Detailed infomation of each circRNA
General Information | |
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CircRNA Name | Zm00001d025830_circ_g.4 |
ID in PlantcircBase | zma_circ_010330 |
Alias | zma_circ_0000065 |
Organism | Zea mays |
Position | chr10: 131200671-131202723 JBrowse» |
Reference genome | AGPv4.38 |
Type | u-circRNA |
Identification method | find_circ |
Parent gene | Zm00001d025830 |
Parent gene annotation |
dicer-like 103 |
Parent gene strand | - |
Alternative splicing | Zm00001d025830_circ_g.1 Zm00001d025830_circ_g.2 Zm00001d025830_circ_g.3 Zm00001d025830_circ_g.5 |
Support reads | NA |
Tissues | leaf, root |
Exon boundary | Yes-Yes |
Splicing signals | CT-AC |
Number of exons covered | Zm00001d025830_T031:6 Zm00001d025830_T055:6 Zm00001d025830_T074:5 Zm00001d025830_T032:6 Zm00001d025830_T049:6 Zm00001d025830_T025:6 Zm00001d025830_T057:6 Zm00001d025830_T066:6 Zm00001d025830_T015:6 Zm00001d025830_T070:6 Zm00001d025830_T010:6 Zm00001d025830_T050:6 Zm00001d025830_T039:6 Zm00001d025830_T001:5 Zm00001d025830_T080:4 Zm00001d025830_T024:6 Zm00001d025830_T027:6 Zm00001d025830_T077:4 Zm00001d025830_T073:6 Zm00001d025830_T078:4 Zm00001d025830_T084:5 Zm00001d025830_T046:6 Zm00001d025830_T021:6 Zm00001d025830_T016:6 Zm00001d025830_T083:6 Zm00001d025830_T037:6 Zm00001d025830_T075:4 Zm00001d025830_T019:5 Zm00001d025830_T007:6 Zm00001d025830_T068:6 Zm00001d025830_T059:6 Zm00001d025830_T058:6 Zm00001d025830_T065:6 Zm00001d025830_T069:2 Zm00001d025830_T028:6 Zm00001d025830_T008:6 Zm00001d025830_T006:3 Zm00001d025830_T013:6 Zm00001d025830_T022:6 Zm00001d025830_T076:6 Zm00001d025830_T054:6 Zm00001d025830_T056:6 Zm00001d025830_T041:6 Zm00001d025830_T079:2 Zm00001d025830_T004:6 Zm00001d025830_T020:6 Zm00001d025830_T036:6 Zm00001d025830_T063:6 Zm00001d025830_T042:6 Zm00001d025830_T012:5 Zm00001d025830_T033:6 Zm00001d025830_T011:6 Zm00001d025830_T009:1 Zm00001d025830_T061:6 Zm00001d025830_T029:6 Zm00001d025830_T023:6 Zm00001d025830_T048:6 Zm00001d025830_T071:6 Zm00001d025830_T047:6 Zm00001d025830_T062:6 Zm00001d025830_T038:6 Zm00001d025830_T043:6 Zm00001d025830_T081:6 Zm00001d025830_T002:6 Zm00001d025830_T045:4 Zm00001d025830_T072:6 Zm00001d025830_T018:3 Zm00001d025830_T060:5 Zm00001d025830_T051:6 Zm00001d025830_T067:4 Zm00001d025830_T052:6 Zm00001d025830_T040:6 Zm00001d025830_T035:4 Zm00001d025830_T034:6 Zm00001d025830_T082:6 Zm00001d025830_T064:1 Zm00001d025830_T026:6 Zm00001d025830_T003:6 Zm00001d025830_T014:6 Zm00001d025830_T044:6 Zm00001d025830_T017:6 Zm00001d025830_T005:6 Zm00001d025830_T030:6 Zm00001d025830_T053:6 |
Conservation Information | |
