Detail information of Zm00001d006780_circ_g.2


General Information
CircRNA Name Zm00001d006780_circ_g.2
ID in PlantcircBase zma_circ_001207
Alias circ2442
Organism Zea mays
Position chr2: 216493386-216498217  JBrowse»
Reference genome AGPv4.38
Type   u-circRNA
Identification method CIRCexplor2
Parent gene Zm00001d006780
Parent gene annotation histone deacetylase
Parent gene strand +
Alternative splicing Zm00001d006780_circ_g.1 Zm00001d006780_circ_g.3 Zm00001d006780_circ_g.4 Zm00001d006780_circ_g.5
Support reads 2
Tissues seedling leaves
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered Zm00001d006780_T017:4
Zm00001d006780_T010:4
Zm00001d006780_T018:4
Zm00001d006780_T004:4
Zm00001d006780_T015:4
Zm00001d006780_T006:4
Zm00001d006780_T011:4
Zm00001d006780_T016:4
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Zm00001d006780_T014:4
Zm00001d006780_T007:4
Zm00001d006780_T003:4
Zm00001d006780_T001:4
Zm00001d006780_T002:4
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GGTGATGCTGATTATATTGCTGCATGGGACCATGTACTGCTTCCTGTCACTAAAGTTTTTGATC
CTGATATAATTCTGGTATCAGCGGGGTTTGATGCAGggtgtgtggcccttaaggcaaaggaagc
tgaggacaagtatatagcttctgttcacagcaagaggcatataaagctgatgaaggaaattagc
tcaacaat
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTGTGTGGCCCTTAAGGCAAAGGAAGCTGAGGACAAGTATATAGCTTCTGTTCACAGCAAGAG
GCATATAAAGCTGATGAAGGAAATTAGCTCAACAATATATGATGCCAGCAGGAACAAGATTGCT
AGGAAATTCAATTCCATTTACTTGAATAAGGGTTCCTCGGAATCTGCTGTTCTTGCAGCTGGTT
CTGTCATAGAGGTCATTTTACATGTTACATAAGCCCATTTCCTTCTTTTCTGCTGCTATTATAC
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TTCTTGAGCCTCATCCTCTGCCTGGTGGCCGCCACCCTCGTCATTCTTCTTCTGGTCTCCTCCG
GCTATGTTGTGTTCCTCTAGGACAAGCTCATCTCCTGATCCTTCAAGCGTTAGTCTTTGGTCTC
CCACTCCAGTGCCAAAGTGGAGTACCTCGTCATCGCCAATTGCGTGGCCGAGGCGAGTTGGCTC
CATCAGCTTCTTCAGGAACTCCACAACCCGGTCACCAGGAGTACCCTCCTCGTATATTGCGATA
ACATCAACACTATTTACCTCTCTGTCAACCCGCTCTAGTACCAGCCCACAGAACATGTTGAGAT
TGATCTCCATTTCGTCCGTGAACGCGTTGCCATCAGGGACGTTCGTGTTTCCCATGTCTCGACT
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GGCTGTGTGTTATGGGCGTTCTATCATTCTATGGCCTAACCCACTAGGCCTTTTAGGGTTTGTG
TATATATTGTTGTAACCTTGAACTGTTCTGATTGAGAACGGATTATTCTTCTCCCAATACCAAG
AAGTCTCCTCGAACCATCTAACCAGTTCCACTGATGTGGCATATCAAACTTATAAATTTATTAT
GTATAATGCCATTTACATGCTTATATAAGATAGATTTTTTTTAGTTCACAGTAGTGTTATTGTG
