Detail information of LOC18039823_circ_ag.1


General Information
CircRNA Name LOC18039823_circ_ag.1
ID in PlantcircBase ptr_circ_000392
Alias circRNA394
Organism Poncirus trifoliata
Position chrNW_006262139.1: 18374523-18379390  JBrowse»
Reference genome Citrus_clementina_v1.0
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing NA
Support reads NA
Tissues shoots
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TCCCACCTAACTTGTCATTTTTCTTCCTTTGCCTTTGCCAGTCTTTTCTCTCTTCTATCAACTG
CAAGCATGAGCTCCTACAATCAGAATCAGTCCTCAGcataccccccaccaccaccgtctacaac
ggcgggtccatacgtggcggcgccaccaccggcaggttatccaacgaaagacggtgatcatggt
tacgctca
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CATACCCCCCACCACCACCGTCTACAACGGCGGGTCCATACGTGGCGGCGCCACCACCGGCAGG
TTATCCAACGAAAGACGGTGATCATGGTTACGCTCAAAATGCCCCCGTAGAAACCAAGTCCAGA
GGCTCCGGGAAAGGATGGTATGCAATCTTTATGTTTCACCTCACCTTATGTTAAAATTATTCGT
ATATATATATATATGTATATGCACATCTATTATATGTGTAGTGACTGATTTGGTCGGTTTAATT
TGCAGTTTTGCTTGCTTGTGTTGCTGCTGTGCCTTGGACGCTTGCTTCTGAACACACATACGCA
CGGTTGATCGTTTGATTTTGGGGATTCTTTTTTATTTCCATTATTATATTACATGTATAAATAA
TAATGAAAACAGTTCAGATTGTATTAGGTCCCAGTCCTATGTAGCTAACAATTACAATTGTTAG
AAGTAATATTTTCTGCTTATGGGGAGAAATATCCTAAGTGTTTTTGTTGTTTGAATACTCTCCT
CTTTTATTCATATTATTGGACGGGTGGGCACCCAAGATGGGCCGAGCCGACCCGACTCACACAT
GATAACCACTTGTTGGTTACCATAAGCATTTGGGGGAGGGAAGTTGATTTGTGTTCAACTTCCC
AACTTCTACATATACATGCCATCAAAATCATTGCAATGGAGATGTGGTTTACTTCTTTATTCAT
TAAAAAGAAAAACAAGATCTTTGAACAATCCGTAAAAGGAAAATATATTGTGGCTTGAGAAAGA
TTTCCGCTCGTAATTTCTTTTCGACCAGTGATGTGATCCAACACATATTTATTCCGCTGCATAA
TTTGAAAAAAGTAAGGCCTATTGATTTTTTTTTTAAGAATTTCTTCATTGGTATTAGAGCCTGA
ATTGTGTTGGATTCGTGCATTTGTTGGATTTAATTCATGAAAAGCTTGATTTTTTTTTAATTTT
TGTGATGTTGTTGTTTTAAGTGTTCTGGAATGTTTAATATGAATGGATTAATTTTGAAATTGAT
ATTATTAAAACTAGCCTAAGGTTAAGATTGCATGAACCCTAAATATATATGAAACCCGAAACTT
CAATGGATCATATCTTTTGATTTAGGACACCTGACAATATGTGTGATATATCATTGGAAAGATC
TTTTTGAGAGCTTTCCAACGGTATGTGATTTGTTAAAAACGGACTTAATACGAGAAATTTATGA
CCAAAATATGATTATGGTAGGATTAGGATTTGGAAAGGGTTAAAAACTTTAATTTGGACAAGAT
GATGAACAGTGCCAGAGTTAGTTTTTTTGACGGTTTCAGCCTATTCCGACCTCCGTTTGAAAAT
CCGAATGTTCCATTGAATTCATAATGAAGATCCAATGTGCTCGTTAGTGCCGTGACTGGCAGTG
CCTCTGGTTGCACTAAAAAATTCAGCCAATTTGCTCATGGTGTCCTCCAGACACTACAGCTTGT
CATTGATTCCAATTTTCATTTGTTCCATCTTGTTTTGGAAGCTCCCAATATCAGCTTCAATTTG
TTCGATGCGCTTCTTGTTGGTCGTCATTGATAGCTAGCTCTTATACCAATGTTAGGTCCCAGCC
AAATGTAGCTAACAATTACAATTGTTAGAAGTAATATTTTTTACTTATGGTGAGAAGTAATACT
CTTCCCCTTTATTCATATCTCTGGAGCTTATTTATAACAAAAGACTTTGATTTCCAACCCAATA
TCTTAGCTGGAATCAATCAACAAATATCAAACTAACAACTTGACTAATATTTCGAACTGAAAAA
TAAATCAAAAGCAAACTTCCAAGATTTGGATCCCCCCTCAATCTCTGCACGATCTCTCACAAAG
TAAACCCAAAATCATGGCTCCGATTTGGCATTCACACATTAACCTCACGTGAGACTTCATGCAT
GGCTTTGGGAATGGCTTTGCATGGCACTCTTCACGTAGTGGACTTTGGGTTTGGCTTTGGTAGC
CTATCAGACCTTCGTGGCTCATGACTCAGCACTCTATCAGATTGTTCCTTAGTTTGATGATAGG
AACGCCACCATGGCTTGAGTTATTATTTTTGTATACCATTCTGTCGACTTTTGATGCACATACT
CTTGTTCTTGTACTTTTGCATTTTATTTATTATGTATTTAATTTTCTGCAGCGGCTGATTAATT
