Detail information of BGIOSGA033427_circ_ig.1


General Information
CircRNA Name BGIOSGA033427_circ_ig.1
ID in PlantcircBase osi_circ_008690
Alias Chr11:28563353_28611768(MH63RS2)
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr10: 20949040-20953088  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues root, leaf, panicle
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   TT-CT
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CTACACCTTATGTTGATATTATCTTTGGTATTTATTAACTTTCCAATATTAGCTTCTAAATTTA
GCTTCTCTATGATTACCAGGCTCTGATACCACTTTAttcttcagactcaaggttgagtgcttca
aggttgtcgggtttgattctagctccaccacgctttcgtacctctgagatatatggcacattgt
tttgatat
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TTCTTCAGACTCAAGGTTGAGTGCTTCAAGGTTGTCGGGTTTGATTCTAGCTCCACCACGCTTT
CGTACCTCTGAGATATATGGCACATTGTTTTGATATGGGATAAAAGTAATTCCTTGCTCATGTA
TTACTGTGGTTTGTACCGATTGTTGTAAAAACCTTAGGCCAATTATCATGTCATCACTTATCAT
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TGTCCATTTTTCAGAATTAATGGCTTGTGAAGATGAGACTATGCNCAGATGAAGCCAAAACTAT
TTCCTTACCTTTACTAGAGTTGATTTTGTCTAGTAATTCTTTAATATAATCACTATTCTGTGAA
ATTTTATTTTGCCTTATCTTATAATCTTCTAATAACTCTAATGTAGTATTTAGCTTATTATTAA
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ATCTTCTTGTCTCTTACCCCAATTTATATAGAAATTATATATTAAATCTACAATTAAATTTAGT
TGGCTATTATTAGAGTGCCAACTATGTTCTTCAGTATGGCTTAATCTACACCTTATGTTGATAT
TATCTTTGGTATTTATTAACTTTCCAATATTAGCTTCTAAATTTAGCTTCTCTATGATTACCAG
GCTCTGATACCACTTTA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2021