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Conserved circRNAs | NA |
PMCS | 0.198757659 |
Functional Information | |
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Coding potential | Y |
Potential coding position |
131202680-131200775(+) 131202712-131200673(-) |
Potential amino acid sequence |
MILFTKTMHFMFSSNLCLKCSAYVAPFNSLLAFVPSRMASTKKNRSVWGV*(+) MKCIVFVKRIIVARVVVQILQNLKCLDFWRCEFLVGCHSGLRNMSRDKMSSIIEKFSSGEVNLL VATSVGEEGLDIQTCCLVVRFDLPETVNSFIQSRGRARMSKSKYVFLLERGNHSQEKLLDDYIT GEIIMDKEINLRTSNDMFNCLEENIYRVNDTGASISTACSVSLLHRYCDNLPRDIFFVPSPSFF FVDDVDGIVCKLILPPNAAFRQVNGQPCPSKDEAKRDACLKACIKLHELGALTDFLLPGQGSRK IKVSTTNNSESNKDDDESFREELYEMLIPAVLRPSRCKLDSSFKLHFYYIEFIPIPADRRYQMF GLFVINRLPEESEKLDVELHLARARIVKAGIKYLGKIEFNKEEMILAHNFQEMFLKVLLDRSEF TPSYILLGNDGALDMDSTFYLLLPIKQKFYGDNMIDWPAVKRCLSSPAFQDPMGLSLHDSYLPN ESLKLLGGTYNKADVIGSLVYTPHTDLFFFVDAILDGTNAKSELNGATYAEHFKQRLEENMKCI VFVKRIIVARVVVQILQNLKCLDFWRCEFLVGCHSGLRNMSRDKMSSIIEKFSSGEVNLLVATS VGEEGLDIQTCCLVVRFDLPETVNSFIQSRGRARMSKSKYVFLLERGNHSQEKLLDDYITGEII MDKEINLRTSNDMFNCLEENIYRVNDTGASISTACSVSLLHRYCDNLPRDIFFVPSPSFFFVDD VDGIVCKLILPPNAAFRQVNGQPCPSKDEAKRDACLKACIKLHELGALTDFLLPGQGSRKIKVS TTNNSESNKDDDESFREELYEMLIPAVLRPSRCKLDSSFKLHFYYIEFIPIPADRRYQMFGLFV INRLPEESEKLDVELHLARARIVKAGIKYLGKIEFNKEEMILAHNFQEMFLKVLLDRSEFTPSY ILLGNDGALDMDSTFYLLLPIKQKFYGDNMIDWPAVKRCLSSPAFQDPMGLSLHDSYLPNESLK LLGGTYNKADVIGSLVYTPHTDLFFFVDAILDGTNAKSELNGATYAEHFKQRLEENMKCIVFVK RIIVARVVVQILQNLKCLDFWRCEFLVGCHSGLRNMSRDKMSSIIEKFSSGEVNLLVATSVGEE GLDIQTCCLVVRFDLPETVNSFIQSRGRARMSKSKYVFLLERGNHSQEKLLDDYITGEIIMDKE INLRTSNDMFNCLEENIYRVNDTGASISTACSVSLLHRYCDNLPRDIFFVPSPSFFFVDDVDGI VCKLILPPNAAFRQVNGQPCPSKDEAKRDACLKACIKLHELGALTDFLLPGQGSRKIKVSTTNN SESNKDDDESFREELYEMLIPAVLRPSRCKLDSSFKLHFYYIEFIPIPADRRYQMFGLFVINRL PEESEKLDVELHLARARIVKAGIKYLGKIEFNKEEMILAHNFQEMFLKVLLDRSEFTPSYILLG NDGALDMDSTFYLLLPIKQKFYGDNMIDWPAVKRCLSSPAFQDPMGLSLHDSYLPNESLKLLGG TYNKADVIGSLVYTPHTDLFFFVDAILDGTNAKSELNGATYAEHFKQRLEENMKCIVFVKRIIV ARVVVQILQNLKCLDFWRCEFLVGCHSGLRNMSRDKMSSIIEKFSSGEVNLLVATSVGEEGLDI QTCCLVVRFDLPETVNSFIQSRGRARMSKSKYVFLLERGNHSQEKLLDDYITGEIIMDKEINLR TSNDMFNCLEENIYRVNDTGASISTACSVSLLHRYCDNLPRDIFFVPSPSFFFVDDVDGIVCKL ILPPNAAFRQVNGQPCPSKDEAKRDACLKACIKLHELGALTDFLLPGQGSRKIKVSTTNNSESN KDDDESFREELYEMLIPAVLRPSRCKLDSSFKLHFYYIEFIPIPADRRYQMFGLFVINRLPEES EKLDVELHLARARIVKAGIKYLGKIEFNKEEMILAHNFQEMFLKVLLDRSEFTPSYILLGNDGA LDMDSTFYLLLPIKQKFYGDNMIDWPAVKRCLSSPAFQDPMGLSLHDSYLPNESLKLLGGTYNK ADVIGSLVYTPHTDLFFFVDAILDGTNAKSELNGATYAEHFKQ(-) |
Sponge-miRNAs | NA |
circRNA-miRNA-mRNA network | VISUALIZATION |
Potential function description | NA |
Other Information | |
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References | Ma et al., 2021b |