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ATGGAACATGTCCGTTGTTGCAATCAATACAGTCACTTGAATCTTGGATCATAGACTGTTTGGG
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GTGAACCTGGAGATATCATTTATCACTGGCGAGGATTAAGGCAAGGGGACCCTCTGTCCACTAT
GCTTTTTATTTTGGTCATGGACGTCCTGAACTCCTTGTTCACAAGAGCATGTGAACAGGGGCTG
CTTCAACCTCTCTTGCTGCGTGGAAATGGTCAACACATTTCCCTTTATGCGGATGATGTGGTTT
TATTCCTGCAACCAAGGGAAGAGGAATTAATTTTGACCAAGGAATTCTGAGGATCTTCGGAGAG
GCTTCCGGTCTGGTAACGAGTATTAGCAAGTGCTCCTTGACACCTATCCAATGCAGTGACCAGC
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TCTTCCTCTTTCTGTTCGCAAGCTGTCCAAGAATGATTTTTTTGGTCTCATTGATAAGATAGCT
GACAAGCTGCCTGGCTGGAAGGCTTCCTTTTTGCAGCCGGCTGGAAGGGCAGTATTGGTAAAGG
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AATTTGGAGCGACTTAGATATTAAAATAAACACCAATGTTGCTGCTATGTTGGCTTGTTCGATG
GTTTCTTTAGTGGGGGACGACACCCAAACTTGTTTCTGGACTGATCGTTGGCTCCATGGGCAGA
TTCACCCAGGAATACCTGACCAGCACTGTTGGACACCCACTGCTTCTGGGTATTACTCAAAATC
TGCTTATGACCGCTTCTTTGGTGCAGCCGTCTTGTTCGAACCAGCAGAAAGGATTTGGAGAAGT
TGGGCGCCTCCAAAATGTAAATTCTTTATGTGGCTGGCCTCTCTAAACCGTTGTTGGACAGCTG
GCAGATTGGCTCGCAGAGGATTGGACCACCCTGCTAAATGTCTCCTATGTGACCAGGGACAAGA
AATTATTCTCCATATCCTTCTACAGTGTGTCTTTGCTCGGGAAGTTTGGCATCATATTCTTTCC
CTCATTGGGCTGCAGCAAGTCTCTCCAGAAAGAGATGCTGCTCACTTTCAGGATTGGTGGAGTA
AGTTTGAATTAGCTGTCCCTAAACTCCAAAGGAAAGGCTTCAACTCAATTGTTTTGCTGGTGGC
TTGGCGACTGTGGAAGCATAGAAACACTTGTGTATTTGATGGGGCATCTCCAAGCATCTCCCGA
ATTATTGAAGATATTAAAGAGGATGCTAGACTTTGGGGCTTGGCTGGGGCTGCAGGTCTTAGAA
TATTATGGCCATAGTTCAGAGTTTAGGAGAGAGGTCGCCTAACTGTTTTTCTTGATGGATCTTT
TTCTGTATGCCTGCTTCTGGCCTCCATAAGGAGGTGTTGTATTTGGTCCATCTTTTGGCCTAAA
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GTGTGTGTTTGTTGATAGACTAAGCCTTGTGCTTATCTTAGGATTAGTTGGTGCATATGTCAGC
ACCTTATCTTCTTATCTTTCTTAGCACCTAGAATCCTAGATTAGCATCTACTATAGCATACGCT
GAAGCTTTCTTAGTTTCCAAGTTTGCTTCTTCTATATGTACCCAATCCTTCCATGGTTTGTGGT
GTGGCTTAATGGAATAGAAAATCTGCCACAAAACCTCTGTTTATCTCTATCATTTGTAGTCACC
TTAATGAAGCTATAATAAAATATCTATTGTTCTAAAGATATAATAAATGTTTATTGTTCTAATG
TTTGTTTTGTAGATTTGATTATGGAAGCTTCTATCCTTCTGAAGGGGATGCTTCTCATTGTTTC
ATCGGGGAAGAAGCTGGTAAAGGGTATAACATCAATGTTCCCTGGGAGCATGGCAAGTGTGGTG
ATGCTGATTATATTGCTGCATGGGACCATGTACTGCTTCCTGTCACTAAAGTTTTTGATCCTGA
TATAATTCTGGTATCAGCGGGGTTTGATGCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.007019283
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chen et al., 2017b