AATTTATCTTTAAATCAATGCTTGATCGCAGATACATTTAATGTTTCTATTTGAATTTTTATTT
TTATTTTATAATTTTTTTGTGAGTTTTGTGTATGCGGTAAAATCCTTTGTCTTTATTCGAACAT
TGAGAACAAGTACTTAAAACTCTTTCTAGTTTTCATATTTCGGAGAGGGGACTGGCTGTTGATA
AACTAAATAAGTTATTTTTCTCATTAAAAATTTTGTATTTTAAAATTATTCTGAAAAGCTTTAA
TATTTTCGATTATAAGTTTAAAGTAATTTTCACCTTTTTTTTTCAAGTGAGATTAGTTGATATT
GCAGGACTTTAATTAGTTAAATTAGCTGTCATATTTAAAAAATAATAATGTTTAGTTTTTGAAT
GAACACATTTTGCTTTCAAACTTTGTAAAATTAAATAATTTCTAAAATCAAGCATACCGCCTAT
TAAAAAAAAGGGCAAAATACCAAAAGCCCACCGAAGCCCACAAAGTTTTGGATTACGTGCAAAC
TTAGGACAAAGACTAATAAGGCCCAAATTTTAAGTCTTCCAAATCGTAACAAGCTTCTTTGTCA
ACTCAATTTTTTAAAAATAAATTTCGAAATTTGCTAACAATTATTTGGTTAAATTTTAAAGTGT
TTGAAATTATGAGATTTTGTAATTATATATTTAAAAGTTAATCATCAATTGGTAACACTTATTA
ATTCTAATTGATTGACACCAACTAATAACATAATGTGACTGATCTCATATAAAACTTTCTCGAT
ATATAATTATCGTGGACTACATGTTTCTTGTTTCGAAATCGGAGGCCATTACTAATTTACCCAA
GTGGGGCTTTCCCCAGTGTTTTAAGCAAACGCCTAACACACATGATTTTTTATCATTAAAAAGA
TAGAGATTTGAGATGATGAAATTGGATGATTTGGTGCATCTAATTCATAATATGACAAGATGAG
ATTTCACTTACCAACATATTTGCTAGTCAAATATAAGAAATTGCAAAACAAGTCGTGTTTTATT
ATATTCGTTAAAAGCCTTTCAATCATGTATCTGTTGGCCAATTAAATTACGCAATTAACACCCT
TTTCTTCATCTTGTTCAAAATCAGATTCGCTGCTTTTACTTCAAAAAAAAACAATAAATGAATC
GCAGGTTTCTTTCTTAAACAAATAATTTTTTATTTTTTATTTTTTATTTTTATCTCGAGAGGGA
GAGACCTTCCCCCTGGCCAATAAGTCCGTTTCCACAATTTGAGGATGATTTATGAGTTTTCTTT
ATTTTCGACACAAAATTCAATACGTTTGAAGAAAAAAAGAAATGTGAGTTGGACAAATTCATTG
GAAAAAAATTTAGTCAATTGTGTTATAAAATGTATCTCTCCGACCGTTGTTTTCGTTGATTTTA
TTTGTTAAGTCAGTCTACAACACAAACCCTAAAATGTTTCAATCTCACCAATTATTTTTTCTAT
AAAATTTTTTTTATTACATTTATATGGCACTATTTTTGTTATACTTTCAATTTTTTTTTTTTTG
TCAGCACGTTACAAAATACAAGAGCATTTAACGTAGTTTATGAACACCCAGGTTCTAAATGGTT
AATAGAACAAGGACTGACGTTAATTTAGGAAGTGAAAATTTTCATCTATATCCAAATCTAAAAA
ATAATAATATAAAATTAAATAAAACACCTGTAACTTTAAGACATACATATCCTCAATGCTGGGA
GTCGTAATGAAAAGAAGAAGAATTACAACAAAATTGGGGACCATAATGGAAACTGGTAGAACCT
ACAAGGGCTAATCTTATCTTTCAATTGATTTTTGTGGAGCCAGAAACAATTAAACCCGAACAGC
AAATAGCCATAAATGAAAGCACAATTAAATTGGAACTCTCCGCAGACCCACGATTTAATATCTT
TAGATTGTAACGATTCAACCCAAAAAAATATTCTAGTAAAATATTTCTTAAAAAAATGCTTCTT
CACGTCACAACGTTGAAAACAAGAACAAAATTGTGGTCCACGTGTCATTTCAAAGTAGGTTGCT
GGCATAAACATCCGGCTCCATCCCGGACAGATGTTATGTGAGTGGTTGGTACGCGTTTCCACTT
TTTTGTTTCAGATGCAACGACTCATGCACTAAAAAAAAAAAATAAATAAATTTACGTTTAAGTT
TTAAAAATTAATATCGATTTAAATATGAATCTAATGTTAAACTCTTATTCAGGCATCGATTGTA
CTCGGCAAAATAATAATAATAATAATTAAGAAGCAGAGGCCAGGCAGGCGGTTGTAGGGCTGCT
GCTATCTTATAGTTTTAGAAGAAGGTTCTTTTCTTTCTTTAGAGTTGATGCCGTGAGACGTTTT
TTATATTATTATGATAACTTTGGTTGCGGATTCAATTGAAATAATAATTCTTCTTCGACGCGTA
CCGACCGCCCTCGCTAAACTCTCCTTCCAAGAAATTAACAACAACCACTCCGCCATTTTTCTTC
TATAAATACATATACTTCACACACATTTACATATTTACACCCACTCTCGTCGACATCATCATCA
TCAATTAACATATCTCCAACTTCAGCTTCTTCTCCCACCTAACTTGTCATTTTTCTTCCTTTGC
CTTTGCCAGTCTTTTCTCTCTTCTATCAACTGCAAGCATGAGCTCCTACAATCAGAATCAGTCC
TCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description playing an important role in the early flowering process
Other Information
References Zeng et al., 2018