTTCACTGGATTGGGGCAAGGTCTGCTTACACACTAC
CCTCCCCAGACCCCAACATGTGGGAATTATGTTGTTATTGTTGTATAGACAAAGTGAAGTACTG
GATAACTTTTCAGAAAGGATATCTGGGGTTTATTTTTCTGGTGCATTGCATTATTTATTGAACA
AGACTCAGGCTTAAAGCGTTCGAAGTAGGTGGAGCTCAGAACTGGAGAAGAAGTGGGCTGTTTT
TGATACTCATAAACACATTATTTTGGACAGTAATCTATGATTGATTCAAGCTCCTCTCCACCTT
AAGTTTTTGGGTGTGAAAGAACAGTGGCCTAAAAGTTGAGAGGAAATGGAAGTTTTCGACACTG
CAAATGTTTAGGGCTGATAATTGTGAAAAGTTAAATGACTAAGGAGGAATGCTAAACNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGTGAAAGAACA
GTGGCCTAAAAGTTGAGAGGAAATGGAAGTTTTCGACACTGCAAATGTTTAGGGCTGATAATTG
TGAAAAGTTAAATGACTAAGGAGGAATGCTAAACCGAGGTCACAACTGCTTTAAACAATGCTAA
CTTTAACCTAATTTTAATGATAAATATTACATAGCATAAATGCTGCAAGCTTTACAATTTTGTG
ATATTAATGATTCAGAAGCATCATGATCAACTTTCCTCATTAATATTGCTGTCTAGAGGTAGCA
AGAAGAATAAATACGGCAATGCTTTTTTGGTTATTATAATAAATACAGCAATCTAAAA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Guria et al., 2019